Skip to main content

Table 3 List of 47 key regulators revealed by the regulatory impact factors (RIF) analyses and their RIF1 and RIF2 scores, standardized association to the bacteria (Alpha_B) and protist (Alpha_P) diversity, phenotype of strongest association, pleiotropy, and number of connections in the PCIT-inferred network

From: A gene co-association network regulating gut microbial communities in a Duroc pig population

Regulator RIF1 RIF2 Alpha_B Alpha_P Top_Association Pleio Conn
PRDM15 0.648 2.806 0.239 0.277 B_Treponema 10 942
HOXD12 1.342 2.536 − 0.667 − 0.624 B_Sphaerochaeta 1 910
ZNF514 0.045 2.607 − 2.938 0.310 B_Sphaerochaeta 5 889
KIAA1549 1.270 2.715 − 1.701 − 1.465 B_RFN20 3 812
KLF7 − 5.625 0.204 − 0.603 1.249 B_Bulleidia 2 807
CREB3L2 − 2.411 0.511 − 0.694 0.818 B_Sphaerochaeta 0 676
TFE3 − 0.127 2.144 1.045 − 0.216 B_Phascolarctobacterium 3 627
TBX15 2.506 1.414 − 0.373 − 1.229 B_Anaerovibrio 2 617
STAT1 − 1.464 2.285 − 1.043 0.370 B_Catenibacterium 5 607
PURG 1.542 2.173 − 1.320 0.338 B_Sphaerochaeta 2 595
ssc-mir-371 − 2.848 1.073 1.181 − 0.690 B_Roseburia 3 588
MTA3 0.390 2.097 − 0.952 − 0.107 P_Hypotrichomonas 2 556
OSR2 − 2.512 − 0.194 0.270 0.005 B_Lachnospira 3 473
DBX1 − 2.047 − 0.129 − 2.207 − 1.577 B_Peptococcus 4 468
UNCX − 3.085 − 0.194 − 0.051 1.258 B_Desulfovibrio 1 426
MYEF2 − 0.754 − 2.657 1.215 2.430 B_Fibrobacter 4 391
GBX1 − 0.730 − 2.439 − 0.245 − 1.460 B_Campylobacter 2 380
ZNF134 − 2.419 0.128 − 0.572 1.686 B_Lactobacillus 2 370
ZNF606 − 2.419 0.128 − 0.572 1.686 B_Lactobacillus 2 370
SOX9 − 2.524 − 0.404 − 0.498 0.096 B_Anaerovibrio 0 284
KMT2C − 0.311 − 2.260 − 0.628 −  0.811 B_Catenibacterium 3 281
RUNX2 − 3.631 − 1.878 − 0.206 − 1.776 B_Collinsella 3 273
ELF2 − 1.740 − 2.300 − 0.739 1.688 B_Mitsuokella 1 245
ZNF322 − 2.079 − 0.792 − 0.233 0.809 B_Collinsella 2 229
IRF2 − 0.764 − 2.656 − 0.697 − 1.697 B_Peptococcus 0 209
GTF2IRD1 2.117 0.660 − 1.421 0.132 B_Lachnospira 0 206
ZNF516 2.099 0.150 2.010 0.690 B_Fibrobacter 2 195
NFE2L2 − 2.077 − 0.227 0.705 − 0.051 B_Coprococcus 1 183
NCOR1 − 1.999 − 0.455 − 1.007 1.063 B_Coprococcus 2 165
KLF14 − 2.287 − 2.255 − 0.327 − 1.073 B_Sutterella 1 161
ZGLP1 2.029 − 0.491 0.577 0.729 B_Butyricicoccus 3 161
TCF4 − 2.497 − 1.382 0.280 − 0.333 B_Clostridium 1 150
TP73 − 2.788 − 0.275 0.633 − 1.082 B_Campylobacter 1 146
ZNF782 − 2.831 − 0.500 0.382 − 1.811 B_Desulfovibrio 0 132
SALL1 − 1.133 − 2.716 − 0.833 − 2.125 P_AlphaPROTO 2 131
TOX3 − 2.335 − 2.043 0.365 1.641 B_Lactobacillus 1 129
TRERF1 − 2.359 − 1.043 − 0.286 − 2.005 P_Neobalantidium 3 128
MECP2 − 2.059 − 0.864 0.536 − 0.591 B_Dorea 2 118
SMAD4 − 2.460 − 2.206 0.431 1.586 B_Catenibacterium 0 118
IKZF2 − 1.694 − 2.864 − 0.578 −  1.337 P_AlphaPROTO 0 117
ssc-mir-9817 − 1.841 − 2.175 2.358 2.135 B_RFN20 0 116
ZHX2 − 2.028 − 1.124 0.266 − 1.654 B_Desulfovibrio 1 109
ZNF282 − 1.657 − 2.258 0.954 1.573 B_Ruminococcus 0 85
BAZ2B − 2.287 − 0.786 − 1.879 0.484 B_Clostridium 1 76
ssc-mir-29a − 2.067 − 2.748 − 0.568 0.811 B_Lachnospira 2 62
NFATC3 − 2.132 − 2.525 0.270 0.442 B_Desulfovibrio 1 24
ZNF18 − 1.353 − 2.134 − 0.490 − 0.929 P_Neobalantidium 0 18