TY - JOUR AU - Paez-Espino, D. AU - Eloe-Fadrosh, E. A. AU - Pavlopoulos, G. A. AU - Thomas, A. D. AU - Huntemann, M. AU - Mikhailova, N. PY - 2016 DA - 2016// TI - Uncovering Earth’s virome JO - Nature. VL - 536 UR - https://doi.org/10.1038/nature19094 DO - 10.1038/nature19094 ID - Paez-Espino2016 ER - TY - JOUR AU - Lima-Mendez, G. AU - Helden, J. AU - Toussaint, A. AU - Leplae, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Reticulate representation of evolutionary and functional relationships between phage genomes JO - Mol Biol Evol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msn023 DO - 10.1093/molbev/msn023 ID - Lima-Mendez2008 ER - TY - JOUR AU - Coutinho, F. H. AU - Silveira, C. B. AU - Gregoracci, G. B. AU - Thompson, C. C. AU - Edwards, R. A. AU - Brussaard, C. P. D. PY - 2017 DA - 2017// TI - Marine viruses discovered via metagenomics shed light on viral strategies throughout the oceans JO - Nat Commun VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms15955 DO - 10.1038/ncomms15955 ID - Coutinho2017 ER - TY - JOUR AU - Roux, S. AU - Brum, J. R. AU - Dutilh, B. E. AU - Sunagawa, S. AU - Duhaime, M. B. AU - Loy, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Ecogenomics and potential biogeochemical impacts of globally abundant ocean viruses JO - Nature. VL - 537 UR - https://doi.org/10.1038/nature19366 DO - 10.1038/nature19366 ID - Roux2016 ER - TY - JOUR AU - Arkhipova, K. AU - Skvortsov, T. AU - Quinn, J. P. AU - McGrath, J. W. AU - Allen, C. C. AU - Dutilh, B. E. PY - 2018 DA - 2018// TI - Temporal dynamics of uncultured viruses: a new dimension in viral diversity JO - ISME J VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2017.157 DO - 10.1038/ismej.2017.157 ID - Arkhipova2018 ER - TY - JOUR AU - Adriaenssens, E. M. AU - Kramer, R. AU - Goethem, M. W. AU - Makhalanyane, T. P. AU - Hogg, I. AU - Cowan, D. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Environmental drivers of viral community composition in Antarctic soils identified by viromics JO - Microbiome. VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-017-0301-7 DO - 10.1186/s40168-017-0301-7 ID - Adriaenssens2017 ER - TY - JOUR AU - Yu, D. T. AU - Han, L. L. AU - Zhang, L. M. AU - He, J. Z. PY - 2018 DA - 2018// TI - Diversity and distribution characteristics of viruses in soils of a marine-terrestrial ecotone in east China JO - Microb Ecol VL - 75 UR - https://doi.org/10.1007/s00248-017-1049-0 DO - 10.1007/s00248-017-1049-0 ID - Yu2018 ER - TY - JOUR AU - Bolduc, B. AU - Wirth, J. F. AU - Mazurie, A. AU - Young, M. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Viral assemblage composition in Yellowstone acidic hot springs assessed by network analysis JO - ISME J VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2015.28 DO - 10.1038/ismej.2015.28 ID - Bolduc2015 ER - TY - JOUR AU - Emerson, J. B. AU - Roux, S. AU - Brum, J. R. AU - Bolduc, B. AU - Woodcroft, B. J. AU - Jang, H. B. PY - 2018 DA - 2018// TI - Host-linked soil viral ecology along a permafrost thaw gradient JO - Nat Microbiol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/s41564-018-0190-y DO - 10.1038/s41564-018-0190-y ID - Emerson2018 ER - TY - JOUR AU - Daly, R. A. AU - Roux, S. AU - Borton, M. A. AU - Morgan, D. M. AU - Johnston, M. D. AU - Booker, A. E. PY - 2019 DA - 2019// TI - Viruses control dominant bacteria colonizing the terrestrial deep biosphere after hydraulic fracturing JO - Nat Microbiol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/s41564-018-0312-6 DO - 10.1038/s41564-018-0312-6 ID - Daly2019 ER - TY - JOUR AU - Guidi, L. AU - Chaffron, S. AU - Bittner, L. AU - Eveillard, D. AU - Larhlimi, A. AU - Roux, S. PY - 2016 DA - 2016// TI - Plankton networks driving carbon export in the oligotrophic ocean JO - Nature. VL - 532 UR - https://doi.org/10.1038/nature16942 DO - 10.1038/nature16942 ID - Guidi2016 ER - TY - JOUR AU - Forterre, P. PY - 2013 DA - 2013// TI - The virocell concept and environmental microbiology JO - ISME J VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2012.110 DO - 10.1038/ismej.2012.110 ID - Forterre2013 ER - TY - JOUR AU - Breitbart, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Marine viruses: truth or dare JO - Annu Rev Mar Sci VL - 4 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-marine-120709-142805 DO - 10.1146/annurev-marine-120709-142805 ID - Breitbart2012 ER - TY - JOUR AU - Hurwitz, B. L. AU - Brum, J. R. AU - Sullivan, M. B. PY - 2015 DA - 2015// TI - Depth-stratified functional and taxonomic niche specialization in the ‘core’ and ‘flexible’ Pacific Ocean virome JO - ISME J VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2014.143 DO - 10.1038/ismej.2014.143 ID - Hurwitz2015 ER - TY - JOUR AU - Brockhurst, M. A. AU - Koskella, B. PY - 2013 DA - 2013// TI - Experimental coevolution of species interactions JO - Trends Ecol Evol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/j.tree.2013.02.009 DO - 10.1016/j.tree.2013.02.009 ID - Brockhurst2013 ER - TY - JOUR AU - Brum, J. R. AU - Ignacio-Espinoza, J. C. AU - Roux, S. AU - Doulcier, G. AU - Acinas, S. G. AU - Alberti, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Ocean plankton. Patterns and ecological drivers of ocean viral communities JO - Science VL - 348 UR - https://doi.org/10.1126/science.1261498 DO - 10.1126/science.1261498 ID - Brum2015 ER - TY - JOUR AU - Singer, P. C. AU - Stumm, W. PY - 1970 DA - 1970// TI - Acidic mine drainage: the rate-determining step JO - Science. VL - 167 UR - https://doi.org/10.1126/science.167.3921.1121 DO - 10.1126/science.167.3921.1121 ID - Singer1970 ER - TY - JOUR AU - Tyson, G. W. AU - Chapman, J. AU - Hugenholtz, P. AU - Allen, E. E. AU - Ram, R. J. AU - Richardson, P. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Community structure and metabolism through reconstruction of microbial genomes from the environment JO - Nature. VL - 428 UR - https://doi.org/10.1038/nature02340 DO - 10.1038/nature02340 ID - Tyson2004 ER - TY - JOUR AU - Denef, V. J. AU - Mueller, R. S. AU - Banfield, J. F. PY - 2010 DA - 2010// TI - AMD biofilms: using model communities to study microbial evolution and ecological complexity in nature JO - ISME J VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2009.158 DO - 10.1038/ismej.2009.158 ID - Denef2010 ER - TY - JOUR AU - Huang, L. N. AU - Kuang, J. L. AU - Shu, W. S. PY - 2016 DA - 2016// TI - Microbial ecology and evolution in the acid mine drainage model system JO - Trends Microbiol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/j.tim.2016.03.004 DO - 10.1016/j.tim.2016.03.004 ID - Huang2016 ER - TY - JOUR AU - Kyle, J. E. AU - Pedersen, K. AU - Ferris, F. G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Virus mineralization at low pH in the Rio Tinto, Spain JO - Geomicrobiol J VL - 25 UR - https://doi.org/10.1080/01490450802402703 DO - 10.1080/01490450802402703 ID - Kyle2008 ER - TY - JOUR AU - Kyle, J. E. AU - Ferris, F. G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Geochemistry of virus–prokaryote interactions in freshwater and acid mine drainage environments, Ontario, Canada JO - Geomicrobiol J VL - 30 UR - https://doi.org/10.1080/01490451.2013.770978 DO - 10.1080/01490451.2013.770978 ID - Kyle2013 ER - TY - JOUR AU - Andersson, A. F. AU - Banfield, J. F. PY - 2008 DA - 2008// TI - Virus population dynamics and acquired virus resistance in natural microbial communities JO - Science. VL - 320 UR - https://doi.org/10.1126/science.1157358 DO - 10.1126/science.1157358 ID - Andersson2008 ER - TY - JOUR AU - Comolli, L. R. AU - Banfield, J. F. PY - 2014 DA - 2014// TI - Inter-species interconnections in acid mine drainage microbial communities JO - Front Microbiol VL - 5 ID - Comolli2014 ER - TY - JOUR AU - Chen, L. X. AU - Li, J. T. AU - Chen, Y. T. AU - Huang, L. N. AU - Hua, Z. S. AU - Hu, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Shifts in microbial community composition and function in the acidification of a lead/zinc mine tailings JO - Environ Microbiol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1111/1462-2920.12114 DO - 10.1111/1462-2920.12114 ID - Chen2013 ER - TY - JOUR AU - Huang, L. N. AU - Zhou, W. H. AU - Hallberg, K. B. AU - Wan, C. Y. AU - Li, J. AU - Shu, W. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Spatial and temporal analysis of the microbial community in the tailings of a Pb-Zn mine generating acidic drainage JO - Appl Environ Microbiol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.02458-10 DO - 10.1128/AEM.02458-10 ID - Huang2011 ER - TY - JOUR AU - Paez-Espino, D. AU - Pavlopoulos, G. A. AU - Ivanova, N. N. AU - Kyrpides, N. C. PY - 2017 DA - 2017// TI - Nontargeted virus sequence discovery pipeline and virus clustering for metagenomic data JO - Nat Protoc VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2017.063 DO - 10.1038/nprot.2017.063 ID - Paez-Espino2017 ER - TY - JOUR AU - Roux, S. AU - Enault, F. AU - Hurwitz, B. L. AU - Sullivan, M. B. PY - 2015 DA - 2015// TI - VirSorter: mining viral signal from microbial genomic data JO - PeerJ. VL - 3 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.985 DO - 10.7717/peerj.985 ID - Roux2015 ER - TY - JOUR AU - Huerta-Cepas, J. AU - Szklarczyk, D. AU - Heller, D. AU - Hernández-Plaza, A. AU - Forslund, S. K. AU - Cook, H. PY - 2019 DA - 2019// TI - eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated orthology resource based on 5090 organisms and 2502 viruses JO - Nucleic Acids Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gky1085 DO - 10.1093/nar/gky1085 ID - Huerta-Cepas2019 ER - TY - JOUR AU - Valdés, J. AU - Veloso, F. AU - Jedlicki, E. AU - Holmes, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Metabolic reconstruction of sulfur assimilation in the extremophile Acidithiobacillus ferrooxidans based on genome analysis JO - BMC Genomics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-4-51 DO - 10.1186/1471-2164-4-51 ID - Valdés2003 ER - TY - JOUR AU - Trubl, G. AU - Jang, H. B. AU - Roux, S. AU - Emerson, J. B. AU - Solonenko, N. AU - Vik, D. R. PY - 2018 DA - 2018// TI - Soil viruses are underexplored players in ecosystem carbon processing JO - mSystems VL - 3 UR - https://doi.org/10.1128/mSystems.00076-18 DO - 10.1128/mSystems.00076-18 ID - Trubl2018 ER - TY - JOUR AU - Roux, S. AU - Adriaenssens, E. M. AU - Dutilh, B. E. AU - Koonin, E. V. AU - Kropinski, A. M. AU - Krupovic, M. PY - 2019 DA - 2019// TI - Minimum information about an uncultivated virus genome (MIUViG) JO - Nat Biotechnol VL - 37 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.4306 DO - 10.1038/nbt.4306 ID - Roux2019 ER - TY - JOUR AU - Roux, S. AU - Hallam, S. J. AU - Woyke, T. AU - Sullivan, M. B. PY - 2015 DA - 2015// TI - Viral dark matter and virus-host interactions resolved from publicly available microbial genomes JO - Elife. VL - 4 UR - https://doi.org/10.7554/eLife.08490 DO - 10.7554/eLife.08490 ID - Roux2015 ER - TY - JOUR AU - Bin Jang, H. AU - Bolduc, B. AU - Zablocki, O. AU - Kuhn, J. H. AU - Roux, S. AU - Adriaenssens, E. M. AU - Brister, J. R. AU - Kropinski, A. M. AU - Krupovic, M. AU - Lavigne, R. AU - Turner, D. AU - Sullivan, M. B. PY - 2019 DA - 2019// TI - Taxonomic assignment of uncultivated prokaryotic virus genomes is enabled by gene-sharing networks JO - Nat Biotechnol VL - 37 UR - https://doi.org/10.1038/s41587-019-0100-8 DO - 10.1038/s41587-019-0100-8 ID - Bin Jang2019 ER - TY - JOUR AU - Pietilä, M. K. AU - Demina, T. A. AU - Atanasova, N. S. AU - Oksanen, H. M. AU - Bamford, D. H. PY - 2014 DA - 2014// TI - Archaeal viruses and bacteriophages: comparisons and contrasts JO - Trends Microbiol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.tim.2014.02.007 DO - 10.1016/j.tim.2014.02.007 ID - Pietilä2014 ER - TY - JOUR AU - Snyder, J. C. AU - Bolduc, B. AU - Young, M. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - 40 years of archaeal virology: expanding viral diversity JO - Virology. VL - 479 UR - https://doi.org/10.1016/j.virol.2015.03.031 DO - 10.1016/j.virol.2015.03.031 ID - Snyder2015 ER - TY - JOUR AU - Kuang, J. L. AU - Huang, L. N. AU - Chen, L. X. AU - Hua, Z. S. AU - Li, S. J. AU - Hu, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Contemporary environmental variation determines microbial diversity patterns in acid mine drainage JO - ISME J VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2012.139 DO - 10.1038/ismej.2012.139 ID - Kuang2013 ER - TY - JOUR AU - Liu, J. AU - Hua, Z. S. AU - Chen, L. X. AU - Kuang, J. L. AU - Li, S. J. AU - Shu, W. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Correlating microbial diversity patterns with geochemistry in an extreme and heterogeneous environment of mine tailings JO - Appl Environ Microbiol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00294-14 DO - 10.1128/AEM.00294-14 ID - Liu2014 ER - TY - JOUR AU - Stewart, F. M. AU - Levin, B. R. PY - 1984 DA - 1984// TI - The population biology of bacterial viruses: why be temperate JO - Theor Popul Biol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1016/0040-5809(84)90026-1 DO - 10.1016/0040-5809(84)90026-1 ID - Stewart1984 ER - TY - JOUR AU - Howard-Varona, C. AU - Hargreaves, K. R. AU - Abedon, S. T. AU - Sullivan, M. B. PY - 2017 DA - 2017// TI - Lysogeny in nature: mechanisms, impact and ecology of temperate phages JO - ISME J VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2017.16 DO - 10.1038/ismej.2017.16 ID - Howard-Varona2017 ER - TY - JOUR AU - Hurwitz, B. L. AU - Westveld, A. H. AU - Brum, J. R. AU - Sullivan, M. B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Modeling ecological drivers in marine viral communities using comparative metagenomics and network analyses JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 111 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1319778111 DO - 10.1073/pnas.1319778111 ID - Hurwitz2014 ER - TY - JOUR AU - Anantharaman, K. AU - Duhaime, M. B. AU - Breier, J. A. AU - Wendt, K. A. AU - Toner, B. M. AU - Dick, G. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Sulfur oxidation genes in diverse deep-sea viruses JO - Science. VL - 344 UR - https://doi.org/10.1126/science.1252229 DO - 10.1126/science.1252229 ID - Anantharaman2014 ER - TY - JOUR AU - Rückert, C. PY - 2016 DA - 2016// TI - Sulfate reduction in microorganisms-recent advances and biotechnological applications JO - Curr Opin Microbiol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1016/j.mib.2016.07.007 DO - 10.1016/j.mib.2016.07.007 ID - Rückert2016 ER - TY - JOUR AU - Hill, A. G. AU - Bishop, E. AU - Coles, L. E. AU - McLaughlan, E. J. AU - Meddle, D. W. AU - Pater, M. J. PY - 1978 DA - 1978// TI - Standardized general method for the determination of iron with 1,10-phenanthroline JO - Analyst. VL - 103 UR - https://doi.org/10.1039/an9780300391 DO - 10.1039/an9780300391 ID - Hill1978 ER - TY - JOUR AU - Chesmin, L. AU - Yien, C. H. PY - 1951 DA - 1951// TI - Turbidimetric determination of available sulphate JO - Soil Sci Soc Am Proc VL - 15 UR - https://doi.org/10.2136/sssaj1951.036159950015000C0032x DO - 10.2136/sssaj1951.036159950015000C0032x ID - Chesmin1951 ER - TY - JOUR AU - Bates, S. T. AU - Berg-Lyons, D. AU - Caporaso, J. G. AU - Walters, W. A. AU - Knight, R. AU - Fierer, N. PY - 2011 DA - 2011// TI - Examining the global distribution of dominant archaeal populations in soil JO - ISME J VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2010.171 DO - 10.1038/ismej.2010.171 ID - Bates2011 ER - TY - JOUR AU - Hamady, M. AU - Walker, J. J. AU - Harris, J. K. AU - Gold, N. J. AU - Knight, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Error-correcting barcoded primers for pyrosequencing hundreds of samples in multiplex JO - Nat Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1184 DO - 10.1038/nmeth.1184 ID - Hamady2008 ER - TY - JOUR AU - Fierer, N. AU - Hamady, M. AU - Lauber, C. L. AU - Knight, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - The influence of sex, handedness, and washing on the diversity of hand surface bacteria JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0807920105 DO - 10.1073/pnas.0807920105 ID - Fierer2008 ER - TY - JOUR AU - Schloss, P. D. AU - Westcott, S. L. AU - Ryabin, T. AU - Hall, J. R. AU - Hartmann, M. AU - Hollister, E. B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Introducing mothur: open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities JO - Appl Environ Microbiol VL - 75 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.01541-09 DO - 10.1128/AEM.01541-09 ID - Schloss2009 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Kuczynski, J. AU - Stombaugh, J. AU - Bittinger, K. AU - Bushman, F. D. AU - Costello, E. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.f.303 DO - 10.1038/nmeth.f.303 ID - Caporaso2010 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. AU - Haas, B. J. AU - Clemente, J. C. AU - Quince, C. AU - Knight, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection JO - Bioinformatics. VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr381 DO - 10.1093/bioinformatics/btr381 ID - Edgar2011 ER - TY - JOUR AU - Wang, Q. AU - Garrity, G. M. AU - Tiedje, J. M. AU - Cole, J. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Naive Bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy JO - Appl Environ Microbiol VL - 73 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00062-07 DO - 10.1128/AEM.00062-07 ID - Wang2007 ER - TY - JOUR AU - McMurdie, P. J. AU - Holmes, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Waste not, want not: why rarefying microbiome data is inadmissible JO - PLoS Comput Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003531 DO - 10.1371/journal.pcbi.1003531 ID - McMurdie2014 ER - TY - JOUR AU - Goodrich, J. K. AU - Waters, J. L. AU - Poole, A. C. AU - Sutter, J. L. AU - Koren, O. AU - Blekhman, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Human genetics shape the gut microbiome JO - Cell. VL - 159 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.09.053 DO - 10.1016/j.cell.2014.09.053 ID - Goodrich2014 ER - TY - JOUR AU - Bankevich, A. AU - Nurk, S. AU - Antipov, D. AU - Gurevich, A. A. AU - Dvorkin, M. AU - Kulikov, A. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing JO - J Comput Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2012.0021 DO - 10.1089/cmb.2012.0021 ID - Bankevich2012 ER - TY - JOUR AU - Hyatt, D. AU - Chen, G. L. AU - Locascio, P. F. AU - Land, M. L. AU - Larimer, F. W. AU - Hauser, L. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Prodigal: prokaryotic gene recognition and translation initiation site identification JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-119 DO - 10.1186/1471-2105-11-119 ID - Hyatt2010 ER - TY - JOUR AU - El-Gebali, S. AU - Mistry, J. AU - Bateman, A. AU - Eddy, S. R. AU - Luciani, A. AU - Potter, S. C. PY - 2019 DA - 2019// TI - The Pfam protein families database in 2019 JO - Nucleic Acids Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gky995 DO - 10.1093/nar/gky995 ID - El-Gebali2019 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Sato, Y. AU - Kawashima, M. AU - Furumichi, M. AU - Tanabe, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - KEGG as a reference resource for gene and protein annotation JO - Nucleic Acids Res VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkv1070 DO - 10.1093/nar/gkv1070 ID - Kanehisa2016 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1923 DO - 10.1038/nmeth.1923 ID - Langmead2012 ER - TY - STD TI - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GenomesGroup.cgi?taxid=10239, Accessed 27 Dec 2017. UR - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GenomesGroup.cgi?taxid=10239 ID - ref60 ER - TY - JOUR AU - Enright, A. J. AU - Dongen, S. AU - Ouzounis, C. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - An efficient algorithm for large-scale detection of protein families JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.7.1575 DO - 10.1093/nar/30.7.1575 ID - Enright2002 ER - TY - JOUR AU - Kang, D. D. AU - Froula, J. AU - Egan, R. AU - Wang, Z. PY - 2015 DA - 2015// TI - MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities JO - PeerJ. VL - 3 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.1165 DO - 10.7717/peerj.1165 ID - Kang2015 ER - TY - JOUR AU - Wu, Y. W. AU - Simmons, B. A. AU - Singer, S. W. PY - 2016 DA - 2016// TI - MaxBin 2.0: an automated binning algorithm to recover genomes from multiple metagenomic datasets JO - Bioinformatics. VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv638 DO - 10.1093/bioinformatics/btv638 ID - Wu2016 ER - TY - JOUR AU - Alneberg, J. AU - Bjarnason, B. S. AU - Bruijn, I. AU - Schirmer, M. AU - Quick, J. AU - Ijaz, U. Z. PY - 2014 DA - 2014// TI - Binning metagenomic contigs by coverage and composition JO - Nat Methods VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3103 DO - 10.1038/nmeth.3103 ID - Alneberg2014 ER - TY - JOUR AU - Sieber, C. M. K. AU - Probst, A. J. AU - Sharrar, A. AU - Thomas, B. C. AU - Hess, M. AU - Tringe, S. G. PY - 2018 DA - 2018// TI - Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy JO - Nat Microbiol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/s41564-018-0171-1 DO - 10.1038/s41564-018-0171-1 ID - Sieber2018 ER - TY - JOUR AU - Parks, D. H. AU - Rinke, C. AU - Chuvochina, M. AU - Chaumeil, P. A. AU - Woodcroft, B. J. AU - Evans, P. N. PY - 2017 DA - 2017// TI - Recovery of nearly 8,000 metagenome-assembled genomes substantially expands the tree of life JO - Nat Microbiol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/s41564-017-0012-7 DO - 10.1038/s41564-017-0012-7 ID - Parks2017 ER - TY - JOUR AU - Parks, D. H. AU - Imelfort, M. AU - Skennerton, C. T. AU - Hugenholtz, P. AU - Tyson, G. W. PY - 2015 DA - 2015// TI - CheckM: assessing the quality of microbial genomes recovered from isolates, single cells, and metagenomes JO - Genome Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1101/gr.186072.114 DO - 10.1101/gr.186072.114 ID - Parks2015 ER - TY - JOUR AU - Parks, D. H. AU - Chuvochina, M. AU - Waite, D. W. AU - Rinke, C. AU - Skarshewski, A. AU - Chaumeil, P. A. PY - 2018 DA - 2018// TI - A standardized bacterial taxonomy based on genome phylogeny substantially revises the tree of life JO - Nat Biotechnol VL - 36 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.4229 DO - 10.1038/nbt.4229 ID - Parks2018 ER - TY - JOUR AU - Edwards, R. A. AU - McNair, K. AU - Faust, K. AU - Raes, J. AU - Dutilh, B. E. PY - 2016 DA - 2016// TI - Computational approaches to predict bacteriophage-host relationships JO - FEMS Microbiol Rev VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/femsre/fuv048 DO - 10.1093/femsre/fuv048 ID - Edwards2016 ER - TY - JOUR AU - Rho, M. AU - Wu, Y. W. AU - Tang, H. AU - Doak, T. G. AU - Ye, Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - Diverse CRISPRs evolving in human microbiomes JO - PLoS Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1002441 DO - 10.1371/journal.pgen.1002441 ID - Rho2012 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - MUSCLE: a multiple sequence alignment method with reduced time and space complexity JO - BMC Bioinformatics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-113 DO - 10.1186/1471-2105-5-113 ID - Edgar2004 ER - TY - JOUR AU - Capella-Gutiérrez, S. AU - Silla-Martínez, J. M. AU - Gabaldón, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - trimAl: a tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyses JO - Bioinformatics. VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp348 DO - 10.1093/bioinformatics/btp348 ID - Capella-Gutiérrez2009 ER - TY - JOUR AU - Stamatakis, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies JO - Bioinformatics. VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu033 DO - 10.1093/bioinformatics/btu033 ID - Stamatakis2014 ER - TY - JOUR AU - Letunic, I. AU - Bork, P. PY - 2019 DA - 2019// TI - Interactive Tree Of Life (iTOL) v4: recent updates and new developments JO - Nucleic Acids Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkz239 DO - 10.1093/nar/gkz239 ID - Letunic2019 ER -