Microbiota analysis optimization for human bronchoalveolar lavage fluid

Schneeberger, Pierre H. H.; Prescod, Janice; Levy, Liran; Hwang, David; Martinu, Tereza; Coburn, Bryan

doi:10.1186/s40168-019-0755-x

Microbiome

Table 1 Spearman correlation analysis to identify relations between relative abundances of bacterial taxa and sample input densities measured with qPCR

From: Microbiota analysis optimization for human bronchoalveolar lavage fluid

	r_s (all)	P (all)	r_s (M1)	P (M1)	r_s (M2)	P (M2)	r_s (M3)	P (M3)
Mock community members OTUs
OTU: s_Pseudomonas aeruginosa	0.84	0.0001	0.81	0.0002	0.83	0.0001	− 0.43	0.1014
OTU: g_Burkholderia	0.99	0.0001	0.97	0.0001	0.98	0.0001	− 0.41	0.1146
OTU: g_Staphylococcus	0.91	0.0001	− 0.94	0.0001	− 0.62	0.0122	0.91	0.0001
OTU: s_Stenotrophomonas maltophilia	0.91	0.0001	0.92	0.0001	− 0.93	0.0001	− 0.89	0.0001
OTU: g_Bacillus	0.79	0.0005	− 0.67	0.0053	− 0.37	0.1627	0.85	0.0001
OTU: g_Fusobacterium	0.94	0.0001	0.06	0.8380	N.A	N.A	0.94	0.0001
OTU: s_Streptococcus anginosus subsp. whileyi	0.93	0.0001	− 0.28	0.2895	N.A	N.A	0.93	0.0001
OTU: s_Gemella haemolysans	0.75	0.0014	− 0.55	0.0305	− 0.26	0.3351	0.81	0.0002
Contaminants OTUs
OTU: g_Acinetobacter	− 0.93	0.0001	− 0.96	0.0001	− 0.92	0.0001	− 0.79	0.0005
OTU: g_Pseudomonas	− 0.97	0.0001	− 0.92	0.0001	− 0.93	0.0001	− 0.97	0.0001
OTU: f_Comamonadaceae	− 0.93	0.0001	− 0.97	0.0001	− 0.88	0.0001	− 0.86	0.0001
OTU: s_Acinetobacter indicus	− 0.85	0.0001	− 0.85	0.0001	− 0.87	0.0001	− 0.81	0.0002
OTU: f_Enterobacteriaceae	− 0.97	0.0001	− 0.84	0.0001	− 0.96	0.0001	− 0.65	0.0082
OTU: g_Rhizobium	− 0.79	0.0004	− 0.94	0.0001	− 0.81	0.0002	− 0.86	0.0001
OTU: s_Shewanella xiamenensis	− 0.98	0.0001	− 0.85	0.0001	− 0.93	0.0001	− 0.67	0.0062
OTU: g_Comamonas	− 0.91	0.0001	− 0.89	0.0001	− 0.81	0.0002	− 0.89	0.0001
OTU: o_Bacillales	0.33	0.2098	− 0.25	0.3521	− 0.32	0.2259	0.90	0.0001
OTU: g_Novosphingobium	− 0.94	0.0001	− 0.81	0.0002	− 0.91	0.0001	− 0.49	0.0546
OTU: g_Sphingobium	− 0.98	0.0001	− 0.84	0.0001	− 0.94	0.0001	− 0.40	0.1216
OTU: s_Alcaligenes faecalis subsp. parafaecalis	− 0.96	0.0001	− 0.84	0.0001	− 0.85	0.0001	− 0.82	0.0002
OTU: g_Paracoccus	− 0.83	0.0001	− 0.84	0.0001	− 0.73	0.0019	− 0.48	0.0647
OTU: s_Stenotrophomonas rhizophila	− 0.95	0.0001	− 0.83	0.0001	− 0.95	0.0001	− 0.76	0.0011
OTU: g_Bifidobacterium	− 0.82	0.0001	− 0.86	0.0001	− 0.71	0.0028	− 0.18	0.5035
OTU: f_Rhodobacteraceae	− 0.90	0.0001	− 0.92	0.0001	− 0.89	0.0001	− 0.76	0.0010
OTU: g_Stenotrophomonas	− 0.95	0.0001	− 0.84	0.0001	− 0.91	0.0001	− 0.75	0.0013
OTU: s_Pseudomonas beteli	− 0.93	0.0001	− 0.83	0.0001	− 0.89	0.0001	− 0.63	0.0107
OTU: s_Brevundimonas mediterranea	− 0.92	0.0001	− 0.90	0.0001	− 0.81	0.0002	− 0.81	0.0002
OTU: s_Pseudomonas psychrotolerans	− 0.93	0.0001	− 0.76	0.0009	− 0.90	0.0001	− 0.68	0.0052
OTU: s_Rhizobium cellulosilyticum	− 0.92	0.0001	− 0.80	0.0003	− 0.92	0.0001	− 0.41	0.1153
OTU: g_Sphingomonas	− 0.97	0.0001	− 0.85	0.0001	− 0.82	0.0002	− 0.60	0.0163
OTU: g_Brevundimonas	− 0.94	0.0001	− 0.88	0.0001	− 0.83	0.0001	− 0.79	0.0004
OTU: s_Sphingomonas aestuarii	− 0.90	0.0001	− 0.82	0.0001	− 0.74	0.0016	− 0.71	0.0028
OTU: s_Pseudomonas peli	− 0.87	0.0001	− 0.83	0.0001	− 0.93	0.0001	− 0.81	0.0002
OTU: o_Lactobacillales	0.85	0.0001	− 0.36	0.1693	− 0.17	0.5305	0.85	0.0001
OTU: g_Dietzia	− 0.89	0.0001	− 0.76	0.0011	− 0.75	0.0012	− 0.52	0.0428
OTU: s_Enhydrobacter aerosaccus	− 0.45	0.0815	− 0.40	0.1216	− 0.27	0.3155	0.25	0.3516
OTU: f_Staphylococcaceae	0.47	0.0652	− 0.24	0.3763	N.A	N.A	0.52	0.0432
OTU: s_Hydrogenophaga bisanensis	− 0.91	0.0001	− 0.91	0.0001	− 0.89	0.0001	− 0.70	0.0035
OTU: s_Massilia aurea	− 0.86	0.0001	− 0.85	0.0001	− 0.83	0.0001	− 0.72	0.0025
OTU: s_Bifidobacterium animalis subsp. lactis	− 0.85	0.0001	− 0.93	0.0001	− 0.60	0.0161	N.A	N.A
OTU: s_Pseudomonas zhaodongensis	− 0.91	0.0001	− 0.66	0.0063	− 0.64	0.0086	− 0.75	0.0013
OTU: s_Pseudomonas zeshuii	− 0.79	0.0004	− 0.40	0.1216	− 0.88	0.0001	− 0.65	0.0077
OTU: f_Oxalobacteraceae	− 0.88	0.0001	− 0.47	0.0686	− 0.77	0.0008	− 0.65	0.0077
OTU: s_Massilia namucuonensis	− 0.87	0.0001	− 0.85	0.0001	− 0.81	0.0002	− 0.61	0.0139
OTU: g_Bradyrhizobium	− 0.89	0.0001	− 0.91	0.0001	− 0.73	0.0018	− 0.67	0.0057

M1-3 mock communities 1–3, r_s Spearman’s rho

Back to article page

ISSN: 2049-2618

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com