TY - JOUR AU - Bosch, T. C. G. AU - McFall-Ngai, M. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Metaorganisms as the new frontier JO - Zoology VL - 114 UR - https://doi.org/10.1016/j.zool.2011.04.001 DO - 10.1016/j.zool.2011.04.001 ID - Bosch2011 ER - TY - JOUR AU - McFall-Ngai, M. AU - Hadfield, M. G. AU - Bosch, T. C. G. AU - Carey, H. V. AU - Domazet-Lošo, T. AU - Douglas, A. E. AU - Dubilier, N. AU - Eberl, G. AU - Fukami, T. AU - Gilbert, S. F. PY - 2013 DA - 2013// TI - Animals in a bacterial world, a new imperative for the life sciences JO - Proc Natl Acad Sci VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1218525110 DO - 10.1073/pnas.1218525110 ID - McFall-Ngai2013 ER - TY - JOUR AU - Carding, S. AU - Verbeke, K. AU - Vipond, D. T. AU - Corfe, B. M. AU - Owen, L. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Dysbiosis of the gut microbiota in disease JO - Microb Ecol Health Dis VL - 26 ID - Carding2015 ER - TY - JOUR AU - Morgan, X. C. AU - Huttenhower, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Chapter 12: human microbiome analysis JO - PLoS Comput Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002808 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002808 ID - Morgan2012 ER - TY - JOUR AU - Langille, M. G. I. AU - Zaneveld, J. AU - Caporaso, J. G. AU - McDonald, D. AU - Knights, D. AU - Reyes, J. A. AU - Clemente, J. C. AU - Burkepile, D. E. AU - Vega Thurber, R. L. AU - Knight, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2676 DO - 10.1038/nbt.2676 ID - Langille2013 ER - TY - JOUR AU - Hiergeist, A. AU - Glasner, J. AU - Reischl, U. AU - Gessner, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Analyses of intestinal microbiota: culture versus sequencing JO - ILAR J VL - 56 UR - https://doi.org/10.1093/ilar/ilv017 DO - 10.1093/ilar/ilv017 ID - Hiergeist2015 ER - TY - JOUR AU - Tremblay, J. AU - Singh, K. AU - Fern, A. AU - Kirton, E. S. AU - He, S. AU - Woyke, T. AU - Lee, J. AU - Chen, F. AU - Dangl, J. L. AU - Tringe, S. G. PY - 2015 DA - 2015// TI - Primer and platform effects on 16S rRNA tag sequencing JO - Front Microbiol VL - 6 ID - Tremblay2015 ER - TY - JOUR AU - Gohl, D. M. AU - Vangay, P. AU - Garbe, J. AU - MacLean, A. AU - Hauge, A. AU - Becker, A. AU - Gould, T. J. AU - Clayton, J. B. AU - Johnson, T. J. AU - Hunter, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Systematic improvement of amplicon marker gene methods for increased accuracy in microbiome studies JO - Nat Biotechnol VL - 34 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3601 DO - 10.1038/nbt.3601 ID - Gohl2016 ER - TY - JOUR AU - Walsh, A. M. AU - Crispie, F. AU - O’Sullivan, O. AU - Finnegan, L. AU - Claesson, M. J. AU - Cotter, P. D. PY - 2018 DA - 2018// TI - Species classifier choice is a key consideration when analysing low-complexity food microbiome data JO - Microbiome VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-018-0437-0 DO - 10.1186/s40168-018-0437-0 ID - Walsh2018 ER - TY - JOUR AU - Faith, J. J. AU - Guruge, J. L. AU - Charbonneau, M. AU - Subramanian, S. AU - Seedorf, H. AU - Goodman, A. L. AU - Clemente, J. C. AU - Knight, R. AU - Heath, A. C. AU - Leibel, R. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - The long-term stability of the human gut microbiota JO - Science VL - 341 UR - https://doi.org/10.1126/science.1237439 DO - 10.1126/science.1237439 ID - Faith2013 ER - TY - JOUR AU - Jovel, J. AU - Patterson, J. AU - Wang, W. AU - Hotte, N. AU - O'Keefe, S. AU - Mitchel, T. AU - Perry, T. AU - Kao, D. AU - Mason, A. L. AU - Madsen, K. L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Characterization of the gut microbiome using 16S or shotgun metagenomics JO - Front Microbiol VL - 7 ID - Jovel2016 ER - TY - JOUR AU - Rinke, C. AU - Schwientek, P. AU - Sczyrba, A. AU - Ivanova, N. N. AU - Anderson, I. J. AU - Cheng, J. -. F. AU - Darling, A. AU - Malfatti, S. AU - Swan, B. K. AU - Gies, E. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter JO - Nature VL - 499 UR - https://doi.org/10.1038/nature12352 DO - 10.1038/nature12352 ID - Rinke2013 ER - TY - JOUR AU - Huson, D. AU - Auch, A. AU - Qi, J. AU - Schuster, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - MEGAN analysis of metagenomic data JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5969107 DO - 10.1101/gr.5969107 ID - Huson2007 ER - TY - JOUR AU - Hong Nhung, P. AU - Ohkusu, K. AU - Mishima, N. AU - Noda, M. AU - Monir Shah, M. AU - Sun, X. AU - Hayashi, M. AU - Ezaki, T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Phylogeny and species identification of the family Enterobacteriaceae based on dnaJ sequences JO - Diagn Microbiol Infect Dis VL - 58 UR - https://doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2006.12.019 DO - 10.1016/j.diagmicrobio.2006.12.019 ID - Hong Nhung2007 ER - TY - JOUR AU - Cáceres, M. AU - Legendre, P. AU - Moretti, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Improving indicator species analysis by combining groups of sites JO - Oikos VL - 119 UR - https://doi.org/10.1111/j.1600-0706.2010.18334.x DO - 10.1111/j.1600-0706.2010.18334.x ID - Cáceres2010 ER - TY - JOUR AU - Huerta-Cepas, J. AU - Szklarczyk, D. AU - Forslund, K. AU - Cook, H. AU - Heller, D. AU - Walter, M. C. AU - Rattei, T. AU - Mende, D. R. AU - Sunagawa, S. AU - Kuhn, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - eggNOG 4.5: a hierarchical orthology framework with improved functional annotations for eukaryotic, prokaryotic and viral sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkv1248 DO - 10.1093/nar/gkv1248 ID - Huerta-Cepas2016 ER - TY - JOUR AU - Cantarel, B. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - The carbohydrate-active EnZymes database (CAZy): an expert resource for glycogenomics JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn663 DO - 10.1093/nar/gkn663 ID - Cantarel2009 ER - TY - STD TI - Fink C, von Frieling J, Knop M, Roeder T. Drosophila Fecal Sampling. Bio-protocol 2017;7:e2547. ID - ref18 ER - TY - JOUR AU - Brooks, A. W. AU - Kohl, K. D. AU - Brucker, R. M. AU - Opstal, E. J. AU - Bordenstein, S. R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Phylosymbiosis: relationships and functional effects of microbial communities across host evolutionary history JO - PLoS Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.2000225 DO - 10.1371/journal.pbio.2000225 ID - Brooks2016 ER - TY - JOUR AU - Groussin, M. AU - Mazel, F. AU - Sanders, J. G. AU - Smillie, C. S. AU - Lavergne, S. AU - Thuiller, W. AU - Alm, E. J. PY - 2017 DA - 2017// TI - Unraveling the processes shaping mammalian gut microbiomes over evolutionary time JO - Nat Commun VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms14319 DO - 10.1038/ncomms14319 ID - Groussin2017 ER - TY - JOUR AU - Peres-Neto, P. AU - Jackson, D. PY - 2001 DA - 2001// TI - How well do multivariate data sets match? The advantages of a Procrustean superimposition approach over the Mantel test JO - Oecologia VL - 129 UR - https://doi.org/10.1007/s004420100720 DO - 10.1007/s004420100720 ID - Peres-Neto2001 ER - TY - JOUR AU - Gittleman, J. L. AU - Kot, M. PY - 1990 DA - 1990// TI - Adaptation: statistics and a null model for estimating phylogenetic effects JO - Syst Zool VL - 39 UR - https://doi.org/10.2307/2992183 DO - 10.2307/2992183 ID - Gittleman1990 ER - TY - JOUR AU - Murray, A. E. AU - Rack, F. R. AU - Zook, R. AU - Williams, M. J. M. AU - Higham, M. L. AU - Broe, M. AU - Kaufmann, R. S. AU - Daly, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Microbiome composition and diversity of the ice-dwelling sea anemone, Edwardsiella andrillae JO - Integr Comp Biol VL - 56 UR - https://doi.org/10.1093/icb/icw095 DO - 10.1093/icb/icw095 ID - Murray2016 ER - TY - JOUR AU - Schneiker, S. AU - Santos, V. A. P. M. AU - Bartels, D. AU - Bekel, T. AU - Brecht, M. AU - Buhrmester, J. AU - Chernikova, T. N. AU - Denaro, R. AU - Ferrer, M. AU - Gertler, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome sequence of the ubiquitous hydrocarbon-degrading marine bacterium Alcanivorax borkumensis JO - Nat Biotechnol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1232 DO - 10.1038/nbt1232 ID - Schneiker2006 ER - TY - JOUR AU - Hentschel, U. AU - Piel, J. AU - Degnan, S. M. AU - Taylor, M. W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genomic insights into the marine sponge microbiome JO - Nat Rev Microbiol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro2839 DO - 10.1038/nrmicro2839 ID - Hentschel2012 ER - TY - JOUR AU - Wu, J. Y. AU - Jiang, X. T. AU - Jiang, Y. X. AU - Lu, S. Y. AU - Zou, F. AU - Zhou, H. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Effects of polymerase, template dilution and cycle number on PCR based 16 S rRNA diversity analysis using the deep sequencing method JO - BMC Microbiol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2180-10-255 DO - 10.1186/1471-2180-10-255 ID - Wu2010 ER - TY - JOUR AU - D’Amore, R. AU - Ijaz, U. Z. AU - Schirmer, M. AU - Kenny, J. G. AU - Gregory, R. AU - Darby, A. C. AU - Shakya, M. AU - Podar, M. AU - Quince, C. AU - Hall, N. PY - 2016 DA - 2016// TI - A comprehensive benchmarking study of protocols and sequencing platforms for 16S rRNA community profiling JO - BMC Genomics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-015-2194-9 DO - 10.1186/s12864-015-2194-9 ID - D’Amore2016 ER - TY - JOUR AU - Fadrosh, D. AU - Ma, B. AU - Gajer, P. AU - Sengamalay, N. AU - Ott, S. AU - Brotman, R. AU - Ravel, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - An improved dual-indexing approach for multiplexed 16S rRNA gene sequencing on the Illumina MiSeq platform JO - Microbiome VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/2049-2618-2-6 DO - 10.1186/2049-2618-2-6 ID - Fadrosh2014 ER - TY - CHAP AU - Highlander, S. ED - Nelson, E. K. PY - 2013 DA - 2013// TI - Mock Community Analysis BT - Encyclopedia of Metagenomics PB - Springer New York CY - New York ID - Highlander2013 ER - TY - JOUR AU - Costea, P. I. AU - Zeller, G. AU - Sunagawa, S. AU - Pelletier, E. AU - Alberti, A. AU - Levenez, F. AU - Tramontano, M. AU - Driessen, M. AU - Hercog, R. AU - Jung, F. -. E. PY - 2017 DA - 2017// TI - Towards standards for human fecal sample processing in metagenomic studies JO - Nat Biotechnol VL - 35 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3960 DO - 10.1038/nbt.3960 ID - Costea2017 ER - TY - JOUR AU - Westcott, S. L. AU - Schloss, P. D. PY - 2015 DA - 2015// TI - De novo clustering methods outperform reference-based methods for assigning 16S rRNA gene sequences to operational taxonomic units JO - PeerJ VL - 3 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.1487 DO - 10.7717/peerj.1487 ID - Westcott2015 ER - TY - JOUR AU - Werner, J. J. AU - Koren, O. AU - Hugenholtz, P. AU - DeSantis, T. Z. AU - Walters, W. A. AU - Caporaso, J. G. AU - Angenent, L. T. AU - Knight, R. AU - Ley, R. E. PY - 2012 DA - 2012// TI - Impact of training sets on classification of high-throughput bacterial 16s rRNA gene surveys JO - ISME J VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2011.82 DO - 10.1038/ismej.2011.82 ID - Werner2012 ER - TY - JOUR AU - Sczyrba, A. AU - Hofmann, P. AU - Belmann, P. AU - Koslicki, D. AU - Janssen, S. AU - Dröge, J. AU - Gregor, I. AU - Majda, S. AU - Fiedler, J. AU - Dahms, E. PY - 2017 DA - 2017// TI - Critical assessment of metagenome interpretation—a benchmark of metagenomics software JO - Nat Methods VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.4458 DO - 10.1038/nmeth.4458 ID - Sczyrba2017 ER - TY - JOUR AU - Lindgreen, S. AU - Adair, K. L. AU - Gardner, P. P. PY - 2016 DA - 2016// TI - An evaluation of the accuracy and speed of metagenome analysis tools JO - Sci Rep VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/srep19233 DO - 10.1038/srep19233 ID - Lindgreen2016 ER - TY - JOUR AU - Xu, Z. AU - Malmer, D. AU - Langille, M. G. I. AU - Way, S. F. AU - Knight, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Which is more important for classifying microbial communities: who’s there or what they can do? JO - ISME J VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2014.157 DO - 10.1038/ismej.2014.157 ID - Xu2014 ER - TY - JOUR AU - Ochman, H. AU - Elwyn, S. AU - Moran, N. A. PY - 1999 DA - 1999// TI - Calibrating bacterial evolution JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 96 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.96.22.12638 DO - 10.1073/pnas.96.22.12638 ID - Ochman1999 ER - TY - JOUR AU - Benton, M. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - The origins of modern biodiversity on land JO - Philos Trans R Soc B VL - 365 UR - https://doi.org/10.1098/rstb.2010.0269 DO - 10.1098/rstb.2010.0269 ID - Benton2010 ER - TY - JOUR AU - Rota-Stabelli, O. AU - Daley Allison, C. AU - Pisani, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Molecular timetrees reveal a Cambrian colonization of land and a new scenario for ecdysozoan evolution JO - Curr Biol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2013.01.026 DO - 10.1016/j.cub.2013.01.026 ID - Rota-Stabelli2013 ER - TY - JOUR AU - Kuo, C. H. AU - Ochman, H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Inferring clocks when lacking rocks: the variable rates of molecular evolution in bacteria JO - Biol Direct VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1745-6150-4-35 DO - 10.1186/1745-6150-4-35 ID - Kuo2009 ER - TY - JOUR AU - Lebreton, F. AU - Manson, A. L. AU - Saavedra, J. T. AU - Straub, T. J. AU - Earl, A. M. AU - Gilmore, M. S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Tracing the Enterococci from Paleozoic origins to the hospital JO - Cell VL - 169 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.04.027 DO - 10.1016/j.cell.2017.04.027 ID - Lebreton2017 ER - TY - JOUR AU - Bishop, J. R. AU - Gagneux, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Evolution of carbohydrate antigens—microbial forces shaping host glycomes? JO - Glycobiology VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/glycob/cwm005 DO - 10.1093/glycob/cwm005 ID - Bishop2007 ER - TY - JOUR AU - Pickard, J. M. AU - Maurice, C. F. AU - Kinnebrew, M. A. AU - Abt, M. C. AU - Schenten, D. AU - Golovkina, T. V. AU - Bogatyrev, S. R. AU - Ismagilov, R. F. AU - Pamer, E. G. AU - Turnbaugh, P. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Rapid fucosylation of intestinal epithelium sustains host-commensal symbiosis in sickness JO - Nature VL - 514 UR - https://doi.org/10.1038/nature13823 DO - 10.1038/nature13823 ID - Pickard2014 ER - TY - JOUR AU - Schwartzman, J. A. AU - Koch, E. AU - Heath-Heckman, E. A. C. AU - Zhou, L. AU - Kremer, N. AU - McFall-Ngai, M. J. AU - Ruby, E. G. PY - 2015 DA - 2015// TI - The chemistry of negotiation: rhythmic, glycan-driven acidification in a symbiotic conversation JO - Proc Natl Acad Sci VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1418580112 DO - 10.1073/pnas.1418580112 ID - Schwartzman2015 ER - TY - JOUR AU - Martens, E. C. AU - Chiang, H. C. AU - Gordon, J. I. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mucosal glycan foraging enhances fitness and transmission of a saccharolytic human gut bacterial symbiont JO - Cell Host Microbe VL - 4 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2008.09.007 DO - 10.1016/j.chom.2008.09.007 ID - Martens2008 ER - TY - JOUR AU - Boulnois, G. J. AU - Roberts, I. S. PY - 1990 DA - 1990// TI - Genetics of capsular polysaccharide production in bacteria JO - Curr Top Microbiol Immunol VL - 150 ID - Boulnois1990 ER - TY - JOUR AU - Mahdavi, J. AU - Pirinccioglu, N. AU - Oldfield, N. J. AU - Carlsohn, E. AU - Stoof, J. AU - Aslam, A. AU - Self, T. AU - Cawthraw, S. A. AU - Petrovska, L. AU - Colborne, N. PY - 2014 DA - 2014// TI - A novel O-linked glycan modulates Campylobacter jejuni major outer membrane protein-mediated adhesion to human histo-blood group antigens and chicken colonization JO - Open Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1098/rsob.130202 DO - 10.1098/rsob.130202 ID - Mahdavi2014 ER - TY - JOUR AU - Tounkang, S. AU - Premkumar, D. AU - Gustavo, S. AU - Nathalie, B. AU - Yann, B. AU - Patricia, C. AU - Florence, L. AU - Olivier, N. AU - Brigitte, G. AU - Anne, L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Capsular glucan and intracellular glycogen of Mycobacterium tuberculosis: biosynthesis and impact on the persistence in mice JO - Mol Microbiol VL - 70 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2008.06445.x DO - 10.1111/j.1365-2958.2008.06445.x ID - Tounkang2008 ER - TY - JOUR AU - Roberts, I. S. PY - 1996 DA - 1996// TI - The biochemistry and genetics of capsular polysaccharide production in bacteria JO - Annu Rev Microbiol VL - 50 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.micro.50.1.285 DO - 10.1146/annurev.micro.50.1.285 ID - Roberts1996 ER - TY - JOUR AU - Martin, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads JO - EMBnet J VL - 17 UR - https://doi.org/10.14806/ej.17.1.200 DO - 10.14806/ej.17.1.200 ID - Martin2011 ER - TY - BOOK AU - Joshi, N. AU - Fass, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Sickle: A sliding-window, adaptive, quality-based trimming tool for FastQ files 1.33 edn ID - Joshi2011 ER - TY - JOUR AU - Rognes, T. AU - Flouri, T. AU - Nichols, B. AU - Quince, C. AU - Mahé, F. PY - 2016 DA - 2016// TI - VSEARCH: a versatile open source tool for metagenomics JO - PeerJ VL - 4 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.2584 DO - 10.7717/peerj.2584 ID - Rognes2016 ER - TY - STD TI - Hannon G: FASTX-Toolkit. In. http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit; 2010. UR - http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit ID - ref52 ER - TY - BOOK AU - Edgar, R. C. PY - 2015 DA - 2015// TI - UTAX algorithm ID - Edgar2015 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq461 DO - 10.1093/bioinformatics/btq461 ID - Edgar2010 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. AU - Haas, B. J. AU - Clemente, J. C. AU - Quince, C. AU - Knight, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr381 DO - 10.1093/bioinformatics/btr381 ID - Edgar2011 ER - TY - JOUR AU - Wang, Q. AU - Garrity, G. M. AU - Tiedje, J. M. AU - Cole, J. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Naive Bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy JO - Appl Environ Microbiol VL - 73 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00062-07 DO - 10.1128/AEM.00062-07 ID - Wang2007 ER - TY - JOUR AU - Cole, J. R. AU - Chai, B. AU - Marsh, T. L. AU - Farris, R. J. AU - Wang, Q. AU - Kulam, S. A. AU - Chandra, S. AU - McGarrell, D. M. AU - Schmidt, T. M. AU - Garrity, G. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - The ribosomal database project (RDP-II): previewing a new autoaligner that allows regular updates and the new prokaryotic taxonomy JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg039 DO - 10.1093/nar/gkg039 ID - Cole2003 ER - TY - JOUR AU - McDonald, D. AU - Price, M. N. AU - Goodrich, J. AU - Nawrocki, E. P. AU - DeSantis, T. Z. AU - Probst, A. AU - Andersen, G. L. AU - Knight, R. AU - Hugenholtz, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - An improved Greengenes taxonomy with explicit ranks for ecological and evolutionary analyses of bacteria and archaea JO - ISME J VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2011.139 DO - 10.1038/ismej.2011.139 ID - McDonald2012 ER - TY - JOUR AU - Bolger, A. M. AU - Lohse, M. AU - Usadel, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170 DO - 10.1093/bioinformatics/btu170 ID - Bolger2014 ER - TY - JOUR AU - Schmieder, R. AU - Edwards, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Fast identification and removal of sequence contamination from genomic and metagenomic datasets JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0017288 DO - 10.1371/journal.pone.0017288 ID - Schmieder2011 ER - TY - STD TI - Bushnell B, Rood J: BBTools bioinformatics tools, including BBMap. In., 37.28 edn. http://sourceforge.net/projects/bbmap; 2017. UR - http://sourceforge.net/projects/bbmap ID - ref61 ER - TY - JOUR AU - Buchfink, B. AU - Xie, C. AU - Huson, D. H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3176 DO - 10.1038/nmeth.3176 ID - Buchfink2015 ER - TY - STD TI - Nurk S, Meleshko D, Korobeynikov A, Pevzner P: metaSPAdes: a new versatile de novo metagenomics assembler. arXiv preprint arXiv:160403071 2016. ID - ref63 ER - TY - JOUR AU - Seemann, T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Prokka: rapid prokaryotic genome annotation JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu153 DO - 10.1093/bioinformatics/btu153 ID - Seemann2014 ER - TY - JOUR AU - Laslett, D. AU - Canback, B. PY - 2004 DA - 2004// TI - ARAGORN, a program to detect tRNA genes and tmRNA genes in nucleotide sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh152 DO - 10.1093/nar/gkh152 ID - Laslett2004 ER - TY - JOUR AU - Kolbe, D. L. AU - Eddy, S. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Fast filtering for RNA homology search JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr545 DO - 10.1093/bioinformatics/btr545 ID - Kolbe2011 ER - TY - JOUR AU - Huerta-Cepas, J. AU - Forslund, K. AU - Coelho, L. P. AU - Szklarczyk, D. AU - Jensen, L. J. AU - Mering, C. AU - Bork, P. PY - 2017 DA - 2017// TI - Fast genome-wide functional annotation through orthology assignment by eggNOG-mapper JO - Mol Biol Evol VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msx148 DO - 10.1093/molbev/msx148 ID - Huerta-Cepas2017 ER - TY - JOUR AU - Yin, Y. AU - Mao, X. AU - Yang, J. AU - Chen, X. AU - Mao, F. AU - Xu, Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - dbCAN: a web resource for automated carbohydrate-active enzyme annotation JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks479 DO - 10.1093/nar/gks479 ID - Yin2012 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1923 DO - 10.1038/nmeth.1923 ID - Langmead2012 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The sequence alignment/map format and SAMtools JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Thompson, J. D. AU - Higgins, D. G. AU - Gibson, T. J. PY - 1994 DA - 1994// TI - CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice JO - Nucleic Acids Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/nar/22.22.4673 DO - 10.1093/nar/22.22.4673 ID - Thompson1994 ER - TY - BOOK AU - Felsenstein, J. PY - 1993 DA - 1993// TI - DNADIST -- Program to compute distance matrix from nucleotide sequences. 3.5c edn ID - Felsenstein1993 ER - TY - JOUR AU - Price, M. N. AU - Dehal, P. S. AU - Arkin, A. P. PY - 2010 DA - 2010// TI - FastTree 2 – approximately maximum-likelihood trees for large alignments JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009490 DO - 10.1371/journal.pone.0009490 ID - Price2010 ER - TY - CHAP PY - 2016 DA - 2016// TI - R: A language and environment for statistical computing BT - R Foundation for Statistical Computing. 3.3.2 edn ID - ref74 ER - TY - BOOK AU - Oksanen, J. AU - Blanchet, F. G. AU - Kindt, R. AU - Legendre, P. AU - O'Hara, R. B. AU - Simpson, G. L. AU - Solymos, P. AU - Stevens, M. H. H. AU - Wagner, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - vegan: Community Ecology Package 1.17-6 edn ID - Oksanen2011 ER - TY - JOUR AU - Legendre, P. AU - Anderson, M. J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Distance-based redundancy analysis: testing multispecies responses in multifactorial ecological experiments JO - Ecol Monogr VL - 69 UR - https://doi.org/10.1890/0012-9615(1999)069[0001:DBRATM]2.0.CO;2 DO - 10.1890/0012-9615(1999)069[0001:DBRATM]2.0.CO;2 ID - Legendre1999 ER - TY - JOUR AU - Anderson, M. J. PY - 2001 DA - 2001// TI - A new method for non-parametric multivariate analysis of variance JO - Austral Ecology VL - 26 ID - Anderson2001 ER - TY - JOUR AU - Hothorn, T. AU - Hornik, K. AU - Wiel, M. A. AU - Zeileis, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - A Lego system for conditional inference JO - Am Stat VL - 60 UR - https://doi.org/10.1198/000313006X118430 DO - 10.1198/000313006X118430 ID - Hothorn2006 ER - TY - JOUR AU - Kembel, S. W. AU - Cowan, P. D. AU - Helmus, M. R. AU - Cornwell, W. K. AU - Morlon, H. AU - Ackerly, D. D. AU - Blomberg, S. P. AU - Webb, C. O. PY - 2010 DA - 2010// TI - Picante: R tools for integrating phylogenies and ecology JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq166 DO - 10.1093/bioinformatics/btq166 ID - Kembel2010 ER - TY - JOUR AU - Paradis, E. AU - Claude, J. AU - Strimmer, K. PY - 2004 DA - 2004// TI - APE: analyses of phylogenetics and evolution in R language JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg412 DO - 10.1093/bioinformatics/btg412 ID - Paradis2004 ER - TY - BOOK AU - Pinheiro, J. AU - Bates, D. AU - DebRoy, S. AU - Sarkar, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - nlme: Linear and Nonlinear Mixed Effects Models ID - Pinheiro2011 ER - TY - JOUR AU - Hommel, G. PY - 1988 DA - 1988// TI - A stagewise rejective multiple test procedure based on a modified Bonferroni test JO - Biometrika VL - 75 UR - https://doi.org/10.1093/biomet/75.2.383 DO - 10.1093/biomet/75.2.383 ID - Hommel1988 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Yekutieli, D. PY - 2001 DA - 2001// TI - The control of the false discovery rate in multiple testing under dependency JO - Ann Stat VL - 29 UR - https://doi.org/10.1214/aos/1013699998 DO - 10.1214/aos/1013699998 ID - Benjamini2001 ER - TY - JOUR AU - Wang, J. AU - Thingholm, L. B. AU - Skieceviciene, J. AU - Rausch, P. AU - Kummen, M. AU - Hov, J. R. AU - Degenhardt, F. AU - Heinsen, F. -. A. AU - Ruhlemann, M. C. AU - Szymczak, S. PY - 2016 DA - 2016// TI - Genome-wide association analysis identifies variation in vitamin D receptor and other host factors influencing the gut microbiota JO - Nat Genet VL - 48 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3695 DO - 10.1038/ng.3695 ID - Wang2016 ER - TY - JOUR AU - Rausch, P. AU - Rehman, A. AU - Künzel, S. AU - Häsler, R. AU - Ott, S. J. AU - Schreiber, S. AU - Rosenstiel, P. AU - Franke, A. AU - Baines, J. F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Colonic mucosa-associated microbiota is influenced by an interaction of Crohn disease and FUT2 (Secretor) genotype JO - Proc Natl Acad Sci VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1106408108 DO - 10.1073/pnas.1106408108 ID - Rausch2011 ER -