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Table 4 List of critically important bacterial pathogens putatively identified in the WWTP samples

From: NanoARG: a web service for detecting and contextualizing antimicrobial resistance genes from nanopore-derived metagenomes

Pathogen-like sequences CHE_INF IND_INF HK_INF HK_AS GEM
Acinetobacter baumannii 3 (4) 4 (6) 12 (16) 6 (6) 0 (0)
Pseudomonas aeruginosa 7 (6) 58 (74) 12 (13) 7 (11) 0 (0)
Enterobacteriaceae 0 (0) 0 (0) 2 (2) 0 (0) 0 (0)
Enterococcus faecium 0 (0) 0 (0) 0 (0) 1 (1) 0 (0)
Staphylococcus aureus 0 (0) 0 (0) 0 (0) 1 (1) 0 (0)
Helicobacter pylori 0 (0) 0 (0) 0 (0) 0 (0) 0 (0)
Campylobacter spp. 0 (0) 0 (0) 0 (0) 1 (1) 0 (0)
Salmonellae 0 (0) 0 (0) 0 (0) 0 (0) 0 (0)
Neisseria gonorrhoeae 0 (0) 0 (0) 3 (6) 0 (0) 0 (0)
Streptococcus pneumoniae 0 (0) 0 (0) 1 (1) 0 (0) 0 (0)
Haemophilus influenzae 0 (0) 0 (0) 1 (1) 0 (0) 0 (0)
Shigella spp. 0 (0) 0 (0) 0 (0) 0 (0) 0 (0)
  1. *Notation: number of reads (number of ARGs)