Skip to main content

Table 4 List of critically important bacterial pathogens putatively identified in the WWTP samples

From: NanoARG: a web service for detecting and contextualizing antimicrobial resistance genes from nanopore-derived metagenomes

Pathogen-like sequences

CHE_INF

IND_INF

HK_INF

HK_AS

GEM

Acinetobacter baumannii

3 (4)

4 (6)

12 (16)

6 (6)

0 (0)

Pseudomonas aeruginosa

7 (6)

58 (74)

12 (13)

7 (11)

0 (0)

Enterobacteriaceae

0 (0)

0 (0)

2 (2)

0 (0)

0 (0)

Enterococcus faecium

0 (0)

0 (0)

0 (0)

1 (1)

0 (0)

Staphylococcus aureus

0 (0)

0 (0)

0 (0)

1 (1)

0 (0)

Helicobacter pylori

0 (0)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

Campylobacter spp.

0 (0)

0 (0)

0 (0)

1 (1)

0 (0)

Salmonellae

0 (0)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

Neisseria gonorrhoeae

0 (0)

0 (0)

3 (6)

0 (0)

0 (0)

Streptococcus pneumoniae

0 (0)

0 (0)

1 (1)

0 (0)

0 (0)

Haemophilus influenzae

0 (0)

0 (0)

1 (1)

0 (0)

0 (0)

Shigella spp.

0 (0)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

  1. *Notation: number of reads (number of ARGs)