TY - JOUR AU - Hunt, P. e. t. e. r. W. AU - Sinclair, E. l. i. z. a. b. e. t. h. AU - Rodriguez, B. e. n. i. g. n. o. AU - Shive, C. a. r. e. y. AU - Clagett, B. r. i. a. n. AU - Funderburg, N. i. c. h. o. l. a. s. AU - Robinson, J. a. n. e. t. AU - Huang, Y. o. n. g. AU - Epling, L. o. r. r. i. e. AU - Martin, J. e. f. f. r. e. y. N. AU - Deeks, S. t. e. v. e. n. G. AU - Meinert, C. u. r. t. i. s. L. AU - Van Natta, M. a. r. k. L. AU - Jabs, D. o. u. g. l. a. s. A. AU - Lederman, M. i. c. h. a. e. l. M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Gut Epithelial Barrier Dysfunction and Innate Immune Activation Predict Mortality in Treated HIV Infection JO - The Journal of Infectious Diseases VL - 210 UR - https://doi.org/10.1093/infdis/jiu238 DO - 10.1093/infdis/jiu238 ID - Hunt2014 ER - TY - JOUR AU - Appay, V. AU - Sauce, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Immune activation and inflammation in HIV-1 infection: causes and consequences JO - J Pathol. VL - 214 UR - https://doi.org/10.1002/path.2276 DO - 10.1002/path.2276 ID - Appay2008 ER - TY - JOUR AU - Brenchley, J. M. AU - Price, D. A. AU - Schacker, T. W. AU - Asher, T. E. AU - Silvestri, G. AU - Rao, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Microbial translocation is a cause of systemic immune activation in chronic HIV infection JO - Nat Med. VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nm1511 DO - 10.1038/nm1511 ID - Brenchley2006 ER - TY - JOUR AU - Brenchley, J. a. s. o. n. M. AU - Schacker, T. i. m. o. t. h. y. W. AU - Ruff, L. a. u. r. a. E. AU - Price, D. a. v. i. d. A. AU - Taylor, J. o. d. i. e. H. AU - Beilman, G. r. e. g. o. r. y. J. AU - Nguyen, P. h. u. o. n. g. L. AU - Khoruts, A. l. e. x. a. n. d. e. r. AU - Larson, M. a. t. t. h. e. w. AU - Haase, A. s. h. l. e. y. T. AU - Douek, D. a. n. i. e. l. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - CD4+T Cell Depletion during all Stages of HIV Disease Occurs Predominantly in the Gastrointestinal Tract JO - The Journal of Experimental Medicine VL - 200 UR - https://doi.org/10.1084/jem.20040874 DO - 10.1084/jem.20040874 ID - Brenchley2004 ER - TY - JOUR AU - Dinh, D. u. y. M. AU - Volpe, G. r. e. t. c. h. e. n. E. AU - Duffalo, C. h. a. d. AU - Bhalchandra, S. e. e. m. a. AU - Tai, A. l. b. e. r. t. K. AU - Kane, A. n. n. e. V. AU - Wanke, C. h. r. i. s. t. i. n. e. A. AU - Ward, H. o. n. o. r. i. n. e. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - Intestinal Microbiota, Microbial Translocation, and Systemic Inflammation in Chronic HIV Infection JO - Journal of Infectious Diseases VL - 211 UR - https://doi.org/10.1093/infdis/jiu409 DO - 10.1093/infdis/jiu409 ID - Dinh2014 ER - TY - JOUR AU - Guadalupe, M. AU - Reay, E. AU - Sankaran, S. AU - Prindiville, T. AU - Flamm, J. AU - McNeil, A. AU - Dandekar, S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Severe CD4+ T-Cell Depletion in Gut Lymphoid Tissue during Primary Human Immunodeficiency Virus Type 1 Infection and Substantial Delay in Restoration following Highly Active Antiretroviral Therapy JO - Journal of Virology VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.77.21.11708-11717.2003 DO - 10.1128/JVI.77.21.11708-11717.2003 ID - Guadalupe2003 ER - TY - JOUR AU - Klatt, N. i. c. h. o. l. e. R. AU - Funderburg, N. i. c. h. o. l. a. s. T. AU - Brenchley, J. a. s. o. n. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Microbial translocation, immune activation, and HIV disease JO - Trends in Microbiology VL - 21 UR - https://doi.org/10.1016/j.tim.2012.09.001 DO - 10.1016/j.tim.2012.09.001 ID - Klatt2013 ER - TY - JOUR AU - Marchetti, G. i. u. l. i. a. AU - Tincati, C. a. m. i. l. l. a. AU - Silvestri, G. u. i. d. o. PY - 2013 DA - 2013// TI - Microbial Translocation in the Pathogenesis of HIV Infection and AIDS JO - Clinical Microbiology Reviews VL - 26 UR - https://doi.org/10.1128/CMR.00050-12 DO - 10.1128/CMR.00050-12 ID - Marchetti2013 ER - TY - JOUR AU - Mehandru, S. a. u. r. a. b. h. AU - Poles, M. i. c. h. a. e. l. A. AU - Tenner-Racz, K. l. a. r. a. AU - Horowitz, A. m. i. r. AU - Hurley, A. r. l. e. n. e. AU - Hogan, C. h. r. i. s. t. i. n. e. AU - Boden, D. a. n. i. e. l. AU - Racz, P. a. u. l. AU - Markowitz, M. a. r. t. i. n. PY - 2004 DA - 2004// TI - Primary HIV-1 Infection Is Associated with Preferential Depletion of CD4+T Lymphocytes from Effector Sites in the Gastrointestinal Tract JO - The Journal of Experimental Medicine VL - 200 UR - https://doi.org/10.1084/jem.20041196 DO - 10.1084/jem.20041196 ID - Mehandru2004 ER - TY - STD TI - Douek DC. Disrupting T-cell homeostasis: how HIV-1 infection causes disease. AIDS Rev. 2003;5:172–7. ID - ref10 ER - TY - JOUR AU - Paiardini, M. i. r. k. o. AU - Müller-Trutwin, M. i. c. h. a. e. l. a. PY - 2013 DA - 2013// TI - HIV-associated chronic immune activation JO - Immunological Reviews VL - 254 UR - https://doi.org/10.1111/imr.12079 DO - 10.1111/imr.12079 ID - Paiardini2013 ER - TY - JOUR AU - Sandler, N. e. t. a. n. y. a. G. AU - Douek, D. a. n. i. e. l. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Microbial translocation in HIV infection: causes, consequences and treatment opportunities JO - Nature Reviews Microbiology VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro2848 DO - 10.1038/nrmicro2848 ID - Sandler2012 ER - TY - JOUR AU - Le Chatelier, E. m. m. a. n. u. e. l. l. e. AU - Nielsen, T. r. i. n. e. AU - Qin, J. u. n. j. i. e. AU - Prifti, E. d. i. AU - Hildebrand, F. a. l. k. AU - Falony, G. w. e. n. AU - Almeida, M. a. t. h. i. e. u. AU - Arumugam, M. a. n. i. m. o. z. h. i. y. a. n. AU - Batto, J. e. a. n. -. M. i. c. h. e. l. AU - Kennedy, S. e. a. n. AU - Leonard, P. i. e. r. r. e. AU - Li, J. u. n. h. u. a. AU - Burgdorf, K. r. i. s. t. o. f. f. e. r. AU - Grarup, N. i. e. l. s. AU - Jørgensen, T. o. r. b. e. n. AU - Brandslund, I. v. a. n. AU - Nielsen, H. e. n. r. i. k. B. j. ø. r. n. AU - Juncker, A. g. n. i. e. s. z. k. a. S. AU - Bertalan, M. a. r. c. e. l. o. AU - Levenez, F. l. o. r. e. n. c. e. AU - Pons, N. i. c. o. l. a. s. AU - Rasmussen, S. i. m. o. n. AU - Sunagawa, S. h. i. n. i. c. h. i. AU - Tap, J. u. l. i. e. n. AU - Tims, S. e. b. a. s. t. i. a. n. AU - Zoetendal, E. r. w. i. n. G. AU - Brunak, S. ø. r. e. n. AU - Clément, K. a. r. i. n. e. AU - Doré, J. o. ë. l. AU - Kleerebezem, M. i. c. h. i. e. l. AU - Kristiansen, K. a. r. s. t. e. n. AU - Renault, P. i. e. r. r. e. AU - Sicheritz-Ponten, T. h. o. m. a. s. AU - de Vos, W. i. l. l. e. m. M. AU - Zucker, J. e. a. n. -. D. a. n. i. e. l. AU - Raes, J. e. r. o. e. n. AU - Hansen, T. o. r. b. e. n. AU - Bork, P. e. e. r. AU - Wang, J. u. n. AU - Ehrlich, S. D. u. s. k. o. AU - Pedersen, O. l. u. f. PY - 2013 DA - 2013// TI - Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers JO - Nature VL - 500 UR - https://doi.org/10.1038/nature12506 DO - 10.1038/nature12506 ID - Le Chatelier2013 ER - TY - JOUR AU - Koeth, R. o. b. e. r. t. A. AU - Wang, Z. e. n. e. n. g. AU - Levison, B. r. u. c. e. S. AU - Buffa, J. e. n. n. i. f. e. r. A. AU - Org, E. l. i. n. AU - Sheehy, B. r. e. n. d. a. n. T. AU - Britt, E. a. r. l. B. AU - Fu, X. i. a. o. m. i. n. g. AU - Wu, Y. u. p. i. n. g. AU - Li, L. i. n. AU - Smith, J. o. n. a. t. h. a. n. D. AU - DiDonato, J. o. s. e. p. h. A. AU - Chen, J. u. n. AU - Li, H. o. n. g. z. h. e. AU - Wu, G. a. r. y. D. AU - Lewis, J. a. m. e. s. D. AU - Warrier, M. a. n. y. a. AU - Brown, J. M. a. r. k. AU - Krauss, R. o. n. a. l. d. M. AU - Tang, W. H. W. i. l. s. o. n. AU - Bushman, F. r. e. d. e. r. i. c. D. AU - Lusis, A. l. d. o. n. s. J. AU - Hazen, S. t. a. n. l. e. y. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Intestinal microbiota metabolism of l-carnitine, a nutrient in red meat, promotes atherosclerosis JO - Nature Medicine VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/nm.3145 DO - 10.1038/nm.3145 ID - Koeth2013 ER - TY - JOUR AU - Tang, W. H. W. i. l. s. o. n. AU - Wang, Z. e. n. e. n. g. AU - Levison, B. r. u. c. e. S. AU - Koeth, R. o. b. e. r. t. A. AU - Britt, E. a. r. l. B. AU - Fu, X. i. a. o. m. i. n. g. AU - Wu, Y. u. p. i. n. g. AU - Hazen, S. t. a. n. l. e. y. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Intestinal Microbial Metabolism of Phosphatidylcholine and Cardiovascular Risk JO - New England Journal of Medicine VL - 368 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa1109400 DO - 10.1056/NEJMoa1109400 ID - Tang2013 ER - TY - JOUR AU - Nowak, P. i. o. t. r. AU - Troseid, M. a. r. i. u. s. AU - Avershina, E. k. a. t. a. r. i. n. a. AU - Barqasho, B. a. b. i. l. o. n. i. a. AU - Neogi, U. j. j. w. a. l. AU - Holm, K. r. i. s. t. i. a. n. AU - Hov, J. o. h. a. n. n. e. s. R. AU - Noyan, K. a. j. s. a. AU - Vesterbacka, J. a. n. AU - Svärd, J. e. n. n. y. AU - Rudi, K. n. u. t. AU - Sönnerborg, A. n. d. e. r. s. PY - 2015 DA - 2015// TI - Gut microbiota diversity predicts immune status in HIV-1 infection JO - AIDS VL - 29 UR - https://doi.org/10.1097/QAD.0000000000000869 DO - 10.1097/QAD.0000000000000869 ID - Nowak2015 ER - TY - JOUR AU - Dillon, S. M. AU - Manuzak, J. A. AU - Leone, A. K. AU - Lee, E. J. AU - Rogers, L. M. AU - McCarter, M. D. AU - Wilson, C. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - HIV-1 Infection of Human Intestinal Lamina Propria CD4+ T Cells In Vitro Is Enhanced by Exposure to Commensal Escherichia coli JO - The Journal of Immunology VL - 189 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.1200681 DO - 10.4049/jimmunol.1200681 ID - Dillon2012 ER - TY - JOUR AU - Vujkovic-Cvijin, I. v. a. n. AU - Dunham, R. i. c. h. a. r. d. M. AU - Iwai, S. h. o. k. o. AU - Maher, M. i. c. h. a. e. l. C. AU - Albright, R. e. b. e. c. c. a. G. AU - Broadhurst, M. a. r. a. J. AU - Hernandez, R. y. a. n. D. AU - Lederman, M. i. c. h. a. e. l. M. AU - Huang, Y. o. n. g. AU - Somsouk, M. a. AU - Deeks, S. t. e. v. e. n. G. AU - Hunt, P. e. t. e. r. W. AU - Lynch, S. u. s. a. n. V. AU - McCune, J. o. s. e. p. h. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Dysbiosis of the Gut Microbiota Is Associated with HIV Disease Progression and Tryptophan Catabolism JO - Science Translational Medicine VL - 5 UR - https://doi.org/10.1126/scitranslmed.3006438 DO - 10.1126/scitranslmed.3006438 ID - Vujkovic-Cvijin2013 ER - TY - JOUR AU - Wu, G. D. AU - Chen, J. AU - Hoffmann, C. AU - Bittinger, K. AU - Chen, Y. -. Y. AU - Keilbaugh, S. A. AU - Bewtra, M. AU - Knights, D. AU - Walters, W. A. AU - Knight, R. AU - Sinha, R. AU - Gilroy, E. AU - Gupta, K. AU - Baldassano, R. AU - Nessel, L. AU - Li, H. AU - Bushman, F. D. AU - Lewis, J. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Linking Long-Term Dietary Patterns with Gut Microbial Enterotypes JO - Science VL - 334 UR - https://doi.org/10.1126/science.1208344 DO - 10.1126/science.1208344 ID - Wu2011 ER - TY - JOUR AU - David, L. a. w. r. e. n. c. e. A. AU - Materna, A. r. n. e. C. AU - Friedman, J. o. n. a. t. h. a. n. AU - Campos-Baptista, M. a. r. i. a. I. AU - Blackburn, M. a. t. t. h. e. w. C. AU - Perrotta, A. l. l. i. s. o. n. AU - Erdman, S. u. s. a. n. E. AU - Alm, E. r. i. c. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Host lifestyle affects human microbiota on daily timescales JO - Genome Biology VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2014-15-7-r89 DO - 10.1186/gb-2014-15-7-r89 ID - David2014 ER - TY - STD TI - Kelley CF, Kraft CS, de Man TJ, Duphare C, Lee H-W, Yang J, et al. The rectal mucosa and condomless receptive anal intercourse in HIV-negative MSM: implications for HIV transmission and prevention. Mucosal Immunol. 2016 [cited 2017 Mar 30]; Available from: https://www.nature.com/doifinder/10.1038/mi.2016.97 UR - https://www.nature.com/doifinder/10.1038/mi.2016.97 ID - ref21 ER - TY - JOUR AU - Noguera-Julian, M. a. r. c. AU - Rocafort, M. u. n. t. s. a. AU - Guillén, Y. o. l. a. n. d. a. AU - Rivera, J. a. v. i. e. r. AU - Casadellà, M. a. r. i. a. AU - Nowak, P. i. o. t. r. AU - Hildebrand, F. a. l. k. AU - Zeller, G. e. o. r. g. AU - Parera, M. a. r. i. o. n. a. AU - Bellido, R. o. c. í. o. AU - Rodríguez, C. r. i. s. t. i. n. a. AU - Carrillo, J. o. r. g. e. AU - Mothe, B. e. a. t. r. i. z. AU - Coll, J. o. s. e. p. AU - Bravo, I. s. a. b. e. l. AU - Estany, C. a. r. l. a. AU - Herrero, C. r. i. s. t. i. n. a. AU - Saz, J. o. r. g. e. AU - Sirera, G. u. i. l. l. e. m. AU - Torrela, A. r. i. a. d. n. a. AU - Navarro, J. o. r. d. i. AU - Crespo, M. a. n. e. l. AU - Brander, C. h. r. i. s. t. i. a. n. AU - Negredo, E. u. g. è. n. i. a. AU - Blanco, J. u. l. i. à. AU - Guarner, F. r. a. n. c. i. s. c. o. AU - Calle, M. a. r. i. a. L. u. z. AU - Bork, P. e. e. r. AU - Sönnerborg, A. n. d. e. r. s. AU - Clotet, B. o. n. a. v. e. n. t. u. r. a. AU - Paredes, R. o. g. e. r. PY - 2016 DA - 2016// TI - Gut Microbiota Linked to Sexual Preference and HIV Infection JO - EBioMedicine VL - 5 UR - https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2016.01.032 DO - 10.1016/j.ebiom.2016.01.032 ID - Noguera-Julian2016 ER - TY - STD TI - Guillén Y, Noguera-Julian M, Rivera J, Casadella M, Rocafort M, Parera M, et al. Nadir CD4+ T-cell count strongly predicts gut disbyosis in HIV infection. 2017; ID - ref23 ER - TY - JOUR AU - Glavan, T. W. AU - Gaulke, C. A. AU - Santos Rocha, C. AU - Sankaran-Walters, S. AU - Hirao, L. A. AU - Raffatellu, M. AU - Jiang, G. AU - Bäumler, A. J. AU - Goulart, L. R. AU - Dandekar, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Gut immune dysfunction through impaired innate pattern recognition receptor expression and gut microbiota dysbiosis in chronic SIV infection JO - Mucosal Immunology VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/mi.2015.92 DO - 10.1038/mi.2015.92 ID - Glavan2015 ER - TY - JOUR AU - Monaco, C. y. n. t. h. i. a.  . L. AU - Gootenberg, D. a. v. i. d.  . B. AU - Zhao, G. u. o. y. a. n. AU - Handley, S. c. o. t. t.  . A. AU - Ghebremichael, M. u. s. i. e.  . S. AU - Lim, E. f. r. e. m.  . S. AU - Lankowski, A. l. e. x. AU - Baldridge, M. e. g. a. n.  . T. AU - Wilen, C. r. a. i. g.  . B. AU - Flagg, M. e. a. g. h. a. n. AU - Norman, J. a. s. o. n.  . M. AU - Keller, B. r. i. a. n.  . C. AU - Luévano, J. e. s. ú. s.  . M. a. r. i. o. AU - Wang, D. a. v. i. d. AU - Boum, Y. a. p. AU - Martin, J. e. f. f. r. e. y.  . N. AU - Hunt, P. e. t. e. r.  . W. AU - Bangsberg, D. a. v. i. d.  . R. AU - Siedner, M. a. r. k.  . J. AU - Kwon, D. o. u. g. l. a. s.  . S. AU - Virgin, H. e. r. b. e. r. t.  . W. PY - 2016 DA - 2016// TI - Altered Virome and Bacterial Microbiome in Human Immunodeficiency Virus-Associated Acquired Immunodeficiency Syndrome JO - Cell Host & Microbe VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2016.02.011 DO - 10.1016/j.chom.2016.02.011 ID - Monaco2016 ER - TY - JOUR AU - Handley, S. c. o. t. t.  . A. AU - Thackray, L. a. r. i. s. s. a.  . B. AU - Zhao, G. u. o. y. a. n. AU - Presti, R. a. c. h. e. l. AU - Miller, A. n. d. r. e. w.  . D. AU - Droit, L. i. n. d. s. a. y. AU - Abbink, P. e. t. e. r. AU - Maxfield, L. o. r. i.  . F. AU - Kambal, A. m. a. l. AU - Duan, E. r. n. i. n. g. AU - Stanley, K. e. l. l. y. AU - Kramer, J. o. s. h. u. a. AU - Macri, S. h. e. i. l. a.  . C. AU - Permar, S. a. l. l. i. e.  . R. AU - Schmitz, J. o. e. r. n.  . E. AU - Mansfield, K. e. i. t. h. AU - Brenchley, J. a. s. o. n.  . M. AU - Veazey, R. o. n. a. l. d.  . S. AU - Stappenbeck, T. h. a. d. d. e. u. s.  . S. AU - Wang, D. a. v. i. d. AU - Barouch, D. a. n.  . H. AU - Virgin, H. e. r. b. e. r. t.  . W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Pathogenic Simian Immunodeficiency Virus Infection Is Associated with Expansion of the Enteric Virome JO - Cell VL - 151 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.09.024 DO - 10.1016/j.cell.2012.09.024 ID - Handley2012 ER - TY - STD TI - Sortino O, Phanuphak N, Chomchey N, Belkaid Y, Davis J, Quinones M, et al. Acute HIV-infection and human gut microbiome before and after anti-retroviral therapy goals background and study rationale results. 2017 Available from: https://www.croiconference.org/sites/default/files/posters-2017/214_Sortino.pdf. UR - https://www.croiconference.org/sites/default/files/posters-2017/214_Sortino.pdf. ID - ref27 ER - TY - JOUR AU - Dillon, S. M. AU - Lee, E. J. AU - Kotter, C. V. AU - Austin, G. L. AU - Dong, Z. AU - Hecht, D. K. AU - Gianella, S. AU - Siewe, B. AU - Smith, D. M. AU - Landay, A. L. AU - Robertson, C. E. AU - Frank, D. N. AU - Wilson, C. C. PY - 2014 DA - 2014// TI - An altered intestinal mucosal microbiome in HIV-1 infection is associated with mucosal and systemic immune activation and endotoxemia JO - Mucosal Immunology VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/mi.2013.116 DO - 10.1038/mi.2013.116 ID - Dillon2014 ER - TY - STD TI - Yang L, Poles MA, Fisch GS, Ma Y, Nossa C, Phelan JA, et al. HIV-induced immunosuppression is associated with colonization of the proximal gut by environmental bacteria. AIDS. 2016;30:19–29. ID - ref29 ER - TY - JOUR AU - Pastor, L. u. c. i. a. AU - Parker, E. r. i. c. a. AU - Carrillo, J. o. r. g. e. AU - Urrea, V. i. c. t. o. r. AU - Fuente-Soro, L. a. u. r. a. AU - Respeito, D. u. r. v. a. l. AU - Jairoce, C. h. e. n. j. e. r. a. i. AU - Mandomando, I. n. a. c. i. o. AU - Blanco, J. u. l. i. à. AU - Naniche, D. e. n. i. s. e. PY - 2017 DA - 2017// TI - A Cytokine Pattern That Differentiates Preseroconversion From Postseroconversion Phases of Primary HIV Infection JO - JAIDS Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes VL - 74 UR - https://doi.org/10.1097/QAI.0000000000001272 DO - 10.1097/QAI.0000000000001272 ID - Pastor2017 ER - TY - JOUR AU - Cotillard, A. u. r. é. l. i. e. AU - Kennedy, S. e. a. n. P. AU - Kong, L. i. n. g. C. h. u. n. AU - Prifti, E. d. i. AU - Pons, N. i. c. o. l. a. s. AU - Le Chatelier, E. m. m. a. n. u. e. l. l. e. AU - Almeida, M. a. t. h. i. e. u. AU - Quinquis, B. e. n. o. i. t. AU - Levenez, F. l. o. r. e. n. c. e. AU - Galleron, N. a. t. h. a. l. i. e. AU - Gougis, S. o. p. h. i. e. AU - Rizkalla, S. a. l. w. a. AU - Batto, J. e. a. n. -. M. i. c. h. e. l. AU - Renault, P. i. e. r. r. e. AU - Doré, J. o. e. l. AU - Zucker, J. e. a. n. -. D. a. n. i. e. l. AU - Clément, K. a. r. i. n. e. AU - Ehrlich, S. t. a. n. i. s. l. a. v. D. u. s. k. o. PY - 2013 DA - 2013// TI - Dietary intervention impact on gut microbial gene richness JO - Nature VL - 500 UR - https://doi.org/10.1038/nature12480 DO - 10.1038/nature12480 ID - Cotillard2013 ER - TY - JOUR AU - Guillén, Y. o. l. a. n. d. a. AU - Noguera-Julian, M. a. r. c. AU - Rivera, J. a. v. i. e. r. AU - Casadellà, M. a. r. i. a. AU - Zevin, A. l. e. x. a. n. d. e. r. S. AU - Rocafort, M. u. n. t. s. a. AU - Parera, M. a. r. i. o. n. a. AU - Rodríguez, C. r. i. s. t. i. n. a. AU - Arumí, M. a. r. ç. a. l. AU - Carrillo, J. o. r. g. e. AU - Mothe, B. e. a. t. r. i. z. AU - Estany, C. a. r. l. a. AU - Coll, J. o. s. e. p. AU - Bravo, I. s. a. b. e. l. AU - Herrero, C. r. i. s. t. i. n. a. AU - Saz, J. o. r. g. e. AU - Sirera, G. u. i. l. l. e. m. AU - Torrella, A. r. i. a. d. n. a. AU - Navarro, J. o. r. d. i. AU - Crespo, M. a. n. u. e. l. AU - Negredo, E. u. g. è. n. i. a. AU - Brander, C. h. r. i. s. t. i. a. n. AU - Blanco, J. u. l. i. à. AU - Calle, M. a. r. i. a. L. u. z. AU - Klatt, N. i. c. h. o. l. e. R. AU - Clotet, B. o. n. a. v. e. n. t. u. r. a. AU - Paredes, R. o. g. e. r. PY - 2018 DA - 2018// TI - Low nadir CD4+ T-cell counts predict gut dysbiosis in HIV-1 infection JO - Mucosal Immunology VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/s41385-018-0083-7 DO - 10.1038/s41385-018-0083-7 ID - Guillén2018 ER - TY - JOUR AU - Ou, J. u. n. h. a. i. AU - Carbonero, F. r. a. n. c. k. AU - Zoetendal, E. r. w. i. n. G. AU - DeLany, J. a. m. e. s. P. AU - Wang, M. e. i. AU - Newton, K. e. i. t. h. AU - Gaskins, H. R. e. x. AU - O’Keefe, S. t. e. p. h. e. n. J. D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Diet, microbiota, and microbial metabolites in colon cancer risk in rural Africans and African Americans JO - The American Journal of Clinical Nutrition VL - 98 UR - https://doi.org/10.3945/ajcn.112.056689 DO - 10.3945/ajcn.112.056689 ID - Ou2013 ER - TY - STD TI - De Filippo C, Cavalieri D, Di Paola M, Ramazzotti M, Poullet JB, Massart S, et al. Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010;107:14691–6. ID - ref34 ER - TY - JOUR AU - Handley, S. c. o. t. t.  . A. AU - Desai, C. h. a. n. d. n. i. AU - Zhao, G. u. o. y. a. n. AU - Droit, L. i. n. d. s. a. y. AU - Monaco, C. y. n. t. h. i. a.  . L. AU - Schroeder, A. n. d. r. e. w.  . C. AU - Nkolola, J. o. s. e. p. h.  . P. AU - Norman, M. e. g. a. n.  . E. AU - Miller, A. n. d. r. e. w.  . D. AU - Wang, D. a. v. i. d. AU - Barouch, D. a. n.  . H. AU - Virgin, H. e. r. b. e. r. t.  . W. PY - 2016 DA - 2016// TI - SIV Infection-Mediated Changes in Gastrointestinal Bacterial Microbiome and Virome Are Associated with Immunodeficiency and Prevented by Vaccination JO - Cell Host & Microbe VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2016.02.010 DO - 10.1016/j.chom.2016.02.010 ID - Handley2016 ER - TY - JOUR AU - Noguera-Julian, M. a. r. c. AU - Rocafort, M. u. n. t. s. a. AU - Guillén, Y. o. l. a. n. d. a. AU - Rivera, J. a. v. i. e. r. AU - Casadellà, M. a. r. i. a. AU - Nowak, P. i. o. t. r. AU - Hildebrand, F. a. l. k. AU - Zeller, G. e. o. r. g. AU - Parera, M. a. r. i. o. n. a. AU - Bellido, R. o. c. í. o. AU - Rodríguez, C. r. i. s. t. i. n. a. AU - Carrillo, J. o. r. g. e. AU - Mothe, B. e. a. t. r. i. z. AU - Coll, J. o. s. e. p. AU - Bravo, I. s. a. b. e. l. AU - Estany, C. a. r. l. a. AU - Herrero, C. r. i. s. t. i. n. a. AU - Saz, J. o. r. g. e. AU - Sirera, G. u. i. l. l. e. m. AU - Torrela, A. r. i. a. d. n. a. AU - Navarro, J. o. r. d. i. AU - Crespo, M. a. n. e. l. AU - Brander, C. h. r. i. s. t. i. a. n. AU - Negredo, E. u. g. è. n. i. a. AU - Blanco, J. u. l. i. à. AU - Guarner, F. r. a. n. c. i. s. c. o. AU - Calle, M. a. r. i. a. L. u. z. AU - Bork, P. e. e. r. AU - Sönnerborg, A. n. d. e. r. s. AU - Clotet, B. o. n. a. v. e. n. t. u. r. a. AU - Paredes, R. o. g. e. r. PY - 2016 DA - 2016// TI - Gut Microbiota Linked to Sexual Preference and HIV Infection JO - EBioMedicine VL - 5 UR - https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2016.01.032 DO - 10.1016/j.ebiom.2016.01.032 ID - Noguera-Julian2016 ER - TY - JOUR AU - Wu, G. D. AU - Chen, J. AU - Hoffmann, C. AU - Bittinger, K. AU - Chen, Y. -. Y. AU - Keilbaugh, S. A. AU - Bewtra, M. AU - Knights, D. AU - Walters, W. A. AU - Knight, R. AU - Sinha, R. AU - Gilroy, E. AU - Gupta, K. AU - Baldassano, R. AU - Nessel, L. AU - Li, H. AU - Bushman, F. D. AU - Lewis, J. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Linking Long-Term Dietary Patterns with Gut Microbial Enterotypes JO - Science VL - 334 UR - https://doi.org/10.1126/science.1208344 DO - 10.1126/science.1208344 ID - Wu2011 ER - TY - JOUR AU - Gori, A. AU - Tincati, C. AU - Rizzardini, G. AU - Torti, C. AU - Quirino, T. AU - Haarman, M. AU - Ben Amor, K. AU - van Schaik, J. AU - Vriesema, A. AU - Knol, J. AU - Marchetti, G. AU - Welling, G. AU - Clerici, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Early Impairment of Gut Function and Gut Flora Supporting a Role for Alteration of Gastrointestinal Mucosa in Human Immunodeficiency Virus Pathogenesis JO - Journal of Clinical Microbiology VL - 46 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.01729-07 DO - 10.1128/JCM.01729-07 ID - Gori2007 ER - TY - JOUR AU - Pérez-Santiago, J. o. s. u. é. AU - Gianella, S. a. r. a. AU - Massanella, M. a. r. t. a. AU - Spina, C. e. l. s. a. A. AU - Karris, M. a. i. l. e. Y. AU - Var, S. u. s. a. n. n. a. R. AU - Patel, D. e. r. e. k. AU - Jordan, P. a. r. r. i. s. S. AU - Young, J. a. s. o. n. A. AU - Little, S. u. s. a. n. J. AU - Richman, D. o. u. g. l. a. s. D. AU - Smith, D. a. v. e. y. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Gut Lactobacillales are associated with higher CD4 and less microbial translocation during HIV infection JO - AIDS VL - 27 UR - https://doi.org/10.1097/QAD.0b013e3283611816 DO - 10.1097/QAD.0b013e3283611816 ID - Pérez-Santiago2013 ER - TY - JOUR AU - Mutlu, E. c. e. A. AU - Keshavarzian, A. l. i. AU - Losurdo, J. o. h. n. AU - Swanson, G. a. r. t. h. AU - Siewe, B. a. s. i. l. e. AU - Forsyth, C. h. r. i. s. t. o. p. h. e. r. AU - French, A. u. d. r. e. y. AU - DeMarais, P. a. t. r. i. c. i. a. AU - Sun, Y. a. n. AU - Koenig, L. a. r. s. AU - Cox, S. t. e. p. h. e. n. AU - Engen, P. h. i. l. l. i. p. AU - Chakradeo, P. r. a. c. h. i. AU - Abbasi, R. a. w. a. n. AU - Gorenz, A. n. n. i. k. a. AU - Burns, C. h. a. r. l. e. s. AU - Landay, A. l. a. n. PY - 2014 DA - 2014// TI - A Compositional Look at the Human Gastrointestinal Microbiome and Immune Activation Parameters in HIV Infected Subjects JO - PLoS Pathogens VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1003829 DO - 10.1371/journal.ppat.1003829 ID - Mutlu2014 ER - TY - STD TI - Schneeberger M, Everard A, Gómez-Valadés AG, Matamoros S, Ramírez S, Delzenne NM, et al. Akkermansia muciniphila inversely correlates with the onset of inflammation, altered adipose tissue metabolism and metabolic disorders during obesity in mice. Sci Rep. 2015;5:16643. ID - ref41 ER - TY - STD TI - Routy B, Le Chatelier E, Derosa L, Duong CPM, Alou MT, Daillère R, et al. Gut microbiome influences efficacy of PD-1-based immunotherapy against epithelial tumors. Science (80- ). 2018;359:91–7. ID - ref42 ER - TY - JOUR AU - González, R. AU - Munguambe, K. AU - Aponte, J. J. AU - Bavo, C. AU - Nhalungo, D. AU - Macete, E. AU - Alonso, P. L. AU - Menéndez, C. AU - Naniche, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - High HIV prevalence in a southern semi-rural area of Mozambique: a community-based survey JO - HIV Medicine VL - 13 UR - https://doi.org/10.1111/j.1468-1293.2012.01018.x DO - 10.1111/j.1468-1293.2012.01018.x ID - González2012 ER - TY - JOUR AU - Schwitters, A. m. e. e. AU - Lederer, P. h. i. l. i. p. AU - Zilversmit, L. e. a. h. AU - Gudo, P. a. u. l. a. S. a. m. o. AU - Ramiro, I. s. a. i. a. s. AU - Cumba, L. u. i. s. a. AU - Mahagaja, E. p. i. f. a. n. i. o. AU - Jobarteh, K. e. b. b. a. PY - 2015 DA - 2015// TI - Barriers to Health Care in Rural Mozambique: A Rapid Ethnographic Assessment of Planned Mobile Health Clinics for ART JO - Global Health: Science and Practice VL - 3 ID - Schwitters2015 ER - TY - STD TI - Pastor L, Urrea VV, Carrillo J, Parker E, Fuente-Soro L, Jairoce C, et al. Dynamics of CD4 and CD8 T-cell subsets and inflammatory biomarkers during early and chronic HIV infection in Mozambican adults. Front Immunol. 2017;8:1925. ID - ref45 ER - TY - JOUR AU - Serna-Bolea, C. e. l. i. a. AU - Muñoz, J. o. s. e. AU - Almeida, J. o. s. e. M. AU - Nhacolo, A. r. i. e. l. AU - Letang, E. m. i. l. i. o. AU - Nhampossa, T. a. c. i. l. t. a. AU - Ferreira, E. l. i. a. n. a. AU - Alonso, P. e. d. r. o. AU - Naniche, D. e. n. i. s. e. PY - 2010 DA - 2010// TI - High prevalence of symptomatic acute HIV infection in an outpatient ward in southern Mozambique: identification and follow-up JO - AIDS VL - 24 UR - https://doi.org/10.1097/QAD.0b013e328335cda3 DO - 10.1097/QAD.0b013e328335cda3 ID - Serna-Bolea2010 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. r. e. g. o. r. y. AU - Kuczynski, J. u. s. t. i. n. AU - Stombaugh, J. e. s. s. e. AU - Bittinger, K. y. l. e. AU - Bushman, F. r. e. d. e. r. i. c. D. AU - Costello, E. l. i. z. a. b. e. t. h. K. AU - Fierer, N. o. a. h. AU - Peña, A. n. t. o. n. i. o. G. o. n. z. a. l. e. z. AU - Goodrich, J. u. l. i. a. K. AU - Gordon, J. e. f. f. r. e. y. I. AU - Huttley, G. a. v. i. n. A. AU - Kelley, S. c. o. t. t. T. AU - Knights, D. a. n. AU - Koenig, J. e. r. e. m. y. E. AU - Ley, R. u. t. h. E. AU - Lozupone, C. a. t. h. e. r. i. n. e. A. AU - McDonald, D. a. n. i. e. l. AU - Muegge, B. r. i. a. n. D. AU - Pirrung, M. e. g. AU - Reeder, J. e. n. s. AU - Sevinsky, J. o. e. l. R. AU - Turnbaugh, P. e. t. e. r. J. AU - Walters, W. i. l. l. i. a. m. A. AU - Widmann, J. e. r. e. m. y. AU - Yatsunenko, T. a. n. y. a. AU - Zaneveld, J. e. s. s. e. AU - Knight, R. o. b. PY - 2010 DA - 2010// TI - QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data JO - Nature Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.f.303 DO - 10.1038/nmeth.f.303 ID - Caporaso2010 ER - TY - JOUR AU - DeSantis, T. Z. AU - Hugenholtz, P. AU - Larsen, N. AU - Rojas, M. AU - Brodie, E. L. AU - Keller, K. AU - Huber, T. AU - Dalevi, D. AU - Hu, P. AU - Andersen, G. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Greengenes, a Chimera-Checked 16S rRNA Gene Database and Workbench Compatible with ARB JO - Applied and Environmental Microbiology VL - 72 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.03006-05 DO - 10.1128/AEM.03006-05 ID - DeSantis2006 ER - TY - JOUR AU - Haas, B. J. AU - Gevers, D. AU - Earl, A. M. AU - Feldgarden, M. AU - Ward, D. V. AU - Giannoukos, G. AU - Ciulla, D. AU - Tabbaa, D. AU - Highlander, S. K. AU - Sodergren, E. AU - Methe, B. AU - DeSantis, T. Z. AU - Petrosino, J. F. AU - Knight, R. AU - Birren, B. W. PY - 2011 DA - 2011// TI - Chimeric 16S rRNA sequence formation and detection in Sanger and 454-pyrosequenced PCR amplicons JO - Genome Research VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.112730.110 DO - 10.1101/gr.112730.110 ID - Haas2011 ER - TY - JOUR AU - Bolger, A. n. t. h. o. n. y. M. AU - Lohse, M. a. r. c. AU - Usadel, B. j. o. e. r. n. PY - 2014 DA - 2014// TI - Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170 DO - 10.1093/bioinformatics/btu170 ID - Bolger2014 ER - TY - JOUR AU - Truong, D. u. y. T. i. n. AU - Franzosa, E. r. i. c. A. AU - Tickle, T. i. m. o. t. h. y. L. AU - Scholz, M. a. t. t. h. i. a. s. AU - Weingart, G. e. o. r. g. e. AU - Pasolli, E. d. o. a. r. d. o. AU - Tett, A. d. r. i. a. n. AU - Huttenhower, C. u. r. t. i. s. AU - Segata, N. i. c. o. l. a. PY - 2015 DA - 2015// TI - MetaPhlAn2 for enhanced metagenomic taxonomic profiling JO - Nature Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3589 DO - 10.1038/nmeth.3589 ID - Truong2015 ER - TY - JOUR AU - Li, J. u. n. h. u. a. AU - Jia, H. u. i. j. u. e. AU - Cai, X. i. a. n. g. h. a. n. g. AU - Zhong, H. u. a. n. z. i. AU - Feng, Q. i. a. n. g. AU - Sunagawa, S. h. i. n. i. c. h. i. AU - Arumugam, M. a. n. i. m. o. z. h. i. y. a. n. AU - Kultima, J. e. n. s. R. o. a. t. AU - Prifti, E. d. i. AU - Nielsen, T. r. i. n. e. AU - Juncker, A. g. n. i. e. s. z. k. a. S. i. e. r. a. k. o. w. s. k. a. AU - Manichanh, C. h. a. y. s. a. v. a. n. h. AU - Chen, B. i. n. g. AU - Zhang, W. e. n. w. e. i. AU - Levenez, F. l. o. r. e. n. c. e. AU - Wang, J. u. a. n. AU - Xu, X. u. n. AU - Xiao, L. i. a. n. g. AU - Liang, S. u. i. s. h. a. AU - Zhang, D. o. n. g. y. a. AU - Zhang, Z. h. a. o. x. i. AU - Chen, W. e. i. n. e. n. g. AU - Zhao, H. a. i. l. o. n. g. AU - Al-Aama, J. u. m. a. n. a. Y. o. u. s. u. f. AU - Edris, S. h. e. r. i. f. AU - Yang, H. u. a. n. m. i. n. g. AU - Wang, J. i. a. n. AU - Hansen, T. o. r. b. e. n. AU - Nielsen, H. e. n. r. i. k. B. j. ø. r. n. AU - Brunak, S. ø. r. e. n. AU - Kristiansen, K. a. r. s. t. e. n. AU - Guarner, F. r. a. n. c. i. s. c. o. AU - Pedersen, O. l. u. f. AU - Doré, J. o. e. l. AU - Ehrlich, S. D. u. s. k. o. AU - Bork, P. e. e. r. AU - Wang, J. u. n. PY - 2014 DA - 2014// TI - An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome JO - Nature Biotechnology VL - 32 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2942 DO - 10.1038/nbt.2942 ID - Li2014 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The Sequence Alignment/Map format and SAMtools JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - STD TI - Oksanen J, Blanchet FG, Kindt R, Legendre P, Minchin PR, O’Hara RB, et al. Package ‘vegan.’ R Packag ver 20–8; 2013. p. 254. ID - ref54 ER - TY - STD TI - Roeland Kindt. Package “BiodiversityR.” 2016. ID - ref55 ER - TY - STD TI - McMurdie PJ, Holmes S, Gregory Jordan SC. Package “phyloseq.”; 2016. ID - ref56 ER - TY - STD TI - M Maechler, P Rousseeuw, A Struyf , M Hubert, K Hornik, Studer, M, Roudier P. Package “cluster.” ID - ref57 ER - TY - JOUR AU - Segata, N. i. c. o. l. a. AU - Izard, J. a. c. q. u. e. s. AU - Waldron, L. e. v. i. AU - Gevers, D. i. r. k. AU - Miropolsky, L. a. r. i. s. a. AU - Garrett, W. e. n. d. y. S. AU - Huttenhower, C. u. r. t. i. s. PY - 2011 DA - 2011// TI - Metagenomic biomarker discovery and explanation JO - Genome Biology VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-6-r60 DO - 10.1186/gb-2011-12-6-r60 ID - Segata2011 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324 DO - 10.1093/bioinformatics/btp324 ID - Li2009 ER - TY - STD TI - Abubucker S, Segata N, Goll J, Schubert AM, Izard J, Cantarel BL, et al. Metabolic reconstruction for metagenomic data and its application to the human microbiome. Eisen JA, editor. PLoS Comput Biol. 2012;8:e1002358. ID - ref60 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. PY - 2000 DA - 2000// TI - KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes JO - Nucleic Acids Research VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.27 DO - 10.1093/nar/28.1.27 ID - Kanehisa2000 ER - TY - JOUR AU - Cohen, M. y. r. o. n.  . S. AU - Gay, C. y. n. t. h. i. a.  . L. AU - Busch, M. i. c. h. a. e. l.  . P. AU - Hecht, F. r. e. d. e. r. i. c. k.  . M. PY - 2010 DA - 2010// TI - The Detection of Acute HIV Infection JO - The Journal of Infectious Diseases VL - 202 UR - https://doi.org/10.1086/655651 DO - 10.1086/655651 ID - Cohen2010 ER -