TY - BOOK PY - 2017 DA - 2017// TI - Microbiomes of the built environment: a research agenda for indoor microbiology, human health, and buildings PB - The National Academies Press CY - Washington DC ID - ref1 ER - TY - JOUR AU - Lax, S. AU - Gilbert, J. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Hospital-associated microbiota and implications for nosocomial infections JO - Trends Mol Med VL - 21 UR - https://doi.org/10.1016/j.molmed.2015.03.005 DO - 10.1016/j.molmed.2015.03.005 ID - Lax2015 ER - TY - JOUR AU - Barberán, A. l. b. e. r. t. AU - Dunn, R. o. b. e. r. t. R. AU - Reich, B. r. i. a. n. J. AU - Pacifici, K. r. i. s. h. n. a. AU - Laber, E. r. i. c. B. AU - Menninger, H. o. l. l. y. L. AU - Morton, J. a. m. e. s. M. AU - Henley, J. e. s. s. i. c. a. B. AU - Leff, J. o. n. a. t. h. a. n. W. AU - Miller, S. h. e. l. l. y. L. AU - Fierer, N. o. a. h. PY - 2015 DA - 2015// TI - The ecology of microscopic life in household dust JO - Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences VL - 282 UR - https://doi.org/10.1098/rspb.2015.1139 DO - 10.1098/rspb.2015.1139 ID - Barberán2015 ER - TY - JOUR AU - Adams, R. a. c. h. e. l. I. AU - Miletto, M. a. r. z. i. a. AU - Lindow, S. t. e. v. e. n. E. AU - Taylor, J. o. h. n. W. AU - Bruns, T. h. o. m. a. s. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - Airborne Bacterial Communities in Residences: Similarities and Differences with Fungi JO - PLoS ONE VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0091283 DO - 10.1371/journal.pone.0091283 ID - Adams2014 ER - TY - JOUR AU - Dunn, R. R. AU - Fierer, N. AU - Henley, J. B. AU - Leff, J. W. AU - Menninger, H. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Home life: factors structuring the bacterial diversity found within and between homes JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0064133 DO - 10.1371/journal.pone.0064133 ID - Dunn2013 ER - TY - JOUR AU - Kettleson, E. M. AU - Adhikari, A. AU - Vesper, S. AU - Coombs, K. AU - Indugula, R. AU - Reponen, T. PY - 2015 DA - 2015// TI - Key determinants of the fungal and bacterial microbiomes in homes JO - Environ Res VL - 138 UR - https://doi.org/10.1016/j.envres.2015.02.003 DO - 10.1016/j.envres.2015.02.003 ID - Kettleson2015 ER - TY - JOUR AU - Dannemiller, K. C. AU - Gent, J. F. AU - Leaderer, B. P. AU - Peccia, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Influence of housing characteristics on bacterial and fungal communities in homes of asthmatic children JO - Indoor Air VL - 26 UR - https://doi.org/10.1111/ina.12205 DO - 10.1111/ina.12205 ID - Dannemiller2016 ER - TY - JOUR AU - Maestre, J. P. AU - Jennings, W. AU - Wylie, D. AU - Horner, S. D. AU - Siegel, J. AU - Kinney, K. A. PY - 2018 DA - 2018// TI - Filter forensics: microbiota recovery from residential HVAC filters JO - Microbiome VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-018-0407-6 DO - 10.1186/s40168-018-0407-6 ID - Maestre2018 ER - TY - JOUR AU - Lax, S. i. m. o. n. AU - Sangwan, N. a. s. e. e. r. AU - Smith, D. a. n. i. e. l. AU - Larsen, P. e. t. e. r. AU - Handley, K. i. m. M. AU - Richardson, M. i. l. e. s. AU - Guyton, K. r. i. s. t. i. n. a. AU - Krezalek, M. o. n. i. k. a. AU - Shogan, B. e. n. j. a. m. i. n. D. AU - Defazio, J. e. n. n. i. f. e. r. AU - Flemming, I. r. m. a. AU - Shakhsheer, B. a. d. d. r. AU - Weber, S. t. e. p. h. e. n. AU - Landon, E. m. i. l. y. AU - Garcia-Houchins, S. y. l. v. i. a. AU - Siegel, J. e. f. f. r. e. y. AU - Alverdy, J. o. h. n. AU - Knight, R. o. b. AU - Stephens, B. r. e. n. t. AU - Gilbert, J. a. c. k. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Bacterial colonization and succession in a newly opened hospital JO - Science Translational Medicine VL - 9 UR - https://doi.org/10.1126/scitranslmed.aah6500 DO - 10.1126/scitranslmed.aah6500 ID - Lax2017 ER - TY - JOUR AU - Hewitt, K. M. AU - Mannino, F. L. AU - Gonzalez, A. AU - Chase, J. H. AU - Caporaso, J. G. AU - Knight, R. AU - Kelley, S. T. PY - 2013 DA - 2013// TI - Bacterial diversity in two neonatal intensive care units (NICUs) JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0054703 DO - 10.1371/journal.pone.0054703 ID - Hewitt2013 ER - TY - JOUR AU - Brooks, B. AU - Olm, M. R. AU - Firek, B. A. AU - Baker, R. AU - Thomas, B. C. AU - Morowitz, M. J. AU - Banfield, J. F. PY - 2017 DA - 2017// TI - Strain-resolved analysis of hospital rooms and infants reveals overlap between the human and room microbiome JO - Nat Commun VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/s41467-017-02018-w DO - 10.1038/s41467-017-02018-w ID - Brooks2017 ER - TY - JOUR AU - Kembel, S. W. AU - Meadow, J. F. AU - O’Connor, T. K. AU - Mhuireach, G. AU - Northcutt, D. AU - Kline, J. AU - Moriyama, M. AU - Brown, G. Z. AU - Bohannan, B. J. M. AU - Green, J. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Architectural design drives the biogeography of indoor bacterial communities JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0087093 DO - 10.1371/journal.pone.0087093 ID - Kembel2014 ER - TY - JOUR AU - Hoisington, A. AU - Maestre, J. P. AU - Kinney, K. A. AU - Siegel, J. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Characterizing the bacterial communities in retail stores in the United States JO - Indoor Air VL - 26 UR - https://doi.org/10.1111/ina.12273 DO - 10.1111/ina.12273 ID - Hoisington2016 ER - TY - STD TI - Chase J, Fouquier J, Zare M, Sonderegger DL, Knight R, Kelley ST, Siegel J, Caporaso JG. Geography and location are the primary drivers of office microbiome composition. mSystems. 2016;1(2):e00022–16. ID - ref14 ER - TY - JOUR AU - Lang, J. M. AU - Coil, D. A. AU - Neches, R. Y. AU - Brown, W. E. AU - Cavalier, D. AU - Severance, M. AU - Hampton-Marcell, J. T. AU - Gilbert, J. A. AU - Eisen, J. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - A microbial survey of the International Space Station (ISS) JO - Peer J VL - 5 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.4029 DO - 10.7717/peerj.4029 ID - Lang2017 ER - TY - JOUR AU - Checinska, A. AU - Probst, A. J. AU - Vaishampayan, P. AU - White, J. R. AU - Kumar, D. AU - Stepanov, V. G. AU - Fox, G. E. AU - Nilsson, H. R. AU - Pierson, D. L. AU - Perry, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Microbiomes of the dust particles collected from the International Space Station and Spacecraft Assembly Facilities JO - Microbiome VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-015-0116-3 DO - 10.1186/s40168-015-0116-3 ID - Checinska2015 ER - TY - JOUR AU - Adams, R. I. AU - Bhangar, S. AU - Pasut, W. AU - Arens, E. A. AU - Taylor, J. W. AU - Lindow, S. E. AU - Nazaroff, W. W. AU - Bruns, T. D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Chamber bioaerosol study: outdoor air and human occupants as sources of indoor airborne microbes JO - PLOS ONE VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0128022 DO - 10.1371/journal.pone.0128022 ID - Adams2015 ER - TY - JOUR AU - Hospodsky, D. AU - Qian, J. AU - Nazaroff, W. W. AU - Yamamoto, N. AU - Bibby, K. AU - Rismani-Yazdi, H. AU - Peccia, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Human occupancy as a source of indoor airborne bacteria JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0034867 DO - 10.1371/journal.pone.0034867 ID - Hospodsky2012 ER - TY - JOUR AU - Bowers, R. o. b. e. r. t. M. AU - Clements, N. i. c. h. o. l. a. s. AU - Emerson, J. o. a. n. n. e. B. AU - Wiedinmyer, C. h. r. i. s. t. i. n. e. AU - Hannigan, M. i. c. h. a. e. l. P. AU - Fierer, N. o. a. h. PY - 2013 DA - 2013// TI - Seasonal Variability in Bacterial and Fungal Diversity of the Near-Surface Atmosphere JO - Environmental Science & Technology VL - 47 UR - https://doi.org/10.1021/es402970s DO - 10.1021/es402970s ID - Bowers2013 ER - TY - JOUR AU - Yamamoto, N. AU - Bibby, K. AU - Qian, J. AU - Hospodsky, D. AU - Rismani-Yazdi, H. AU - Nazaroff, W. W. AU - Peccia, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Particle-size distributions and seasonal diversity of allergenic and pathogenic fungi in outdoor air JO - Isme J VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2012.30 DO - 10.1038/ismej.2012.30 ID - Yamamoto2012 ER - TY - JOUR AU - Mims, S. A. AU - Mims, F. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Fungal spores are transported long distances in smoke from biomass fires JO - Atmos Environ VL - 38 UR - https://doi.org/10.1016/j.atmosenv.2003.10.043 DO - 10.1016/j.atmosenv.2003.10.043 ID - Mims2004 ER - TY - JOUR AU - Yamaguchi, N. AU - Ichijo, T. AU - Sakotani, A. AU - Baba, T. AU - Nasu, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Global dispersion of bacterial cells on Asian dust JO - Sci Rep VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/srep00525 DO - 10.1038/srep00525 ID - Yamaguchi2012 ER - TY - JOUR AU - Barberan, A. AU - Ladau, J. AU - Leff, J. W. AU - Pollard, K. S. AU - Menninger, H. L. AU - Dunn, R. R. AU - Fierer, N. PY - 2015 DA - 2015// TI - Continental-scale distributions of dust-associated bacteria and fungi JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1420815112 DO - 10.1073/pnas.1420815112 ID - Barberan2015 ER - TY - JOUR AU - Smith, D. J. AU - Timonen, H. J. AU - Jaffe, D. A. AU - Griffin, D. W. AU - Birmele, M. N. AU - Perry, K. D. AU - Ward, P. D. AU - Roberts, M. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Intercontinental dispersal of bacteria and Archaea by transpacific winds JO - Appl Environ Microbiol VL - 79 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.03029-12 DO - 10.1128/AEM.03029-12 ID - Smith2013 ER - TY - JOUR AU - Mhuireach, G. AU - Johnson, B. R. AU - Altrichter, A. E. AU - Ladau, J. AU - Meadow, J. F. AU - Pollard, K. S. AU - Green, J. L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Urban greenness influences airborne bacterial community composition JO - Sci Total Environ VL - 571 UR - https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2016.07.037 DO - 10.1016/j.scitotenv.2016.07.037 ID - Mhuireach2016 ER - TY - JOUR AU - Knights, D. AU - Parfrey, L. W. AU - Zaneveld, J. AU - Lozupone, C. AU - Knight, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Human-associated microbial signatures: examining their predictive value JO - Cell Host Microbe VL - 10 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2011.09.003 DO - 10.1016/j.chom.2011.09.003 ID - Knights2011 ER - TY - JOUR AU - Lax, S. AU - Hampton-Marcell, J. AU - Gibbons, S. AU - Colares, G. AU - Smith, D. AU - Eisen, J. AU - Gilbert, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Forensic analysis of the microbiome of phones and shoes JO - Microbiome VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-015-0082-9 DO - 10.1186/s40168-015-0082-9 ID - Lax2015 ER - TY - JOUR AU - Franzosa, E. A. AU - Huang, K. AU - Meadow, J. F. AU - Gevers, D. AU - Lemon, K. P. AU - Bohannan, B. J. M. AU - Huttenhower, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Identifying personal microbiomes using metagenomic codes JO - Proc Natl Acad Sci VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1423854112 DO - 10.1073/pnas.1423854112 ID - Franzosa2015 ER - TY - JOUR AU - Fierer, N. AU - Lauber, C. L. AU - Zhou, N. AU - McDonald, D. AU - Costello, E. K. AU - Knight, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Forensic identification using skin bacterial communities JO - Proc Natl Acad Sci VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1000162107 DO - 10.1073/pnas.1000162107 ID - Fierer2010 ER - TY - JOUR AU - Prussin, A. J. AU - Marr, L. C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Sources of airborne microorganisms in the built environment JO - Microbiome VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-015-0144-z DO - 10.1186/s40168-015-0144-z ID - Prussin2015 ER - TY - JOUR AU - Lax, S. AU - Smith, D. P. AU - Hampton-Marcell, J. AU - Owens, S. M. AU - Handley, K. M. AU - Scott, N. M. AU - Gibbons, S. M. AU - Larsen, P. AU - Shogan, B. D. AU - Weiss, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Longitudinal analysis of microbial interaction between humans and the indoor environment JO - Science VL - 345 UR - https://doi.org/10.1126/science.1254529 DO - 10.1126/science.1254529 ID - Lax2014 ER - TY - STD TI - Meadow JF, Altrichter AE, Kembel SW, Kline J, Mhuireach G, Moriyama M, Northcutt D, O'Connor TK, Womack AM, Brown GZ, et al. Indoor airborne bacterial communities are influenced by ventilation, occupancy, and outdoor air source. Indoor Air. 2013:n/a–a. ID - ref32 ER - TY - JOUR AU - Adams, R. I. AU - Bateman, A. C. AU - Bik, H. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Meadow JF: Microbiota of the indoor environment: a meta-analysis JO - Microbiome VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-015-0108-3 DO - 10.1186/s40168-015-0108-3 ID - Adams2015 ER - TY - JOUR AU - Meadow, J. F. AU - Altrichter, A. E. AU - Bateman, A. C. AU - Stenson, J. AU - Brown, G. Z. AU - Green, J. L. AU - Bohannan, B. J. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Humans differ in their personal microbial cloud JO - Peer J VL - 3 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.1258 DO - 10.7717/peerj.1258 ID - Meadow2015 ER - TY - JOUR AU - Lax, S. AU - Nagler, C. R. AU - Gilbert, J. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Our interface with the built environment: immunity and the indoor microbiota JO - Trends Immunol VL - 36 UR - https://doi.org/10.1016/j.it.2015.01.001 DO - 10.1016/j.it.2015.01.001 ID - Lax2015 ER - TY - JOUR AU - Gonzalez, A. AU - Vazquez-Baeza, Y. AU - Knight, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - SnapShot: the human microbiome JO - Cell VL - 158 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.07.019 DO - 10.1016/j.cell.2014.07.019 ID - Gonzalez2014 ER - TY - JOUR AU - Consortium, H. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Structure, function and diversity of the healthy human microbiome JO - Nature VL - 486 UR - https://doi.org/10.1038/nature11234 DO - 10.1038/nature11234 ID - Consortium2012 ER - TY - JOUR AU - Dewhirst, F. E. AU - Chen, T. AU - Izard, J. AU - Paster, B. J. AU - Tanner, A. C. R. AU - Yu, W. H. AU - Lakshmanan, A. AU - Wade, W. G. PY - 2010 DA - 2010// TI - The human oral microbiome JO - J Bacteriol VL - 192 UR - https://doi.org/10.1128/JB.00542-10 DO - 10.1128/JB.00542-10 ID - Dewhirst2010 ER - TY - JOUR AU - Hoisington, A. J. AU - Brenner, L. A. AU - Kinney, K. A. AU - Postolache, T. T. AU - Lowry, C. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - The microbiome of the built environment and mental health JO - Microbiome VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-015-0127-0 DO - 10.1186/s40168-015-0127-0 ID - Hoisington2015 ER - TY - JOUR AU - Schloss, P. AU - Iverson, K. AU - Petrosino, J. AU - Schloss, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - The dynamics of a family's gut microbiota reveal variations on a theme JO - Microbiome VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/2049-2618-2-25 DO - 10.1186/2049-2618-2-25 ID - Schloss2014 ER - TY - JOUR AU - Leung, M. H. Y. AU - Tong, X. AU - Wilkins, D. AU - Cheung, H. H. L. AU - Lee, P. K. H. PY - 2018 DA - 2018// TI - Individual and household attributes influence the dynamics of the personal skin microbiota and its association network JO - Microbiome VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-018-0412-9 DO - 10.1186/s40168-018-0412-9 ID - Leung2018 ER - TY - STD TI - McDonald D, Hyde E, Debelius JW, Morton JT, Gonzalez A, Ackermann G, et al. American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research. mSystems. 2018;3(3):e00031–18. ID - ref42 ER - TY - JOUR AU - Yatsunenko, T. AU - Rey, F. E. AU - Manary, M. J. AU - Trehan, I. AU - Dominguez-Bello, M. G. AU - Contreras, M. AU - Magris, M. AU - Hidalgo, G. AU - Baldassano, R. N. AU - Anokhin, A. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Human gut microbiome viewed across age and geography JO - Nature VL - 486 UR - https://doi.org/10.1038/nature11053 DO - 10.1038/nature11053 ID - Yatsunenko2012 ER - TY - JOUR AU - Hollister, E. B. AU - Riehle, K. AU - Luna, R. A. AU - Weidler, E. M. AU - Rubio-Gonzales, M. AU - Mistretta, T. -. A. AU - Raza, S. AU - Doddapaneni, H. V. AU - Metcalf, G. A. AU - Muzny, D. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Structure and function of the healthy pre-adolescent pediatric gut microbiome JO - Microbiome VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-015-0101-x DO - 10.1186/s40168-015-0101-x ID - Hollister2015 ER - TY - JOUR AU - David, L. A. AU - Maurice, C. F. AU - Carmody, R. N. AU - Gootenberg, D. B. AU - Button, J. E. AU - Wolfe, B. E. AU - Ling, A. V. AU - Devlin, A. S. AU - Varma, Y. AU - Fischbach, M. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome JO - Nature VL - 505 UR - https://doi.org/10.1038/nature12820 DO - 10.1038/nature12820 ID - David2014 ER - TY - JOUR AU - Falony, G. AU - Joossens, M. AU - Vieira-Silva, S. AU - Wang, J. AU - Darzi, Y. AU - Faust, K. AU - Kurilshikov, A. AU - Bonder, M. J. AU - Valles-Colomer, M. AU - Vandeputte, D. PY - 2016 DA - 2016// TI - Population-level analysis of gut microbiome variation JO - Science VL - 352 UR - https://doi.org/10.1126/science.aad3503 DO - 10.1126/science.aad3503 ID - Falony2016 ER - TY - JOUR AU - Flores, G. E. AU - Bates, S. T. AU - Caporaso, J. G. AU - Lauber, C. L. AU - Leff, J. W. AU - Knight, R. AU - Fierer, N. PY - 2013 DA - 2013// TI - Diversity, distribution and sources of bacteria in residential kitchens JO - Environ Microbiol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1111/1462-2920.12036 DO - 10.1111/1462-2920.12036 ID - Flores2013 ER - TY - JOUR AU - Thompson, L. R. AU - Sanders, J. G. AU - McDonald, D. AU - Amir, A. AU - Ladau, J. AU - Locey, K. J. AU - Prill, R. J. AU - Tripathi, A. AU - Gibbons, S. M. AU - Ackermann, G. PY - 2017 DA - 2017// TI - A communal catalogue reveals Earth’s multiscale microbial diversity JO - Nature VL - 551 UR - https://doi.org/10.1038/nature24621 DO - 10.1038/nature24621 ID - Thompson2017 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Kuczynski, J. AU - Stombaugh, J. AU - Bittinger, K. AU - Bushman, F. D. AU - Costello, E. K. AU - Fierer, N. AU - Pena, A. G. AU - Goodrich, J. K. AU - Gordon, J. I. PY - 2010 DA - 2010// TI - QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.f.303 DO - 10.1038/nmeth.f.303 ID - Caporaso2010 ER - TY - JOUR AU - Bokulich, N. A. AU - Subramanian, S. AU - Faith, J. J. AU - Gevers, D. AU - Gordon, J. I. AU - Knight, R. AU - Mills, D. A. AU - Caporaso, J. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Quality-filtering vastly improves diversity estimates from Illumina amplicon sequencing JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2276 DO - 10.1038/nmeth.2276 ID - Bokulich2012 ER - TY - STD TI - Amir A, McDonald D, Navas-Molina JA, Kopylova E, Morton JT, Zech Xu Z, Kightley EP, Thompson LR, Hyde ER, Gonzalez A, et al. Deblur rapidly resolves single-nucleotide community sequence patterns. mSystems. 2017;2(2):e00191–16. ID - ref51 ER - TY - JOUR AU - Lozupone, C. AU - Knight, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - UniFrac: a new phylogenetic method for comparing microbial communities JO - Appl Environ Microbiol VL - 71 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.71.12.8228-8235.2005 DO - 10.1128/AEM.71.12.8228-8235.2005 ID - Lozupone2005 ER - TY - JOUR AU - Anderson, M. J. AU - Walsh, D. C. I. PY - 2013 DA - 2013// TI - PERMANOVA, ANOSIM, and the Mantel test in the face of heterogeneous dispersions: What null hypothesis are you testing? JO - Ecol Monogr VL - 83 UR - https://doi.org/10.1890/12-2010.1 DO - 10.1890/12-2010.1 ID - Anderson2013 ER - TY - STD TI - Package ‘vegan’, Community Ecology Package, Version 2.4-6 [https://cran.ism.ac.jp/web/packages/vegan/vegan.pdf] UR - https://cran.ism.ac.jp/web/packages/vegan/vegan.pdf ID - ref54 ER - TY - STD TI - Anderson MJ: Permutational multivariate analysis of variance (PERMANOVA). In: Wiley StatsRef: Statistics Reference Online. John Wiley & Sons, Ltd; 2014. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/book/10.1002/9781118445112. UR - https://onlinelibrary.wiley.com/doi/book/10.1002/9781118445112 ID - ref55 ER - TY - JOUR AU - DiGiulio, D. B. AU - Callahan, B. J. AU - McMurdie, P. J. AU - Costello, E. K. AU - Lyell, D. J. AU - Robaczewska, A. AU - Sun, C. L. AU - Goltsman, D. S. AU - Wong, R. J. AU - Shaw, G. PY - 2015 DA - 2015// TI - Temporal and spatial variation of the human microbiota during pregnancy JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1502875112 DO - 10.1073/pnas.1502875112 ID - DiGiulio2015 ER - TY - JOUR AU - Mandal, S. AU - Treuren, W. AU - White, R. A. AU - Eggesbo, M. AU - Knight, R. AU - Peddada, S. D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Analysis of composition of microbiomes: a novel method for studying microbial composition JO - Microb Ecol Health Dis VL - 26 ID - Mandal2015 ER - TY - JOUR AU - McMurdie, P. J. AU - Holmes, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - phyloseq: an R package for reproducible interactive analysis and graphics of microbiome census data JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0061217 DO - 10.1371/journal.pone.0061217 ID - McMurdie2013 ER - TY - STD TI - Package ‘caret’, Building Predictive Models in R Using the caret Package, Version 3.45 https://cran.r-project.org/web/packages/caret/index.html. UR - https://cran.r-project.org/web/packages/caret/index.html ID - ref59 ER - TY - JOUR AU - Liaw, A. AU - Wiener, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Classification and regression by randomForest JO - R News VL - 2 ID - Liaw2002 ER - TY - JOUR AU - Knights, D. AU - Kuczynski, J. AU - Charlson, E. S. AU - Zaneveld, J. AU - Mozer, M. C. AU - Collman, R. G. AU - Bushman, F. D. AU - Knight, R. AU - Kelley, S. T. PY - 2011 DA - 2011// TI - Bayesian community-wide culture-independent microbial source tracking JO - Nat Methods VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1650 DO - 10.1038/nmeth.1650 ID - Knights2011 ER - TY - JOUR AU - Browne, H. P. AU - Forster, S. C. AU - Anonye, B. O. AU - Kumar, N. AU - Neville, B. A. AU - Stares, M. D. AU - Goulding, D. AU - Lawley, T. D. PY - 2016 DA - 2016// TI - Culturing of ‘unculturable’ human microbiota reveals novel taxa and extensive sporulation JO - Nature VL - 533 UR - https://doi.org/10.1038/nature17645 DO - 10.1038/nature17645 ID - Browne2016 ER - TY - JOUR AU - Hospodsky, D. AU - Pickering, A. J. AU - Julian, T. R. AU - Miller, D. AU - Gorthala, S. AU - Boehm, A. B. AU - Peccia, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Hand bacterial communities vary across two different human populations JO - Microbiology-Sgm VL - 160 UR - https://doi.org/10.1099/mic.0.075390-0 DO - 10.1099/mic.0.075390-0 ID - Hospodsky2014 ER - TY - JOUR AU - Flores, G. E. AU - Caporaso, J. G. AU - Henley, J. B. AU - Rideout, J. R. AU - Domogala, D. AU - Chase, J. AU - Leff, J. W. AU - Vázquez-Baeza, Y. AU - Gonzalez, A. AU - Knight, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Temporal variability is a personalized feature of the human microbiome JO - Genome Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-014-0531-y DO - 10.1186/s13059-014-0531-y ID - Flores2014 ER - TY - JOUR AU - Fierer, N. AU - Hamady, M. AU - Lauber, C. L. AU - Knight, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - The influence of sex, handedness, and washing on the diversity of hand surface bacteria JO - Proc Nat l Acad Sci U S A VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0807920105 DO - 10.1073/pnas.0807920105 ID - Fierer2008 ER - TY - JOUR AU - Grice, E. A. AU - Segre, J. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - The skin microbiome JO - Nat Rev Microbiol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro2537 DO - 10.1038/nrmicro2537 ID - Grice2011 ER - TY - JOUR AU - Costello, E. K. AU - Lauber, C. L. AU - Hamady, M. AU - Fierer, N. AU - Gordon, J. I. AU - Knight, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Bacterial community variation in human body habitats across space and time JO - Science VL - 326 UR - https://doi.org/10.1126/science.1177486 DO - 10.1126/science.1177486 ID - Costello2009 ER - TY - JOUR AU - Meisel, J. S. AU - Hannigan, G. D. AU - Tyldsley, A. S. AU - SanMiguel, A. J. AU - Hodkinson, B. P. AU - Zheng, Q. AU - Grice, E. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Skin microbiome surveys are strongly influenced by experimental design JO - J Invest Dermatol VL - 136 UR - https://doi.org/10.1016/j.jid.2016.01.016 DO - 10.1016/j.jid.2016.01.016 ID - Meisel2016 ER - TY - JOUR AU - Song, S. J. AU - Lauber, C. AU - Costello, E. K. AU - Lozupone, C. A. AU - Humphrey, G. AU - Berg-Lyons, D. AU - Caporaso, J. G. AU - Knights, D. AU - Clemente, J. C. AU - Nakielny, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Cohabiting family members share microbiota with one another and with their dogs JO - eLife VL - 2 UR - https://doi.org/10.7554/eLife.00458 DO - 10.7554/eLife.00458 ID - Song2013 ER - TY - STD TI - Ross AA, Doxey AC, Neufeld JD. The skin microbiome of cohabiting couples. mSystems. 2017;2(4):e00043–17. ID - ref70 ER - TY - JOUR AU - Abeles, S. R. AU - Jones, M. B. AU - Santiago-Rodriguez, T. M. AU - Ly, M. AU - Klitgord, N. AU - Yooseph, S. AU - Nelson, K. E. AU - Pride, D. T. PY - 2016 DA - 2016// TI - Microbial diversity in individuals and their household contacts following typical antibiotic courses JO - Microbiome VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-016-0187-9 DO - 10.1186/s40168-016-0187-9 ID - Abeles2016 ER - TY - JOUR AU - Grice, E. A. AU - Kong, H. H. AU - Conlan, S. AU - Deming, C. B. AU - Davis, J. AU - Young, A. C. AU - Program, N. C. S. AU - Bouffard, G. G. AU - Blakesley, R. W. AU - Murray, P. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Topographical and temporal diversity of the human skin microbiome JO - Science VL - 324 UR - https://doi.org/10.1126/science.1171700 DO - 10.1126/science.1171700 ID - Grice2009 ER - TY - JOUR AU - Flores, G. E. AU - Bates, S. T. AU - Knights, D. AU - Lauber, C. L. AU - Stombaugh, J. AU - Knight, R. AU - Fierer, N. PY - 2011 DA - 2011// TI - Microbial biogeography of public restroom surfaces JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0028132 DO - 10.1371/journal.pone.0028132 ID - Flores2011 ER - TY - JOUR AU - Shi, N. AU - Li, N. AU - Duan, X. AU - Niu, H. PY - 2017 DA - 2017// TI - Interaction between the gut microbiome and mucosal immune system JO - Mil Med Res VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/s40779-017-0122-9 DO - 10.1186/s40779-017-0122-9 ID - Shi2017 ER - TY - JOUR AU - Bowers, R. M. AU - Sullivan, A. P. AU - Costello, E. K. AU - Collett, J. L. AU - Knight, R. AU - Fierer, N. PY - 2011 DA - 2011// TI - Sources of bacteria in outdoor air across cities in the midwestern United States JO - Appl Environ Microbiol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.05498-11 DO - 10.1128/AEM.05498-11 ID - Bowers2011 ER - TY - JOUR AU - Lozupone, C. A. AU - Stombaugh, J. I. AU - Gordon, J. I. AU - Jansson, J. K. AU - Knight, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Diversity, stability and resilience of the human gut microbiota JO - Nature VL - 489 UR - https://doi.org/10.1038/nature11550 DO - 10.1038/nature11550 ID - Lozupone2012 ER - TY - JOUR AU - Oh, J. AU - Byrd, A. L. AU - Park, M. AU - Kong, H. H. AU - Segre, J. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Temporal stability of the human skin microbiome JO - Cell VL - 165 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.04.008 DO - 10.1016/j.cell.2016.04.008 ID - Oh2016 ER - TY - JOUR AU - Gilbert, J. A. AU - Quinn, R. A. AU - Debelius, J. AU - Xu, Z. Z. AU - Morton, J. AU - Garg, N. AU - Jansson, J. K. AU - Dorrestein, P. C. AU - Knight, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Microbiome-wide association studies link dynamic microbial consortia to disease JO - Nature VL - 535 UR - https://doi.org/10.1038/nature18850 DO - 10.1038/nature18850 ID - Gilbert2016 ER - TY - JOUR AU - Green, J. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Can bioinformed design promote healthy indoor ecosystems? JO - Indoor Air VL - 24 UR - https://doi.org/10.1111/ina.12090 DO - 10.1111/ina.12090 ID - Green2014 ER -