TY - JOUR AU - Angelidaki, I. AU - Karakashev, D. AU - Batstone, D. J. AU - Plugge, C. M. AU - Stams, A. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Biomethanation and its potential JO - Methods Enzymol VL - 494 UR - https://doi.org/10.1016/B978-0-12-385112-3.00016-0 DO - 10.1016/B978-0-12-385112-3.00016-0 ID - Angelidaki2011 ER - TY - JOUR AU - Speda, J. AU - Johansson, M. A. AU - Odnell, A. AU - Karlsson, M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Enhanced biomethane production rate and yield from lignocellulosic ensiled forage ley by in situ anaerobic digestion treatment with endogenous cellulolytic enzymes JO - Biotechnol Biofuels VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/s13068-017-0814-0 DO - 10.1186/s13068-017-0814-0 ID - Speda2017 ER - TY - JOUR AU - Weiland, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Biogas production: current state and perspectives JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 85 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-009-2246-7 DO - 10.1007/s00253-009-2246-7 ID - Weiland2010 ER - TY - JOUR AU - Schink, B. PY - 1997 DA - 1997// TI - Energetics of syntrophic cooperation in methanogenic degradation JO - Microbiol Mol Biol Rev VL - 61 ID - Schink1997 ER - TY - JOUR AU - Thauer, R. K. AU - Kaster, A. K. AU - Seedorf, H. AU - Buckel, W. AU - Hedderich, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Methanogenic archaea: ecologically relevant differences in energy conservation JO - Nat Rev Microbiol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro1931 DO - 10.1038/nrmicro1931 ID - Thauer2008 ER - TY - JOUR AU - Batstone, D. J. AU - Keller, J. AU - Angelidaki, I. AU - Kalyuzhnyi, S. V. AU - Pavlostathis, S. G. AU - Rozzi, A. AU - Sanders, W. T. M. AU - Siegrist, H. AU - Vavilin, V. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - The IWA Anaerobic Digestion Model No 1 (ADM1) JO - Water Sci Technol VL - 45 UR - https://doi.org/10.2166/wst.2002.0292 DO - 10.2166/wst.2002.0292 ID - Batstone2002 ER - TY - JOUR AU - Bensmann, A. AU - Hanke-Rauschenbach, R. AU - Heyer, R. AU - Kohrs, F. AU - Benndorf, D. AU - Kausmann, R. AU - Plochl, M. AU - Heiermann, M. AU - Reichl, U. AU - Sundmacher, K. PY - 2016 DA - 2016// TI - Diagnostic concept for dynamically operated biogas production plants JO - Renew Energy VL - 96 UR - https://doi.org/10.1016/j.renene.2016.04.098 DO - 10.1016/j.renene.2016.04.098 ID - Bensmann2016 ER - TY - JOUR AU - Lauwers, J. AU - Appels, L. AU - Thompson, I. P. AU - Degreve, J. AU - Impe, J. E. AU - Dewil, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Mathematical modelling of anaerobic digestion of biomass and waste: Power and limitations JO - Prog Energy Combust Sci VL - 39 UR - https://doi.org/10.1016/j.pecs.2013.03.003 DO - 10.1016/j.pecs.2013.03.003 ID - Lauwers2013 ER - TY - JOUR AU - Hattori, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Syntrophic acetate-oxidizing microbes in methanogenic environments JO - Microbes Environ VL - 23 UR - https://doi.org/10.1264/jsme2.23.118 DO - 10.1264/jsme2.23.118 ID - Hattori2008 ER - TY - JOUR AU - Westerholm, M. AU - Moestedt, J. AU - Schnurer, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Biogas production through syntrophic acetate oxidation and deliberate operating strategies for improved digester performance JO - Appl Energy VL - 179 UR - https://doi.org/10.1016/j.apenergy.2016.06.061 DO - 10.1016/j.apenergy.2016.06.061 ID - Westerholm2016 ER - TY - JOUR AU - Vrieze, J. AU - Hennebel, T. AU - Boon, N. AU - Verstraete, W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Methanosarcina: the rediscovered methanogen for heavy duty biomethanation JO - Bioresour Technol VL - 112 UR - https://doi.org/10.1016/j.biortech.2012.02.079 DO - 10.1016/j.biortech.2012.02.079 ID - Vrieze2012 ER - TY - JOUR AU - Jack, R. W. AU - Tagg, J. R. AU - Ray, B. PY - 1995 DA - 1995// TI - Bacteriocins of gram-positive bacteria JO - Microbiol Rev VL - 59 ID - Jack1995 ER - TY - JOUR AU - Calusinska, M. AU - Marynowska, M. AU - Goux, X. AU - Lentzen, E. AU - Delfosse, P. PY - 2016 DA - 2016// TI - Analysis of dsDNA and RNA viromes in methanogenic digesters reveals novel viral genetic diversity JO - Environ Microbiol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1111/1462-2920.13127 DO - 10.1111/1462-2920.13127 ID - Calusinska2016 ER - TY - STD TI - Zhang JY, Gao Q, Zhang QT, Wang TX, Yue HW, Wu LW, Shi J, Qin ZY, Zhou JZ, Zuo JE, Yang YF. Bacteriophage-prokaryote dynamics and interaction within anaerobic digestion processes across time and space. Microbiome. 2017;5:57. ID - ref14 ER - TY - JOUR AU - Jiang, F. AU - Doudna, J. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - CRISPR-Cas9 Structures and Mechanisms JO - Annu Rev Biophys VL - 46 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-biophys-062215-010822 DO - 10.1146/annurev-biophys-062215-010822 ID - Jiang2017 ER - TY - JOUR AU - Klocke, M. AU - Nettmann, E. AU - Bergmann, I. AU - Mundt, K. AU - Souidi, K. AU - Mumme, J. AU - Linke, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Characterization of the methanogenic Archaea within two-phase biogas reactor systems operated with plant biomass JO - Syst Appl Microbiol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1016/j.syapm.2008.02.003 DO - 10.1016/j.syapm.2008.02.003 ID - Klocke2008 ER - TY - STD TI - Maus I, Bremges A, Stolze Y, Hahnke S, Cibis KG, Koeck DE, Kim YS, Kreubel J, Hassa J, Wibberg D, et al. Genomics and prevalence of bacterial and archaeal isolates from biogas-producing microbiomes. Biotechnol Biofuels. 2017;10: 264. ID - ref17 ER - TY - JOUR AU - Ziganshin, A. M. AU - Ziganshina, E. E. AU - Kleinsteuber, S. AU - Proter, J. AU - Ilinskaya, O. N. PY - 2012 DA - 2012// TI - Methanogenic Community Dynamics during Anaerobic Utilization of Agricultural Wastes JO - Acta Nat VL - 4 ID - Ziganshin2012 ER - TY - JOUR AU - Munk, B. AU - Bauer, C. AU - Gronauer, A. AU - Lebuhn, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - A metabolic quotient for methanogenic Archaea JO - Water Sci Technol VL - 66 UR - https://doi.org/10.2166/wst.2012.436 DO - 10.2166/wst.2012.436 ID - Munk2012 ER - TY - JOUR AU - Rademacher, A. AU - Zakrzewski, M. AU - Schluter, A. AU - Schonberg, M. AU - Szczepanowski, R. AU - Goesmann, A. AU - Puhler, A. AU - Klocke, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Characterization of microbial biofilms in a thermophilic biogas system by high-throughput metagenome sequencing JO - FEMS Microbiol Ecol VL - 79 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6941.2011.01265.x DO - 10.1111/j.1574-6941.2011.01265.x ID - Rademacher2012 ER - TY - STD TI - Campanaro S, Treu L, Kougias PG, De Francisci D, Valle G, Angelidaki I. Metagenomic analysis and functional characterization of the biogas microbiome using high throughput shotgun sequencing and a novel binning strategy. Biotechnol Biofuels. 2016;9:26. ID - ref21 ER - TY - JOUR AU - Hanreich, A. AU - Schimpf, U. AU - Zakrzewski, M. AU - Schluter, A. AU - Benndorf, D. AU - Heyer, R. AU - Rapp, E. AU - Puhler, A. AU - Reichl, U. AU - Klocke, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Metagenome and metaproteome analyses of microbial communities in mesophilic biogas-producing anaerobic batch fermentations indicate concerted plant carbohydrate degradation JO - Syst Appl Microbiol VL - 36 UR - https://doi.org/10.1016/j.syapm.2013.03.006 DO - 10.1016/j.syapm.2013.03.006 ID - Hanreich2013 ER - TY - JOUR AU - Stolze, Y. AU - Bremges, A. AU - Rumming, M. AU - Henke, C. AU - Maus, I. AU - Puhler, A. AU - Sczyrba, A. AU - Schluter, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Identification and genome reconstruction of abundant distinct taxa in microbiomes from one thermophilic and three mesophilic production-scale biogas plants JO - Biotechnol Biofuels VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/s13068-016-0565-3 DO - 10.1186/s13068-016-0565-3 ID - Stolze2016 ER - TY - JOUR AU - Maus, I. AU - Koeck, D. E. AU - Cibis, K. G. AU - Hahnke, S. AU - Kim, Y. S. AU - Langer, T. AU - Kreubel, J. AU - Erhard, M. AU - Bremges, A. AU - Off, S. PY - 2016 DA - 2016// TI - Unraveling the microbiome of a thermophilic biogas plant by metagenome and metatranscriptome analysis complemented by characterization of bacterial and archaeal isolates JO - Biotechnol Biofuels VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/s13068-016-0581-3 DO - 10.1186/s13068-016-0581-3 ID - Maus2016 ER - TY - JOUR AU - Zakrzewski, M. AU - Goesmann, A. AU - Jaenicke, S. AU - Junemann, S. AU - Eikmeyer, F. AU - Szczepanowski, R. AU - Al-Soud, W. A. AU - Sorensen, S. AU - Puhler, A. AU - Schluter, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Profiling of the metabolically active community from a production-scale biogas plant by means of high-throughput metatranscriptome sequencing JO - J Biotechnol VL - 158 UR - https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2012.01.020 DO - 10.1016/j.jbiotec.2012.01.020 ID - Zakrzewski2012 ER - TY - JOUR AU - Abram, F. AU - Gunnigle, E. AU - O'Flaherty, V. PY - 2009 DA - 2009// TI - Optimisation of protein extraction and 2-DE for metaproteomics of microbial communities from anaerobic wastewater treatment biofilms JO - Electrophoresis VL - 30 UR - https://doi.org/10.1002/elps.200900474 DO - 10.1002/elps.200900474 ID - Abram2009 ER - TY - STD TI - Hagen LH, Frank JA, Zamanzadeh M, Eijsink VG, Pope PB, Horn SJ, Arntzen MO. Quantitative Metaproteomics Highlight the Metabolic Contributions of Uncultured Phylotypes in a Thermophilic Anaerobic Digester. Appl Environ Microbiol. 2017;83(2). https://doi.org/10.1128/AEM.01955-16. ID - ref27 ER - TY - JOUR AU - Hanreich, A. AU - Heyer, R. AU - Benndorf, D. AU - Rapp, E. AU - Pioch, M. AU - Reichl, U. AU - Klocke, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Metaproteome analysis to determine the metabolically active part of a thermophilic microbial community producing biogas from agricultural biomass JO - Can J Microbiol VL - 58 UR - https://doi.org/10.1139/w2012-058 DO - 10.1139/w2012-058 ID - Hanreich2012 ER - TY - JOUR AU - Heyer, R. AU - Benndorf, D. AU - Kohrs, F. AU - Vrieze, J. AU - Boon, N. AU - Hoffmann, M. AU - Rapp, E. AU - Schluter, A. AU - Sczyrba, A. AU - Reichl, U. PY - 2016 DA - 2016// TI - Proteotyping of biogas plant microbiomes separates biogas plants according to process temperature and reactor type JO - Biotechnol Biofuels VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/s13068-016-0572-4 DO - 10.1186/s13068-016-0572-4 ID - Heyer2016 ER - TY - JOUR AU - Heyer, R. AU - Kohrs, F. AU - Reichl, U. AU - Benndorf, D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Metaproteomics of complex microbial communities in biogas plants JO - Microb Biotechnol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1111/1751-7915.12276 DO - 10.1111/1751-7915.12276 ID - Heyer2015 ER - TY - JOUR AU - Muth, T. AU - Behne, A. AU - Heyer, R. AU - Kohrs, F. AU - Benndorf, D. AU - Hoffmann, M. AU - Lehteva, M. AU - Reichl, U. AU - Martens, L. AU - Rapp, E. PY - 2015 DA - 2015// TI - The MetaProteomeAnalyzer: a powerful open-source software suite for metaproteomics data analysis and interpretation JO - J Proteome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1021/pr501246w DO - 10.1021/pr501246w ID - Muth2015 ER - TY - JOUR AU - Lü, F. AU - Bize, A. AU - Guillot, A. AU - Monnet, V. AU - Madigou, C. AU - Chapleur, O. AU - Mazeas, L. AU - He, P. AU - Bouchez, T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Metaproteomics of cellulose methanisation under thermophilic conditions reveals a surprisingly high proteolytic activity JO - ISME J VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2013.120 DO - 10.1038/ismej.2013.120 ID - Lü2014 ER - TY - JOUR AU - Suzek, B. E. AU - Huang, H. Z. AU - McGarvey, P. AU - Mazumder, R. AU - Wu, C. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - UniRef: comprehensive and non-redundant UniProt reference clusters JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm098 DO - 10.1093/bioinformatics/btm098 ID - Suzek2007 ER - TY - JOUR AU - Federhen, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - The NCBI Taxonomy database JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1178 DO - 10.1093/nar/gkr1178 ID - Federhen2012 ER - TY - JOUR AU - Andreesen, J. R. PY - 1994 DA - 1994// TI - Glycine metabolism in anaerobes JO - Antonie Van Leeuwenhoek VL - 66 UR - https://doi.org/10.1007/BF00871641 DO - 10.1007/BF00871641 ID - Andreesen1994 ER - TY - JOUR AU - Hicks, P. M. AU - Chang, L. S. AU - Kelly, R. M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Homomultimeric protease and putative bacteriocin homolog from Thermotoga maritima JO - Hyperthermophilic Enzymes, Pt A VL - 330 UR - https://doi.org/10.1016/S0076-6879(01)30397-X DO - 10.1016/S0076-6879(01)30397-X ID - Hicks2001 ER - TY - JOUR AU - Heyer, R. AU - Schallert, K. AU - Zoun, R. AU - Becher, B. AU - Saake, G. AU - Benndorf, D. PY - 2017 DA - 2017// TI - Challenges and perspectives of metaproteomic data analysis JO - J Biotechnol VL - 261 UR - https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2017.06.1201 DO - 10.1016/j.jbiotec.2017.06.1201 ID - Heyer2017 ER - TY - JOUR AU - Junemann, S. AU - Kleinbolting, N. AU - Jaenicke, S. AU - Henke, C. AU - Hassa, J. AU - Nelkner, J. AU - Stolze, Y. AU - Albaum, S. P. AU - Schluter, A. AU - Goesmann, A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research JO - J Biotechnol VL - 261 UR - https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2017.08.012 DO - 10.1016/j.jbiotec.2017.08.012 ID - Junemann2017 ER - TY - JOUR AU - Jia, X. u. a. n. AU - Xi, B. e. i. -. D. o. u. AU - Li, M. i. n. g. -. X. i. a. o. AU - Yang, Y. a. n. g. AU - Wang, Y. o. n. g. PY - 2017 DA - 2017// TI - Metaproteomics analysis of the functional insights into microbial communities of combined hydrogen and methane production by anaerobic fermentation from reed straw JO - PLOS ONE VL - 12 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0183158 DO - 10.1371/journal.pone.0183158 ID - Jia2017 ER - TY - JOUR AU - Kohrs, F. AU - Heyer, R. AU - Magnussen, A. AU - Benndorf, D. AU - Muth, T. AU - Behne, A. AU - Rapp, E. AU - Kausmann, R. AU - Heiermann, M. AU - Klocke, M. AU - Reichl, U. PY - 2014 DA - 2014// TI - Sample prefractionation with liquid isoelectric focusing enables in depth microbial metaproteome analysis of mesophilic and thermophilic biogas plants JO - Anaerobe VL - 29 UR - https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2013.11.009 DO - 10.1016/j.anaerobe.2013.11.009 ID - Kohrs2014 ER - TY - JOUR AU - Allison, S. D. AU - Lu, L. AU - Kent, A. G. AU - Martiny, A. C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Extracellular enzyme production and cheating in Pseudomonas fluorescens depend on diffusion rates JO - Front Microbiol VL - 5 ID - Allison2014 ER - TY - JOUR AU - Suttle, C. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Marine viruses - major players in the global ecosystem JO - Nat Rev Microbiol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro1750 DO - 10.1038/nrmicro1750 ID - Suttle2007 ER - TY - JOUR AU - Kleiner, M. AU - Thorson, E. AU - Sharp, C. E. AU - Dong, X. AU - Liu, D. AU - Li, C. AU - Strous, M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Assessing species biomass contributions in microbial communities via metaproteomics JO - Nat Commun VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/s41467-017-01544-x DO - 10.1038/s41467-017-01544-x ID - Kleiner2017 ER - TY - JOUR AU - Grose, J. H. AU - Casjens, S. R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Understanding the enormous diversity of bacteriophages: The tailed phages that infect the bacterial family Enterobacteriaceae JO - Virology VL - 468 UR - https://doi.org/10.1016/j.virol.2014.08.024 DO - 10.1016/j.virol.2014.08.024 ID - Grose2014 ER - TY - JOUR AU - Clokie, M. R. AU - Millard, A. D. AU - Letarov, A. V. AU - Heaphy, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Phages in nature JO - Bacteriophage VL - 1 UR - https://doi.org/10.4161/bact.1.1.14942 DO - 10.4161/bact.1.1.14942 ID - Clokie2011 ER - TY - STD TI - Medina-Aparicio L, Davila S, Rebollar-Flores JE, Calva E, Hernandez-Lucas I. The CRISPR-Cas system in Enterobacteriaceae. Pathogens Dis. 2018;76(1). https://doi.org/10.1093/femspd/fty002. ID - ref46 ER - TY - JOUR AU - Romine, M. F. AU - Rodionov, D. A. AU - Maezato, Y. AU - Osterman, A. L. AU - Nelson, W. C. PY - 2017 DA - 2017// TI - Underlying mechanisms for syntrophic metabolism of essential enzyme cofactors in microbial communities JO - ISME J VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2017.2 DO - 10.1038/ismej.2017.2 ID - Romine2017 ER - TY - JOUR AU - Siebert, M. L. AU - Toerien, D. F. AU - Hattingh, W. H. J. PY - 1968 DA - 1968// TI - Enumeration studies on methanogenic bacteria JO - Water Res VL - 2 UR - https://doi.org/10.1016/0043-1354(68)90003-1 DO - 10.1016/0043-1354(68)90003-1 ID - Siebert1968 ER - TY - JOUR AU - Sonenshein, A. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Bacteriophages: How bacterial spores capture and protect phage DNA JO - Curr Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2005.12.007 DO - 10.1016/j.cub.2005.12.007 ID - Sonenshein2006 ER - TY - JOUR AU - Popa, O. AU - Landan, G. AU - Dagan, T. PY - 2017 DA - 2017// TI - Phylogenomic networks reveal limited phylogenetic range of lateral gene transfer by transduction JO - ISME J VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2016.116 DO - 10.1038/ismej.2016.116 ID - Popa2017 ER - TY - JOUR AU - Brum, J. R. AU - Ignacio-Espinoza, J. C. AU - Kim, E. H. AU - Trubl, G. AU - Jones, R. M. AU - Roux, S. AU - VerBerkmoes, N. C. AU - Rich, V. I. AU - Sullivan, M. B. PY - 2016 DA - 2016// TI - Illuminating structural proteins in viral "dark matter" with metaproteomics JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 113 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1525139113 DO - 10.1073/pnas.1525139113 ID - Brum2016 ER - TY - JOUR AU - Hatzenpichler, R. AU - Scheller, S. AU - Tavormina, P. L. AU - Babin, B. M. AU - Tirrell, D. A. AU - Orphan, V. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - In situ visualization of newly synthesized proteins in environmental microbes using amino acid tagging and click chemistry JO - Environ Microbiol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1111/1462-2920.12436 DO - 10.1111/1462-2920.12436 ID - Hatzenpichler2014 ER - TY - JOUR AU - Jehmlich, N. AU - Vogt, C. AU - Lunsmann, V. AU - Richnow, H. H. AU - Bergen, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Protein-SIP in environmental studies JO - Curr Opin Biotechnol VL - 41 UR - https://doi.org/10.1016/j.copbio.2016.04.010 DO - 10.1016/j.copbio.2016.04.010 ID - Jehmlich2016 ER - TY - JOUR AU - Nanda, A. M. AU - Thormann, K. AU - Frunzke, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Impact of Spontaneous Prophage Induction on the Fitness of Bacterial Populations and Host-Microbe Interactions JO - J Bacteriol VL - 197 UR - https://doi.org/10.1128/JB.02230-14 DO - 10.1128/JB.02230-14 ID - Nanda2015 ER - TY - JOUR AU - Heyer, R. AU - Kohrs, F. AU - Benndorf, D. AU - Rapp, E. AU - Kausmann, R. AU - Heiermann, M. AU - Klocke, M. AU - Reichl, U. PY - 2013 DA - 2013// TI - Metaproteome analysis of the microbial communities in agricultural biogas plants JO - New Biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1016/j.nbt.2013.01.002 DO - 10.1016/j.nbt.2013.01.002 ID - Heyer2013 ER - TY - JOUR AU - Popov, N. AU - Schmitt, M. AU - Schulzeck, S. AU - Matthies, H. PY - 1975 DA - 1975// TI - Eine Störungsfreie Mikromethode zur Bestimmung des Proteingehaltes in Gewebehomogenaten JO - Acta Biol Me Germ VL - 34 ID - Popov1975 ER - TY - JOUR AU - Racusen, D. PY - 1973 DA - 1973// TI - Stoichiometry of the amido black reaction with proteins JO - Anal Biochem VL - 52 UR - https://doi.org/10.1016/0003-2697(73)90334-5 DO - 10.1016/0003-2697(73)90334-5 ID - Racusen1973 ER - TY - JOUR AU - Laemmli, U. K. PY - 1970 DA - 1970// TI - Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4 JO - Nature VL - 227 UR - https://doi.org/10.1038/227680a0 DO - 10.1038/227680a0 ID - Laemmli1970 ER - TY - JOUR AU - Shevchenko, A. AU - Wilm, M. AU - Vorm, O. AU - Mann, M. PY - 1996 DA - 1996// TI - Mass spectrometric sequencing of proteins silver-stained polyacrylamide gels JO - Anal Chem VL - 68 UR - https://doi.org/10.1021/ac950914h DO - 10.1021/ac950914h ID - Shevchenko1996 ER - TY - JOUR AU - Geer, L. Y. AU - Markey, S. P. AU - Kowalak, J. A. AU - Wagner, L. AU - Xu, M. AU - Maynard, D. M. AU - Yang, X. AU - Shi, W. AU - Bryant, S. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Open mass spectrometry search algorithm JO - J Proteome Res VL - 3 UR - https://doi.org/10.1021/pr0499491 DO - 10.1021/pr0499491 ID - Geer2004 ER - TY - JOUR AU - Craig, R. AU - Beavis, R. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - TANDEM: matching proteins with tandem mass spectra JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth092 DO - 10.1093/bioinformatics/bth092 ID - Craig2004 ER - TY - JOUR AU - Perkins, D. N. AU - Pappin, D. J. C. AU - Creasy, D. M. AU - Cottrell, J. S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Probability-based protein identification by searching sequence databases using mass spectrometry data JO - Electrophoresis VL - 20 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-2 DO - 3.0.CO;2-2 ID - Perkins1999 ER - TY - JOUR AU - Elias, J. E. AU - Haas, W. AU - Faherty, B. K. AU - Gygi, S. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparative evaluation of mass spectrometry platforms used in large-scale proteomics investigations JO - Nat Methods VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth785 DO - 10.1038/nmeth785 ID - Elias2005 ER - TY - JOUR AU - UniProt, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - UniProt: a hub for protein information JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku989 DO - 10.1093/nar/gku989 ID - UniProt2015 ER - TY - JOUR AU - Schlüter, A. AU - Bekel, T. AU - Diaz, N. N. AU - Dondrup, M. AU - Eichenlaub, R. AU - Gartemann, K. H. AU - Krahn, I. AU - Krause, L. AU - Kromeke, H. AU - Kruse, O. PY - 2008 DA - 2008// TI - The metagenome of a biogas-producing microbial community of a production-scale biogas plant fermenter analysed by the 454-pyrosequencing technology JO - J Biotechnol VL - 136 UR - https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2008.05.008 DO - 10.1016/j.jbiotec.2008.05.008 ID - Schlüter2008 ER - TY - JOUR AU - Vizcaino, J. A. AU - Csordas, A. AU - Del-Toro, N. AU - Dianes, J. A. AU - Griss, J. AU - Lavidas, I. AU - Mayer, G. AU - Perez-Riverol, Y. AU - Reisinger, F. AU - Ternent, T. PY - 2016 DA - 2016// TI - 2016 update of the PRIDE database and its related tools JO - Nucleic Acids Res VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw880 DO - 10.1093/nar/gkw880 ID - Vizcaino2016 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - Patient, S. AU - Wieser, D. AU - Kleen, M. AU - Kretschmann, E. AU - Jesus Martin, M. AU - Apweiler, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - UniProtJAPI: a remote API for accessing UniProt data JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn122 DO - 10.1093/bioinformatics/btn122 ID - Patient2008 ER - TY - STD TI - Zoun R, Schallert K, Broneske D, Heyer R, Benndorf D, Saake G. Interactive Chord Visualization for Metaproteo mics. In: Database and Expert Systems Applications (DEXA), 2017, 28th International Workshop on; 2017. p. 79–83. ID - ref69 ER - TY - JOUR AU - Ondov, B. D. AU - Bergman, N. H. AU - Phillippy, A. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Interactive metagenomic visualization in a Web browser JO - BMC Bioinforma VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-385 DO - 10.1186/1471-2105-12-385 ID - Ondov2011 ER -