TY - JOUR AU - Gensollen, T. AU - Iyer, S. S. AU - Kasper, D. L. AU - Blumberg, R. S. PY - 2016 DA - 2016// TI - How colonization by microbiota in early life shapes the immune system JO - Science VL - 352 UR - https://doi.org/10.1126/science.aad9378 DO - 10.1126/science.aad9378 ID - Gensollen2016 ER - TY - JOUR AU - Borre, Y. E. AU - O’Keeffe, G. W. AU - Clarke, G. AU - Stanton, C. AU - Dinan, T. G. AU - Cryan, J. F. PY - 2014 DA - 2014// TI - Microbiota and neurodevelopmental windows: implications for brain disorders JO - Trends Mol Med VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.molmed.2014.05.002 DO - 10.1016/j.molmed.2014.05.002 ID - Borre2014 ER - TY - JOUR AU - Yatsunenko, T. AU - Rey, F. E. AU - Manary, M. J. AU - Trehan, I. AU - Dominguez-Bello, M. G. AU - Contreras, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Human gut microbiome viewed across age and geography JO - Nature VL - 486 UR - https://doi.org/10.1038/nature11053 DO - 10.1038/nature11053 ID - Yatsunenko2012 ER - TY - JOUR AU - Bergström, A. AU - Skov, T. H. AU - Bahl, M. I. AU - Roager, H. M. AU - Christensen, L. B. AU - Ejlerskov, K. T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Establishment of intestinal microbiota during early life: a longitudinal, explorative study of a large cohort of Danish infants JO - Appl Environ Microbiol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00342-14 DO - 10.1128/AEM.00342-14 ID - Bergström2014 ER - TY - JOUR AU - Cheng, J. AU - Ringel-Kulka, T. AU - Heikamp-De Jong, I. AU - Ringel, Y. AU - Carroll, I. AU - Vos, W. M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Discordant temporal development of bacterial phyla and the emergence of core in the fecal microbiota of young children JO - ISME J VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2015.177 DO - 10.1038/ismej.2015.177 ID - Cheng2016 ER - TY - JOUR AU - Bäckhed, F. AU - Roswall, J. AU - Peng, Y. AU - Feng, Q. AU - Jia, H. AU - Kovatcheva-Datchary, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Dynamics and stabilization of the human gut microbiome during the first year of life JO - Cell Host Microbe VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2015.04.004 DO - 10.1016/j.chom.2015.04.004 ID - Bäckhed2015 ER - TY - JOUR AU - Koenig, J. E. AU - Spor, A. AU - Scalfone, N. AU - Fricker, A. D. AU - Stombaugh, J. AU - Knight, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Succession of microbial consortia in the developing infant gut microbiome JO - Proc Natl Acad Sci VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1000081107 DO - 10.1073/pnas.1000081107 ID - Koenig2011 ER - TY - JOUR AU - Penders, J. AU - Thijs, C. AU - Vink, C. AU - Stelma, F. F. AU - Snijders, B. AU - Kummeling, I. PY - 2006 DA - 2006// TI - Factors influencing the composition of the intestinal microbiota in early infancy JO - Pediatrics VL - 118 UR - https://doi.org/10.1542/peds.2005-2824 DO - 10.1542/peds.2005-2824 ID - Penders2006 ER - TY - JOUR AU - Filippo, C. AU - Cavalieri, D. AU - Paola, M. AU - Ramazzotti, M. AU - Poullet, J. B. AU - Massart, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa JO - Proc Natl Acad Sci VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1005963107 DO - 10.1073/pnas.1005963107 ID - Filippo2010 ER - TY - JOUR AU - Besten, G. AU - Eunen, K. AU - Groen, A. K. AU - Venema, K. AU - Reijngoud, D. -. J. AU - Bakker, B. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - The role of short-chain fatty acids in the interplay between diet, gut microbiota, and host energy metabolism JO - J Lipid Res VL - 54 UR - https://doi.org/10.1194/jlr.R036012 DO - 10.1194/jlr.R036012 ID - Besten2013 ER - TY - JOUR AU - Gu, Y. AU - Wang, X. AU - Li, J. AU - Zhang, Y. AU - Zhong, H. AU - Liu, R. PY - 2017 DA - 2017// TI - Analyses of gut microbiota and plasma bile acids enable stratification of patients for antidiabetic treatment JO - Nat Commun VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/s41467-017-01682-2 DO - 10.1038/s41467-017-01682-2 ID - Gu2017 ER - TY - JOUR AU - Canfora, E. E. AU - Jocken, J. W. AU - Blaak, E. E. PY - 2015 DA - 2015// TI - Short-chain fatty acids in control of body weight and insulin sensitivity JO - Nat Rev Endocrinol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nrendo.2015.128 DO - 10.1038/nrendo.2015.128 ID - Canfora2015 ER - TY - JOUR AU - Tolhurst, G. AU - Heffron, H. AU - Lam, Y. S. AU - Parker, H. E. AU - Habib, A. M. AU - Diakogiannaki, E. PY - 2012 DA - 2012// TI - Short-chain fatty acids stimulate glucagon-like peptide-1 secretion via the G-protein-coupled receptor FFAR2 JO - Diabetes VL - 61 UR - https://doi.org/10.2337/db11-1019 DO - 10.2337/db11-1019 ID - Tolhurst2012 ER - TY - JOUR AU - Scheepers, L. E. J. M. AU - Penders, J. AU - Mbakwa, C. A. AU - Thijs, C. AU - Mommers, M. AU - Arts, I. C. W. PY - 2015 DA - 2015// TI - The intestinal microbiota composition and weight development in children: the KOALA birth cohort study JO - Int J Obes VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ijo.2014.178 DO - 10.1038/ijo.2014.178 ID - Scheepers2015 ER - TY - JOUR AU - Li, J. AU - Wang, J. AU - Jia, H. AU - Cai, X. AU - Zhong, H. AU - Feng, Q. PY - 2014 DA - 2014// TI - An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome JO - Nat Biotechnol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2942 DO - 10.1038/nbt.2942 ID - Li2014 ER - TY - JOUR AU - Bonder, M. J. AU - Kurilshikov, A. AU - Tigchelaar, E. F. AU - Mujagic, Z. AU - Imhann, F. AU - Vila, A. V. PY - 2016 DA - 2016// TI - The effect of host genetics on the gut microbiome JO - Nat Genet VL - 48 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3663 DO - 10.1038/ng.3663 ID - Bonder2016 ER - TY - JOUR AU - Hollister, E. B. AU - Riehle, K. AU - Luna, R. A. AU - Weidler, E. M. AU - Rubio-Gonzales, M. AU - Mistretta, T. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Structure and function of the healthy pre-adolescent pediatric gut microbiome JO - Microbiome VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-015-0101-x DO - 10.1186/s40168-015-0101-x ID - Hollister2015 ER - TY - JOUR AU - Ringel-Kulka, T. AU - Cheng, J. AU - Ringel, Y. AU - Salojärvi, J. AU - Carroll, I. AU - Palva, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Intestinal microbiota in healthy U.S. young children and adults-a high throughput microarray analysis JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0064315 DO - 10.1371/journal.pone.0064315 ID - Ringel-Kulka2013 ER - TY - JOUR AU - Biavati, B. AU - Castagnoli, P. AU - Trovatelli, L. D. PY - 1986 DA - 1986// TI - Species of the genus Bifidobacterium in the feces of human adults JO - Microbiol VL - 9 ID - Biavati1986 ER - TY - JOUR AU - Ward, R. E. AU - Niñonuevo, M. AU - Mills, D. A. AU - Lebrilla, C. B. AU - German, J. B. PY - 2007 DA - 2007// TI - In vitro fermentability of human milk oligosaccharides by several strains of bifidobacteria JO - Mol Nutr Food Res VL - 51 UR - https://doi.org/10.1002/mnfr.200700150 DO - 10.1002/mnfr.200700150 ID - Ward2007 ER - TY - JOUR AU - Zhernakova, A. AU - Kurilshikov, A. AU - Bonder, M. J. AU - Tigchelaar, E. F. AU - Schirmer, M. AU - Vatanen, T. PY - 2016 DA - 2016// TI - Population-based metagenomics analysis reveals markers for gut microbiome composition and diversity JO - Science VL - 352 UR - https://doi.org/10.1126/science.aad3369 DO - 10.1126/science.aad3369 ID - Zhernakova2016 ER - TY - JOUR AU - Chatelier, E. AU - Nielsen, T. AU - Qin, J. AU - Prifti, E. AU - Hildebrand, F. AU - Falony, G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers JO - Nature VL - 500 UR - https://doi.org/10.1038/nature12506 DO - 10.1038/nature12506 ID - Chatelier2013 ER - TY - JOUR AU - Barlow, S. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Expert committee recommendations regarding the prevention, assessment, and treatment of child and adolescent overweight and obesity: summary report JO - Pediatrics VL - 120 UR - https://doi.org/10.1542/peds.2007-2329C DO - 10.1542/peds.2007-2329C ID - Barlow2007 ER - TY - JOUR AU - Knights, D. AU - Ward, T. L. AU - McKinlay, C. E. AU - Miller, H. AU - Gonzalez, A. AU - McDonald, D. PY - 2014 DA - 2014// TI - Rethinking enterotypes JO - Cell Host Microbe VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2014.09.013 DO - 10.1016/j.chom.2014.09.013 ID - Knights2014 ER - TY - JOUR AU - Costea, P. I. AU - Hildebrand, F. AU - Manimozhiyan, A. AU - Bäckhed, F. AU - Blaser, M. J. AU - Bushman, F. D. PY - 2017 DA - 2017// TI - Enterotypes in the landscape of gut microbial community composition JO - Nat Microbiol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/s41564-017-0072-8 DO - 10.1038/s41564-017-0072-8 ID - Costea2017 ER - TY - JOUR AU - Arumugam, M. AU - Raes, J. AU - Pelletier, E. AU - Paslier, D. AU - Yamada, T. AU - Mende, D. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Enterotypes of the human gut microbiome JO - Nature VL - 473 UR - https://doi.org/10.1038/nature09944 DO - 10.1038/nature09944 ID - Arumugam2011 ER - TY - JOUR AU - Koren, O. AU - Knights, D. AU - Gonzalez, A. AU - Waldron, L. AU - Segata, N. AU - Knight, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - A guide to Enterotypes across the human body: meta-analysis of microbial community structures in human microbiome datasets JO - PLoS Comput Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002863 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002863 ID - Koren2013 ER - TY - JOUR AU - Wu, G. D. AU - Chen, J. AU - Hoffmann, C. AU - Bittinger, K. AU - Chen, Y. Y. AU - Keilbaugh, S. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Linking long-term dietary patterns with gut microbial enterotypes JO - Science VL - 334 UR - https://doi.org/10.1126/science.1208344 DO - 10.1126/science.1208344 ID - Wu2011 ER - TY - JOUR AU - Holmes, I. AU - Harris, K. AU - Quince, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Dirichlet multinomial mixtures: generative models for microbial metagenomics JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0030126 DO - 10.1371/journal.pone.0030126 ID - Holmes2012 ER - TY - JOUR AU - Schell, M. A. AU - Karmirantzou, M. AU - Snel, B. AU - Vilanova, D. AU - Berger, B. AU - Pessi, G. PY - 2002 DA - 2002// TI - The genome sequence of Bifidobacterium longum reflects its adaptation to the human gastrointestinal tract JO - Proc Natl Acad Sci VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.212527599 DO - 10.1073/pnas.212527599 ID - Schell2002 ER - TY - JOUR AU - Lee, J. -. H. AU - O’Sullivan, D. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genomic insights into Bifidobacteria JO - Microbiol Mol Biol Rev VL - 74 UR - https://doi.org/10.1128/MMBR.00004-10 DO - 10.1128/MMBR.00004-10 ID - Lee2010 ER - TY - JOUR AU - Flint, H. J. AU - Scott, K. P. AU - Duncan, S. H. AU - Louis, P. AU - Forano, E. PY - 2012 DA - 2012// TI - Microbial degradation of complex carbohydrates in the gut JO - Gut Microbes VL - 3 UR - https://doi.org/10.4161/gmic.19897 DO - 10.4161/gmic.19897 ID - Flint2012 ER - TY - JOUR AU - Rios-Covian, D. AU - Arboleya, S. AU - Hernandez-Barranco, A. M. AU - Alvarez-Buylla, J. R. AU - Ruas-Madiedo, P. AU - Gueimonde, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Interactions between Bifidobacterium and Bacteroides species in cofermentations are affected by carbon sources, including exopolysaccharides produced by bifidobacteria JO - Appl Environ Microbiol VL - 79 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.02545-13 DO - 10.1128/AEM.02545-13 ID - Rios-Covian2013 ER - TY - JOUR AU - Pokusaeva, K. AU - Neves, A. R. AU - Zomer, A. AU - O’Connell-Motherway, M. AU - MacSharry, J. AU - Curley, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Ribose utilization by the human commensal Bifidobacterium breve UCC2003 JO - Microb Biotechnol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1111/j.1751-7915.2009.00152.x DO - 10.1111/j.1751-7915.2009.00152.x ID - Pokusaeva2010 ER - TY - JOUR AU - Ghasempour, M. AU - Rajabnia, R. AU - Irannejad, A. AU - Hamzeh, M. AU - Ferdosi, E. AU - Bagheri, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Frequency, biofilm formation and acid susceptibility of streptococcus mutans and streptococcus sobrinus in saliva of preschool children with different levels of caries activity JO - Dent Res J VL - 10 ID - Ghasempour2013 ER - TY - JOUR AU - Law, V. AU - Seow, W. K. AU - Townsend, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Factors influencing oral colonization of mutans streptococci in young children JO - Aust Dent J VL - 52 UR - https://doi.org/10.1111/j.1834-7819.2007.tb00471.x DO - 10.1111/j.1834-7819.2007.tb00471.x ID - Law2007 ER - TY - JOUR AU - Lembo, F. L. AU - Longo, P. L. AU - Ota-Tsuzuki, C. AU - Rodrigues, C. R. M. D. AU - Mayer, M. P. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genotypic and phenotypic analysis of Streptococcus mutans from different oral cavity sites of caries-free and caries-active children JO - Oral Microbiol Immunol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1111/j.1399-302X.2007.00361.x DO - 10.1111/j.1399-302X.2007.00361.x ID - Lembo2007 ER - TY - JOUR AU - Pedersen, H. K. AU - Gudmundsdottir, V. AU - Nielsen, H. B. AU - Hyotylainen, T. AU - Nielsen, T. AU - Jensen, B. A. H. PY - 2016 DA - 2016// TI - Human gut microbes impact host serum metabolome and insulin sensitivity JO - Nature VL - 535 UR - https://doi.org/10.1038/nature18646 DO - 10.1038/nature18646 ID - Pedersen2016 ER - TY - JOUR AU - Zeevi, D. AU - Korem, T. AU - Zmora, N. AU - Israeli, D. AU - Rothschild, D. AU - Weinberger, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Personalized nutrition by prediction of glycemic responses JO - Cell VL - 163 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.11.001 DO - 10.1016/j.cell.2015.11.001 ID - Zeevi2015 ER - TY - JOUR AU - Mardinoglu, A. AU - Shoaie, S. AU - Bergentall, M. AU - Ghaffari, P. AU - Zhang, C. AU - Larsson, E. PY - 2015 DA - 2015// TI - The gut microbiota modulates host amino acid and glutathione metabolism in mice JO - Mol Syst Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.15252/msb.20156487 DO - 10.15252/msb.20156487 ID - Mardinoglu2015 ER - TY - JOUR AU - Ridaura, V. K. AU - Faith, J. J. AU - Rey, F. E. AU - Cheng, J. AU - Duncan, A. E. AU - Kau, A. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Gut microbiota from twins discordant for obesity modulate metabolism in mice JO - Science VL - 341 UR - https://doi.org/10.1126/science.1241214 DO - 10.1126/science.1241214 ID - Ridaura2013 ER - TY - JOUR AU - Liu, R. AU - Hong, J. AU - Xu, X. AU - Feng, Q. AU - Zhang, D. AU - Gu, Y. PY - 2017 DA - 2017// TI - Gut microbiome and serum metabolome alterations in obesity and after weight-loss intervention JO - Nat Med VL - 23 UR - https://doi.org/10.1038/nm.4358 DO - 10.1038/nm.4358 ID - Liu2017 ER - TY - JOUR AU - Vadder, F. AU - Kovatcheva-Datchary, P. AU - Zitoun, C. AU - Duchampt, A. AU - Bäckhed, F. AU - Mithieux, G. PY - 2016 DA - 2016// TI - Microbiota-produced succinate improves glucose homeostasis via intestinal gluconeogenesis JO - Cell Metab VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/j.cmet.2016.06.013 DO - 10.1016/j.cmet.2016.06.013 ID - Vadder2016 ER - TY - JOUR AU - Hosseini, E. AU - Grootaert, C. AU - Verstraete, W. AU - Wiele, T. PY - 2011 DA - 2011// TI - Propionate as a health-promoting microbial metabolite in the human gut JO - Nutr Rev VL - 69 UR - https://doi.org/10.1111/j.1753-4887.2011.00388.x DO - 10.1111/j.1753-4887.2011.00388.x ID - Hosseini2011 ER - TY - JOUR AU - Koecher, K. J. AU - Thomas, W. AU - Slavin, J. L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Healthy subjects experience bowel changes on enteral diets: addition of a fiber blend attenuates stool weight and gut bacteria decreases without changes in gas JO - J Parenter Enter Nutr VL - 39 UR - https://doi.org/10.1177/0148607113510523 DO - 10.1177/0148607113510523 ID - Koecher2015 ER - TY - JOUR AU - Zimmer, J. AU - Lange, B. AU - Frick, J. S. AU - Sauer, H. AU - Zimmermann, K. AU - Schwiertz, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - A vegan or vegetarian diet substantially alters the human colonic faecal microbiota JO - Eur J Clin Nutr VL - 66 UR - https://doi.org/10.1038/ejcn.2011.141 DO - 10.1038/ejcn.2011.141 ID - Zimmer2012 ER - TY - JOUR AU - Kummeling, I. AU - Thijs, C. AU - Penders, J. AU - Snijders, B. E. P. AU - Stelma, F. AU - Reimerink, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Etiology of atopy in infancy: the KOALA birth cohort study JO - Pediatr Allergy Immunol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1111/j.1399-3038.2005.00333.x DO - 10.1111/j.1399-3038.2005.00333.x ID - Kummeling2005 ER - TY - JOUR AU - Mbakwa, C. A. AU - Penders, J. AU - Savelkoul, P. H. AU - Thijs, C. AU - Dagnelie, P. C. AU - Mommers, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Gut colonization with methanobrevibacter smithii is associated with childhood weight development JO - Obesity VL - 23 UR - https://doi.org/10.1002/oby.21266 DO - 10.1002/oby.21266 ID - Mbakwa2015 ER - TY - JOUR AU - Dutman, A. E. AU - Stafleu, A. AU - Kruizinga, A. AU - Brants, H. A. M. AU - Westerterp, K. R. AU - Kistemaker, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Validation of an FFQ and options for data processing using the doubly labelled water method in children JO - Public Health Nutr VL - 14 UR - https://doi.org/10.1017/S1368980010002119 DO - 10.1017/S1368980010002119 ID - Dutman2011 ER - TY - JOUR AU - Waterval, W. A. H. AU - Scheijen, J. L. J. M. AU - Ortmans-Ploemen, M. M. J. C. AU - Poel, C. D. AU - Bierau, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Quantitative UPLC-MS/MS analysis of underivatised amino acids in body fluids is a reliable tool for the diagnosis and follow-up of patients with inborn errors of metabolism JO - Clin Chim Acta VL - 407 UR - https://doi.org/10.1016/j.cca.2009.06.023 DO - 10.1016/j.cca.2009.06.023 ID - Waterval2009 ER - TY - JOUR AU - Kultima, J. R. AU - Sunagawa, S. AU - Li, J. AU - Chen, W. AU - Chen, H. AU - Mende, D. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - MOCAT: a metagenomics assembly and gene prediction toolkit JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0047656 DO - 10.1371/journal.pone.0047656 ID - Kultima2012 ER - TY - STD TI - Hochberg B. Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. J R Stat Soc. 1995;57:289-300 ID - ref52 ER - TY - JOUR AU - Friedman, J. AU - Alm, E. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Inferring correlation networks from genomic survey data JO - PLoS Comput Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002687 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002687 ID - Friedman2012 ER -