TY - JOUR AU - Reddy, T. AU - Thomas, A. D. AU - Stamatis, D. PY - 2014 DA - 2014// TI - The Genomes OnLine Database (GOLD) v. 5: a metadata management system based on a four level (meta) genome project classification JO - Nucleic acids Res. VL - 43 ID - Reddy2014 ER - TY - JOUR AU - Mukherjee, S. AU - Stamatis, D. AU - Bertsch, J. AU - Ovchinnikova, G. AU - Verezemska, O. AU - Isbandi, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Genomes OnLine Database (GOLD) v.6: data updates and feature enhancements JO - Nucleic Acids Res VL - 45 ID - Mukherjee2016 ER - TY - JOUR AU - Bult, C. J. AU - White, O. AU - Olsen, G. J. AU - Zhou, L. AU - Fleischmann, R. D. AU - Sutton, G. G. PY - 1996 DA - 1996// TI - Complete genome sequence of the methanogenic archaeon, Methanococcus jannaschii JO - Science. VL - 273 UR - https://doi.org/10.1126/science.273.5278.1058 DO - 10.1126/science.273.5278.1058 ID - Bult1996 ER - TY - JOUR AU - Wu, D. AU - Hugenholtz, P. AU - Mavromatis, K. AU - Pukall, R. AU - Dalin, E. AU - Ivanova, N. N. PY - 2009 DA - 2009// TI - A phylogeny-driven genomic encyclopaedia of bacteria and archaea JO - Nature. VL - 462 UR - https://doi.org/10.1038/nature08656 DO - 10.1038/nature08656 ID - Wu2009 ER - TY - JOUR AU - Craig Venter, J. AU - Adams, M. D. AU - Myers, E. W. AU - Li, P. W. AU - Mural, R. J. AU - Sutton Granger, G. PY - 2001 DA - 2001// TI - The sequence of the human genome JO - Science. VL - 291 UR - https://doi.org/10.1126/science.1058040 DO - 10.1126/science.1058040 ID - Craig Venter2001 ER - TY - JOUR AU - Turnbaugh, P. J. AU - Ley, R. E. AU - Hamady, M. AU - Fraser-Liggett, C. M. AU - Knight, R. AU - Gordon, J. I. PY - 2007 DA - 2007// TI - The human microbiome project JO - Nature. VL - 449 UR - https://doi.org/10.1038/nature06244 DO - 10.1038/nature06244 ID - Turnbaugh2007 ER - TY - JOUR AU - Nemergut, D. R. AU - Costello, E. K. AU - Hamady, M. AU - Lozupone, C. AU - Jiang, L. AU - Schmidt, S. K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Global patterns in the biogeography of bacterial taxa JO - Environ Microbiol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1111/j.1462-2920.2010.02315.x DO - 10.1111/j.1462-2920.2010.02315.x ID - Nemergut2011 ER - TY - JOUR AU - Sunagawa, S. AU - Coelho, L. P. AU - Chaffron, S. AU - Kultima, J. R. AU - Labadie, K. AU - Salazar, G. PY - 2015 DA - 2015// TI - Ocean plankton. Structure and function of the global ocean microbiome JO - Science VL - 348 UR - https://doi.org/10.1126/science.1261359 DO - 10.1126/science.1261359 ID - Sunagawa2015 ER - TY - JOUR AU - Durham, B. P. AU - Sharma, S. AU - Luo, H. AU - Smith, C. B. AU - Amin, S. A. AU - Bender, S. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Cryptic carbon and sulfur cycling between surface ocean plankton JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1413137112 DO - 10.1073/pnas.1413137112 ID - Durham2015 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Sato, Y. AU - Kawashima, M. AU - Furumichi, M. AU - Tanabe, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - KEGG as a reference resource for gene and protein annotation JO - Nucleic Acids Res VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkv1070 DO - 10.1093/nar/gkv1070 ID - Kanehisa2016 ER - TY - JOUR AU - Choi, J. AU - Yang, F. AU - Stepanauskas, R. AU - Cardenas, E. AU - Garoutte, A. AU - Williams, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Strategies to improve reference databases for soil microbiomes JO - ISME J VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2016.168 DO - 10.1038/ismej.2016.168 ID - Choi2016 ER - TY - JOUR AU - Whitman, W. B. AU - Coleman, D. C. AU - Wiebe, W. J. PY - 1998 DA - 1998// TI - Prokaryotes: the unseen majority JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 95 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.95.12.6578 DO - 10.1073/pnas.95.12.6578 ID - Whitman1998 ER - TY - JOUR AU - Falkowski, P. G. AU - Fenchel, T. AU - Delong, E. F. PY - 2008 DA - 2008// TI - The microbial engines that drive Earth’s biogeochemical cycles JO - Science. VL - 320 UR - https://doi.org/10.1126/science.1153213 DO - 10.1126/science.1153213 ID - Falkowski2008 ER - TY - JOUR AU - Amann, R. I. AU - Ludwig, W. AU - Schleifer, K. H. PY - 1995 DA - 1995// TI - Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation JO - Microbiol Rev. VL - 59 ID - Amann1995 ER - TY - JOUR AU - Zhang, K. AU - Martiny, A. C. AU - Reppas, N. B. AU - Barry, K. W. AU - Malek, J. AU - Chisholm, S. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Sequencing genomes from single cells by polymerase cloning JO - Nat Biotechnol. VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1214 DO - 10.1038/nbt1214 ID - Zhang2006 ER - TY - JOUR AU - Woyke, T. AU - Tighe, D. AU - Mavromatis, K. AU - Clum, A. AU - Copeland, A. AU - Schackwitz, W. PY - 2010 DA - 2010// TI - One bacterial cell, one complete genome JO - PLoS One. VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0010314 DO - 10.1371/journal.pone.0010314 ID - Woyke2010 ER - TY - JOUR AU - Landry, Z. C. AU - Giovanonni, S. J. AU - Quake, S. R. AU - Blainey, P. C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Optofluidic cell selection from complex microbial communities for single-genome analysis JO - Methods Enzymol. VL - 531 UR - https://doi.org/10.1016/B978-0-12-407863-5.00004-6 DO - 10.1016/B978-0-12-407863-5.00004-6 ID - Landry2013 ER - TY - JOUR AU - Rinke, C. AU - Lee, J. AU - Nath, N. AU - Goudeau, D. AU - Thompson, B. AU - Poulton, N. PY - 2014 DA - 2014// TI - Obtaining genomes from uncultivated environmental microorganisms using FACS-based single-cell genomics JO - Nat Protoc. VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2014.067 DO - 10.1038/nprot.2014.067 ID - Rinke2014 ER - TY - JOUR AU - Navin, N. AU - Kendall, J. AU - Troge, J. AU - Andrews, P. AU - Rodgers, L. AU - McIndoo, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Tumour evolution inferred by single-cell sequencing JO - Nature. VL - 472 UR - https://doi.org/10.1038/nature09807 DO - 10.1038/nature09807 ID - Navin2011 ER - TY - JOUR AU - Marcy, Y. AU - Ouverney, C. AU - Bik, E. M. AU - Losekann, T. AU - Ivanova, N. AU - Martin, H. G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Dissecting biological “dark matter” with single-cell genetic analysis of rare and uncultivated TM7 microbes from the human mouth JO - Proc Natl Acad Sci USA. VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0704662104 DO - 10.1073/pnas.0704662104 ID - Marcy2007 ER - TY - JOUR AU - Gawad, C. AU - Koh, W. AU - Quake, S. R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Single-cell genome sequencing: current state of the science JO - Nat Rev Genet. VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/nrg.2015.16 DO - 10.1038/nrg.2015.16 ID - Gawad2016 ER - TY - JOUR AU - Kashtan, N. AU - Roggensack, S. E. AU - Rodrigue, S. AU - Thompson, J. W. AU - Biller, S. J. AU - Coe, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Single-cell genomics reveals hundreds of coexisting subpopulations in wild Prochlorococcus JO - Science. VL - 344 UR - https://doi.org/10.1126/science.1248575 DO - 10.1126/science.1248575 ID - Kashtan2014 ER - TY - JOUR AU - Hugerth, L. W. AU - Larsson, J. AU - Alneberg, J. AU - Lindh, M. V. AU - Legrand, C. AU - Pinhassi, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Metagenome-assembled genomes uncover a global brackish microbiome JO - Genome Biol. VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-015-0834-7 DO - 10.1186/s13059-015-0834-7 ID - Hugerth2015 ER - TY - JOUR AU - Bowers, R. M. AU - Kyrpides, N. C. AU - Stepanauskas, R. AU - Harmon-Smith, M. AU - Doud, D. AU - Reddy, T. B. K. PY - 2017 DA - 2017// TI - Minimum information about a single amplified genome (MISAG) and a metagenome-assembled genome (MIMAG) of bacteria and archaea JO - Nat Biotechnol. VL - 35 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3893 DO - 10.1038/nbt.3893 ID - Bowers2017 ER - TY - JOUR AU - Tyson, G. W. AU - Chapman, J. AU - Hugenholtz, P. AU - Allen, E. E. AU - Ram, R. J. AU - Richardson, P. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Community structure and metabolism through reconstruction of microbial genomes from the environment JO - Nature. VL - 428 UR - https://doi.org/10.1038/nature02340 DO - 10.1038/nature02340 ID - Tyson2004 ER - TY - JOUR AU - Sharon, I. AU - Morowitz, M. J. AU - Thomas, B. C. AU - Costello, E. K. AU - Relman, D. A. AU - Banfield, J. F. PY - 2013 DA - 2013// TI - Time series community genomics analysis reveals rapid shifts in bacterial species, strains, and phage during infant gut colonization JO - Genome Res. VL - 23 UR - https://doi.org/10.1101/gr.142315.112 DO - 10.1101/gr.142315.112 ID - Sharon2013 ER - TY - JOUR AU - Albertsen, M. AU - Hugenholtz, P. AU - Skarshewski, A. AU - Nielsen, K. L. AU - Tyson, G. W. AU - Nielsen, P. H. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genome sequences of rare, uncultured bacteria obtained by differential coverage binning of multiple metagenomes JO - Nature Biotechnol. VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2579 DO - 10.1038/nbt.2579 ID - Albertsen2013 ER - TY - JOUR AU - Alneberg, J. AU - Bjarnason, B. S. AU - de Bruijn, I. AU - Schirmer, M. AU - Quick, J. AU - Ijaz, U. Z. PY - 2014 DA - 2014// TI - Binning metagenomic contigs by coverage and composition JO - Nat Methods. VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3103 DO - 10.1038/nmeth.3103 ID - Alneberg2014 ER - TY - JOUR AU - Imelfort, M. AU - Parks, D. AU - Woodcroft, B. J. AU - Dennis, P. AU - Hugenholtz, P. AU - Tyson, G. W. PY - 2014 DA - 2014// TI - GroopM: an automated tool for the recovery of population genomes from related metagenomes JO - PeerJ. VL - 2 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.603 DO - 10.7717/peerj.603 ID - Imelfort2014 ER - TY - JOUR AU - Swan, B. K. AU - Martinez-Garcia, M. AU - Preston, C. M. AU - Sczyrba, A. AU - Woyke, T. AU - Lamy, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Potential for chemolithoautotrophy among ubiquitous bacteria lineages in the dark ocean JO - Science. VL - 333 UR - https://doi.org/10.1126/science.1203690 DO - 10.1126/science.1203690 ID - Swan2011 ER - TY - JOUR AU - Rinke, C. AU - Schwientek, P. AU - Sczyrba, A. AU - Ivanova, N. N. AU - Anderson, I. J. AU - Cheng, J. -. F. PY - 2013 DA - 2013// TI - Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter JO - Nature. VL - 499 UR - https://doi.org/10.1038/nature12352 DO - 10.1038/nature12352 ID - Rinke2013 ER - TY - JOUR AU - Spang, A. AU - Saw, J. H. AU - Jørgensen, S. L. AU - Zaremba-Niedzwiedzka, K. AU - Martijn, J. AU - Lind, A. E. PY - 2015 DA - 2015// TI - Complex archaea that bridge the gap between prokaryotes and eukaryotes JO - Nature. VL - 521 UR - https://doi.org/10.1038/nature14447 DO - 10.1038/nature14447 ID - Spang2015 ER - TY - JOUR AU - Zaremba-Niedzwiedzka, K. AU - Caceres, E. F. AU - Saw, J. H. AU - Backstrom, D. AU - Juzokaite, L. AU - Vancaester, E. PY - 2017 DA - 2017// TI - Metagenomic exploration of Asgard archaea illuminates the origin of eukaryotic cellular complexity JO - Nature. VL - 541 UR - https://doi.org/10.1038/nature21031 DO - 10.1038/nature21031 ID - Zaremba-Niedzwiedzka2017 ER - TY - JOUR AU - Stewart, R. D. AU - Auffret, M. D. AU - Warr, A. AU - Wiser, A. H. AU - Press, M. O. AU - Langford, K. W. PY - 2018 DA - 2018// TI - Assembly of 913 microbial genomes from metagenomic sequencing of the cow rumen JO - Nat Commun. VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/s41467-018-03317-6 DO - 10.1038/s41467-018-03317-6 ID - Stewart2018 ER - TY - JOUR AU - Parks, D. H. AU - Rinke, C. AU - Chuvochina, M. AU - Chaumeil, P. A. AU - Woodcroft, B. J. AU - Evans, P. N. AU - Hugenholtz, P. AU - Tyson, G. W. PY - 2017 DA - 2017// TI - Recovery of nearly 8,000 metagenome-assembled genomes substantially expands the tree of life JO - Nature Microbiol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/s41564-017-0012-7 DO - 10.1038/s41564-017-0012-7 ID - Parks2017 ER - TY - JOUR AU - Stepanauskas, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Single cell genomics: an individual look at microbes JO - Curr Opin Microbiol. VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.mib.2012.09.001 DO - 10.1016/j.mib.2012.09.001 ID - Stepanauskas2012 ER - TY - JOUR AU - Troell, K. AU - Hallström, B. AU - Divne, A. -. M. AU - Alsmark, C. AU - Arrighi, R. AU - Huss, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Cryptosporidium as a testbed for single cell genome characterization of unicellular eukaryotes JO - BMC Genomics. VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-016-2815-y DO - 10.1186/s12864-016-2815-y ID - Troell2016 ER - TY - JOUR AU - Lasken, R. S. AU - Stockwell, T. B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Mechanism of chimera formation during the multiple displacement amplification reaction JO - BMC Biotechnol. VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1472-6750-7-19 DO - 10.1186/1472-6750-7-19 ID - Lasken2007 ER - TY - JOUR AU - Woyke, T. AU - Sczyrba, A. AU - Lee, J. AU - Rinke, C. AU - Tighe, D. AU - Clingenpeel, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Decontamination of MDA reagents for single cell whole genome amplification JO - PLoS One. VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0026161 DO - 10.1371/journal.pone.0026161 ID - Woyke2011 ER - TY - JOUR AU - Clingenpeel, S. AU - Clum, A. AU - Schwientek, P. AU - Rinke, C. AU - Woyke, T. PY - 2015 DA - 2015// TI - Reconstructing each cell’s genome within complex microbial communities-dream or reality? JO - Front Microbiol. VL - 6 ID - Clingenpeel2015 ER - TY - JOUR AU - Sangwan, N. AU - Xia, F. AU - Gilbert, J. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Recovering complete and draft population genomes from metagenome datasets JO - Microbiome. VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-016-0154-5 DO - 10.1186/s40168-016-0154-5 ID - Sangwan2016 ER - TY - JOUR AU - Kang, D. D. AU - Froula, J. AU - Egan, R. AU - Wang, Z. PY - 2015 DA - 2015// TI - MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities JO - PeerJ. VL - 3 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.1165 DO - 10.7717/peerj.1165 ID - Kang2015 ER - TY - JOUR AU - Nobu, M. K. AU - Dodsworth, J. A. AU - Murugapiran, S. K. AU - Rinke, C. AU - Gies, E. A. AU - Webster, G. PY - 2016 DA - 2016// TI - Phylogeny and physiology of candidate phylum “Atribacteria” (OP9/JS1) inferred from cultivation-independent genomics JO - ISME J VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2015.97 DO - 10.1038/ismej.2015.97 ID - Nobu2016 ER - TY - JOUR AU - Mason, O. U. AU - Hazen, T. C. AU - Borglin, S. AU - Chain, P. S. G. AU - Dubinsky, E. A. AU - Fortney, J. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Metagenome, metatranscriptome and single-cell sequencing reveal microbial response to Deepwater Horizon oil spill JO - ISME J. VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2012.59 DO - 10.1038/ismej.2012.59 ID - Mason2012 ER - TY - JOUR AU - Mende, D. R. AU - Aylward, F. O. AU - Eppley, J. M. AU - Nielsen, T. N. AU - DeLong, E. F. PY - 2016 DA - 2016// TI - Improved environmental genomes via integration of metagenomic and single-cell assemblies JO - Front Microbiol. VL - 7 UR - https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00143 DO - 10.3389/fmicb.2016.00143 ID - Mende2016 ER - TY - JOUR AU - Becraft, E. D. AU - Dodsworth, J. A. AU - Murugapiran, S. K. AU - Ohlsson, J. I. AU - Briggs, B. R. AU - Kanbar, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Single-cell-genomics-facilitated read binning of candidate phylum EM19 genomes from geothermal spring metagenomes JO - Appl Environ Microbiol. VL - 82 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.03140-15 DO - 10.1128/AEM.03140-15 ID - Becraft2015 ER - TY - JOUR AU - Herlemann, D. P. AU - Labrenz, M. AU - Jürgens, K. AU - Bertilsson, S. AU - Waniek, J. J. AU - Andersson, A. F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Transitions in bacterial communities along the 2000 km salinity gradient of the Baltic Sea JO - ISME J. VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2011.41 DO - 10.1038/ismej.2011.41 ID - Herlemann2011 ER - TY - JOUR AU - Andersson, A. F. AU - Riemann, L. AU - Bertilsson, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Pyrosequencing reveals contrasting seasonal dynamics of taxa within Baltic Sea bacterioplankton communities JO - ISME J. VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2009.108 DO - 10.1038/ismej.2009.108 ID - Andersson2010 ER - TY - JOUR AU - Lindh, M. V. AU - Sjöstedt, J. AU - Andersson, A. F. AU - Baltar, F. AU - Hugerth, L. W. AU - Lundin, D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Disentangling seasonal bacterioplankton population dynamics by high-frequency sampling JO - Environ Microbiol. VL - 17 UR - https://doi.org/10.1111/1462-2920.12720 DO - 10.1111/1462-2920.12720 ID - Lindh2015 ER - TY - JOUR AU - Dupont, C. L. AU - Larsson, J. AU - Yooseph, S. AU - Ininbergs, K. AU - Goll, J. AU - Asplund-Samuelsson, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Functional tradeoffs underpin salinity-driven divergence in microbial community composition JO - PLoS One. VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0089549 DO - 10.1371/journal.pone.0089549 ID - Dupont2014 ER - TY - JOUR AU - Ondov, B. D. AU - Treangen, T. J. AU - Melsted, P. AU - Mallonee, A. B. AU - Bergman, N. H. AU - Koren, S. PY - 2016 DA - 2016// TI - Mash: fast genome and metagenome distance estimation using MinHash JO - Genome Biol. VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-016-0997-x DO - 10.1186/s13059-016-0997-x ID - Ondov2016 ER - TY - JOUR AU - Eren, A. M. AU - Esen, Ö. C. AU - Quince, C. AU - Vineis, J. H. AU - Morrison, H. G. AU - Sogin, M. L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Anvi’o: an advanced analysis and visualization platform for ‘omics data JO - PeerJ. VL - 3 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.1319 DO - 10.7717/peerj.1319 ID - Eren2015 ER - TY - JOUR AU - Dick, G. J. AU - Andersson, A. F. AU - Baker, B. J. AU - Simmons, S. L. AU - Thomas, B. C. AU - Yelton, A. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Community-wide analysis of microbial genome sequence signatures JO - Genome Biol. VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-8-r85 DO - 10.1186/gb-2009-10-8-r85 ID - Dick2009 ER - TY - JOUR AU - Konstantinidis, K. T. AU - Tiedje, J. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genomic insights that advance the species definition for prokaryotes JO - Proc Natl Acad Sci USA. VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0409727102 DO - 10.1073/pnas.0409727102 ID - Konstantinidis2005 ER - TY - JOUR AU - Konstantinidis, K. T. AU - Rosselló-Móra, R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Classifying the uncultivated microbial majority: a place for metagenomic data in the candidatus proposal JO - Syst Appl Microbiol. VL - 38 UR - https://doi.org/10.1016/j.syapm.2015.01.001 DO - 10.1016/j.syapm.2015.01.001 ID - Konstantinidis2015 ER - TY - JOUR AU - Goris, J. AU - Konstantinidis, K. T. AU - Klappenbach, J. A. AU - Coenye, T. AU - Vandamme, P. AU - Tiedje, J. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - DNA–DNA hybridization values and their relationship to whole-genome sequence similarities JO - Int J Syst Evol Microbiol. VL - 57 UR - https://doi.org/10.1099/ijs.0.64483-0 DO - 10.1099/ijs.0.64483-0 ID - Goris2007 ER - TY - JOUR AU - Richter, M. AU - Rosselló-Móra, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Shifting the genomic gold standard for the prokaryotic species definition JO - Proc Natl Acad Sci USA. VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0906412106 DO - 10.1073/pnas.0906412106 ID - Richter2009 ER - TY - JOUR AU - Varghese, N. J. AU - Mukherjee, S. AU - Ivanova, N. AU - Konstantinidis, K. T. AU - Mavrommatis, K. AU - Kyrpides, N. C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Microbial species delineation using whole genome sequences JO - Nucleic Acids Res. VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkv657 DO - 10.1093/nar/gkv657 ID - Varghese2015 ER - TY - JOUR AU - Sczyrba, A. AU - Hofmann, P. AU - Belmann, P. AU - Koslicki, D. AU - Janssen, S. AU - Dröge, J. PY - 2017 DA - 2017// TI - Critical assessment of metagenome interpretation - a benchmark of metagenomics software JO - Nat Methods. VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.4458 DO - 10.1038/nmeth.4458 ID - Sczyrba2017 ER - TY - STD TI - Quince C, Delmont TO, Raguideau S, Alneberg J, Darling AE, Collins G, Eren AM. DESMAN: a new tool for de novo extraction of strains from metagenomes. Genome Biol. 2017;18:181. ID - ref60 ER - TY - JOUR AU - Schloissnig, S. AU - Arumugam, M. AU - Sunagawa, S. AU - Mitreva, M. AU - Tap, J. AU - Zhu, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genomic variation landscape of the human gut microbiome JO - Nature. VL - 493 UR - https://doi.org/10.1038/nature11711 DO - 10.1038/nature11711 ID - Schloissnig2012 ER - TY - JOUR AU - Nayfach, S. AU - Rodriguez-Mueller, B. AU - Garud, N. AU - Pollard, K. S. PY - 2016 DA - 2016// TI - An integrated metagenomics pipeline for strain profiling reveals novel patterns of bacterial transmission and biogeography JO - Genome Res. VL - 26 UR - https://doi.org/10.1101/gr.201863.115 DO - 10.1101/gr.201863.115 ID - Nayfach2016 ER - TY - BOOK AU - Andersson, A. F. AU - Sjöqvist, C. PY - 2017 DA - 2017// TI - POGENOM: population genomics from metagenomes ID - Andersson2017 ER - TY - JOUR AU - Ghylin, T. W. AU - Garcia, S. L. AU - Moya, F. AU - Oyserman, B. O. AU - Schwientek, P. AU - Forest, K. T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Comparative single-cell genomics reveals potential ecological niches for the freshwater acI Actinobacteria lineage JO - ISME J. VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2014.135 DO - 10.1038/ismej.2014.135 ID - Ghylin2014 ER - TY - JOUR AU - Eiler, A. AU - Mondav, R. AU - Sinclair, L. AU - Fernandez-Vidal, L. AU - Scofield, D. G. AU - Schwientek, P. PY - 2016 DA - 2016// TI - Tuning fresh: radiation through rewiring of central metabolism in streamlined bacteria JO - ISME J. VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2015.260 DO - 10.1038/ismej.2015.260 ID - Eiler2016 ER - TY - JOUR AU - Chen, C. AU - Xing, D. AU - Tan, L. AU - Li, H. AU - Zhou, G. AU - Huang, L. PY - 2017 DA - 2017// TI - Single-cell whole-genome analyses by Linear Amplification via Transposon Insertion (LIANTI) JO - Science. VL - 356 UR - https://doi.org/10.1126/science.aak9787 DO - 10.1126/science.aak9787 ID - Chen2017 ER - TY - JOUR AU - Leung, K. AU - Klaus, A. AU - Lin, B. K. AU - Laks, E. AU - Biele, J. AU - Lai, D. PY - 2016 DA - 2016// TI - Robust high-performance nanoliter-volume single-cell multiple displacement amplification on planar substrates JO - Proc Natl Acad Sci USA. VL - 113 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1520964113 DO - 10.1073/pnas.1520964113 ID - Leung2016 ER - TY - JOUR AU - Li, D. AU - Liu, C. -. M. AU - Luo, R. AU - Sadakane, K. AU - Lam, T. -. W. PY - 2015 DA - 2015// TI - MEGAHIT: an ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct de Bruijn graph JO - Bioinformatics. VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv033 DO - 10.1093/bioinformatics/btv033 ID - Li2015 ER - TY - JOUR AU - Nurk, S. AU - Meleshko, D. AU - Korobeynikov, A. AU - Pevzner, P. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - metaSPAdes: a new versatile metagenomic assembler JO - Genome Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1101/gr.213959.116 DO - 10.1101/gr.213959.116 ID - Nurk2017 ER - TY - JOUR AU - Sandberg, R. AU - Winberg, G. AU - Bränden, C. I. AU - Kaske, A. AU - Ernberg, I. AU - Cöster, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Capturing whole-genome characteristics in short sequences using a naïve Bayesian classifier JO - Genome Res. VL - 11 UR - https://doi.org/10.1101/gr.186401 DO - 10.1101/gr.186401 ID - Sandberg2001 ER - TY - JOUR AU - Boisvert, S. AU - Raymond, F. AU - Godzaridis, E. AU - Laviolette, F. AU - Corbeil, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Ray Meta: scalable de novo metagenome assembly and profiling JO - Genome Biol. VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-12-r122 DO - 10.1186/gb-2012-13-12-r122 ID - Boisvert2012 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 JO - Nat Methods. VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1923 DO - 10.1038/nmeth.1923 ID - Langmead2012 ER - TY - JOUR AU - Quince, C. AU - Walker, A. W. AU - Simpson, J. T. AU - Loman, N. J. AU - Segata, N. PY - 2017 DA - 2017// TI - Shotgun metagenomics, from sampling to analysis JO - Nat Biotechnol. VL - 35 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3935 DO - 10.1038/nbt.3935 ID - Quince2017 ER - TY - JOUR AU - Kurtz, S. AU - Phillippy, A. AU - Delcher, A. L. AU - Smoot, M. AU - Shumway, M. AU - Antonescu, C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Versatile and open software for comparing large genomes JO - Genome Biol. VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-2-r12 DO - 10.1186/gb-2004-5-2-r12 ID - Kurtz2004 ER - TY - JOUR AU - Seemann, T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Prokka: rapid prokaryotic genome annotation JO - Bioinformatics. VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu153 DO - 10.1093/bioinformatics/btu153 ID - Seemann2014 ER - TY - JOUR AU - Tatusov, R. L. AU - Galperin, M. Y. AU - Natale, D. A. AU - Koonin, E. V. PY - 2000 DA - 2000// TI - The COG database: a tool for genome-scale analysis of protein functions and evolution JO - Nucleic Acids Res. VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.33 DO - 10.1093/nar/28.1.33 ID - Tatusov2000 ER - TY - JOUR AU - Darling, A. E. AU - Jospin, G. AU - Lowe, E. AU - Matsen, F. A. AU - Bik, H. M. AU - Eisen, J. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - PhyloSift: phylogenetic analysis of genomes and metagenomes JO - PeerJ. VL - 2 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.243 DO - 10.7717/peerj.243 ID - Darling2014 ER - TY - JOUR AU - Wu, S. AU - Zhu, Z. AU - Fu, L. AU - Niu, B. AU - Li, W. PY - 2011 DA - 2011// TI - WebMGA: a customizable web server for fast metagenomic sequence analysis JO - BMC Genomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-444 DO - 10.1186/1471-2164-12-444 ID - Wu2011 ER - TY - BOOK AU - Andrews, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - FastQC: a quality control tool for high throughput sequence data ID - Andrews2010 ER - TY - JOUR AU - Martin, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads JO - EMBnet. J. VL - 17 UR - https://doi.org/10.14806/ej.17.1.200 DO - 10.14806/ej.17.1.200 ID - Martin2011 ER - TY - JOUR AU - Bankevich, A. AU - Nurk, S. AU - Antipov, D. AU - Gurevich, A. AU - Dvorkin, M. AU - Kulikov, A. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing JO - J Comput Biol. VL - 19 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2012.0021 DO - 10.1089/cmb.2012.0021 ID - Bankevich2012 ER - TY - JOUR AU - Gurevich, A. AU - Saveliev, V. AU - Vyahhi, N. AU - Tesler, G. PY - 2013 DA - 2013// TI - QUAST: quality assessment tool for genome assemblies JO - Bioinformatics. VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt086 DO - 10.1093/bioinformatics/btt086 ID - Gurevich2013 ER - TY - STD TI - van d WS, Colbert SC, Varoquaux G. The NumPy array: a structure for efficient numerical computation. Comput Sci Eng. 2011;13:22–30. ID - ref83 ER - TY - JOUR AU - Hunter, J. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Matplotlib: a 2D graphics environment JO - Comput Sci Eng. VL - 9 UR - https://doi.org/10.1109/MCSE.2007.55 DO - 10.1109/MCSE.2007.55 ID - Hunter2007 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol. VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - Witten, D. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Classification and clustering of sequencing data using a Poisson model JO - Ann Appl Stat. VL - 5 UR - https://doi.org/10.1214/11-AOAS493 DO - 10.1214/11-AOAS493 ID - Witten2011 ER - TY - JOUR AU - Buchfink, B. AU - Xie, C. AU - Huson, D. H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND JO - Nat Methods. VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3176 DO - 10.1038/nmeth.3176 ID - Buchfink2015 ER - TY - JOUR AU - van Dongen, S. AU - Abreu-Goodger, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Using MCL to extract clusters from networks JO - Methods Mol Biol. VL - 804 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-61779-361-5_15 DO - 10.1007/978-1-61779-361-5_15 ID - van Dongen2012 ER - TY - JOUR AU - Hyatt, D. AU - Chen, G. -. L. AU - Locascio, P. F. AU - Land, M. L. AU - Larimer, F. W. AU - Hauser, L. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Prodigal: prokaryotic gene recognition and translation initiation site identification JO - BMC Bioinformatics. VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-119 DO - 10.1186/1471-2105-11-119 ID - Hyatt2010 ER - TY - JOUR AU - Eddy, S. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Accelerated profile HMM searches JO - PLoS Comput Biol. VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002195 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002195 ID - Eddy2011 ER - TY - JOUR AU - Campbell, J. H. AU - O’Donoghue, P. AU - Campbell, A. G. AU - Schwientek, P. AU - Sczyrba, A. AU - Woyke, T. PY - 2013 DA - 2013// TI - UGA is an additional glycine codon in uncultured SR1 bacteria from the human microbiota JO - Proc Natl Acad Sci USA. VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1303090110 DO - 10.1073/pnas.1303090110 ID - Campbell2013 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. PY - 2009 DA - 2009// TI - The sequence alignment/map format and SAMtools JO - Bioinformatics. VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - CHAP AU - McKinney, W. ED - Voort, S. ED - Millman, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Data structures for statistical computing in python BT - Proceedings of the 9th Python in Science Conference ID - McKinney2010 ER - TY - BOOK AU - Waskom, M. AU - Botvinnik, O. AU - Hobson, P. AU - Warmenhoven, J. AU - Cole, J. B. AU - Halchenko, Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - Seaborn: statistical data visualization ID - Waskom2014 ER - TY - STD TI - Seemann T. Barrnap: rapid ribosomal RNA prediction. 2015 [cited 2016 Jul 21]. Available from: https://github.com/tseemann/barrnap UR - https://github.com/tseemann/barrnap ID - ref95 ER - TY - JOUR AU - Pruesse, E. AU - Peplies, J. AU - Glöckner, F. O. PY - 2012 DA - 2012// TI - SINA: accurate high-throughput multiple sequence alignment of ribosomal RNA genes JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts252 DO - 10.1093/bioinformatics/bts252 ID - Pruesse2012 ER - TY - STD TI - BLASTN: Standard Nucleotide BLAST. [cited 2017 Apr 21]. Available from: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch UR - https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch ID - ref97 ER -