Table 1 Presence (+) and absence (−) of key predicted genes in the 9 GBs
From: Metagenomic analysis of basal ice from an Alaskan glacier
Category | Subcategory | Predicted gene | Bin 04 | Bin 11 | Bin 17 | Bin 24 | Bin 31 | Bin 33 | Bin 0236 | Bin 0512 | Bin 2732 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Nitrogen metabolism | Dissimilatory nitrate reduction | Nitrate reductase (narGHI) | + | − | − | − | − | − | − | − | − |
Periplasmic nitrate reductase | + | − | − | − | − | − | − | − | − | ||
Nitrite reductase (nirD) | − | − | − | − | − | − | + | − | − | ||
Nitrite reductase (nrfA) | − | + | − | − | − | − | − | − | − | ||
Denitrification | Periplasmic nitrate reductase | + | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Nitrification | Nitrite oxidoreductase subunit (nxrA) | + | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Nitrogen fixation | Nitrogenase iron proteins (nifDKH) | − | − | + | − | − | − | − | − | − | |
Sulfur metabolism | Dissimilatory sulfate reduction | Adenylylsulfate reductase subunit A (aprA) | + | − | + | − | − | − | − | − | − |
Adenylylsulfate reductase subunit B (aprB) | + | − | − | − | − | − | − | − | − | ||
SOX system | Sulfur oxidizing protein (soxB) | + | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Carbon metabolism | CO2 Fixation | Ribulose bisphosphate carboxylase (small chain) | + | − | − | − | − | − | − | − | + |
Ribulose bisphosphate carboxylase (large chain) | + | − | − | − | − | − | − | − | + | ||
RuBisCO activation protein (cbbO) | + | − | − | − | − | − | − | − | − | ||
RuBisCO activation protein (cbbQ) | + | − | − | − | − | − | − | − | − | ||
RuBisCO transcriptional regulator (cbbR) | + | − | − | − | − | − | − | − | + | ||
Respiration | Complex I | NADH Ubiquinone oxidoreductase | + | + | − | − | − | + | − | − | + |
Complex II | Succinate dehydrogenase | + | + | − | − | + | + | − | − | + |