TY - JOUR AU - Turnbaugh, P. J. AU - Ley, R. E. AU - Hamady, M. AU - Fraser-Liggett, C. M. AU - Knight, R. AU - Gordon, J. I. PY - 2007 DA - 2007// TI - The human microbiome project JO - Nature VL - 449 UR - https://doi.org/10.1038/nature06244 DO - 10.1038/nature06244 ID - Turnbaugh2007 ER - TY - JOUR AU - Gilbert, J. A. AU - Jansson, J. K. AU - Knight, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - The Earth Microbiome project: successes and aspirations JO - BMC Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/s12915-014-0069-1 DO - 10.1186/s12915-014-0069-1 ID - Gilbert2014 ER - TY - JOUR AU - Lima-Mendez, G. AU - Faust, K. AU - Henry, N. AU - Decelle, J. AU - Colin, S. AU - Carcillo, F. AU - Chaffron, S. AU - Ignacio-Espinosa, J. C. AU - Roux, S. AU - Vincent, F. AU - Bittner, L. AU - Darzi, Y. AU - Wang, J. AU - Audic, S. AU - Berline, L. AU - Bontempi, G. AU - Cabello, A. M. AU - Coppola, L. AU - Cornejo-Castillo, F. M. AU - d’Ovidio, F. AU - De Meester, L. AU - Ferrera, I. AU - Garet-Delmas, M. J. AU - Guidi, L. AU - Lara, E. AU - Pesant, S. AU - Royo-Llonch, M. AU - Salazar, G. AU - Sánchez, P. AU - Sebastian, M. AU - Souffreau, C. AU - Dimier, C. AU - Picheral, M. AU - Searson, S. AU - Kandels-Lewis, S. AU - coordinators, T. O. AU - Gorsky, G. AU - Not, F. AU - Ogata, H. AU - Speich, S. AU - Stemmann, L. AU - Weissenbach, J. AU - Wincker, P. AU - Acinas, S. G. AU - Sunagawa, S. AU - Bork, P. AU - Sullivan, M. B. AU - Karsenti, E. AU - Bowler, C. AU - de Vargas, C. AU - Raes, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Determinants of community structure in the global plankton interactome JO - Science VL - 348 UR - https://doi.org/10.1126/science.1262073 DO - 10.1126/science.1262073 ID - Lima-Mendez2015 ER - TY - JOUR AU - Quast, C. AU - Pruesse, E. AU - Yilmaz, P. AU - Gerken, J. AU - Schweer, T. AU - Yarza, P. AU - Peplies, J. AU - Glöckner, F. O. PY - 2013 DA - 2013// TI - The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks1219 DO - 10.1093/nar/gks1219 ID - Quast2013 ER - TY - JOUR AU - Kembel, S. W. AU - Wu, M. AU - Eisen, J. A. AU - Green, J. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Incorporating 16S gene copy number information improves estimates of microbial diversity and abundance JO - PLOS Comput Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002743 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002743 ID - Kembel2012 ER - TY - JOUR AU - Langille, M. G. AU - Zaneveld, J. AU - Caporaso, J. G. AU - McDonald, D. AU - Knights, D. AU - Reyes, J. A. AU - Clemente, J. C. AU - Burkepile, D. E. AU - Thurber, R. L. V. AU - Knight, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2676 DO - 10.1038/nbt.2676 ID - Langille2013 ER - TY - JOUR AU - Angly, F. E. AU - Dennis, P. G. AU - Skarshewski, A. AU - Vanwonterghem, I. AU - Hugenholtz, P. AU - Tyson, G. W. PY - 2014 DA - 2014// TI - CopyRighter: a rapid tool for improving the accuracy of microbial community profiles through lineage-specific gene copy number correction JO - Microbiome VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/2049-2618-2-11 DO - 10.1186/2049-2618-2-11 ID - Angly2014 ER - TY - JOUR AU - Bowman, J. S. AU - Ducklow, H. W. PY - 2015 DA - 2015// TI - Microbial communities can be described by metabolic structure: a general framework and application to a seasonally variable, depth-stratified microbial community from the coastal west antarctic peninsula JO - PLoS ONE VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0135868 DO - 10.1371/journal.pone.0135868 ID - Bowman2015 ER - TY - STD TI - ISO 5725-1. Accuracy (trueness and precision) of measurement methods and results - part 1: general principles and definitions. Technical report, International Organization for Standardization. 1994. ID - ref9 ER - TY - JOUR AU - Zaneveld, J. R. R. AU - Thurber, R. L. V. PY - 2014 DA - 2014// TI - Hidden state prediction: a modification of classic ancestral state reconstruction algorithms helps unravel complex symbioses JO - Front Microbiol VL - 5 UR - https://doi.org/10.3389/fmicb.2014.00431 DO - 10.3389/fmicb.2014.00431 ID - Zaneveld2014 ER - TY - JOUR AU - Blomberg, S. P. AU - Garland Jr, T. AU - Ives, A. R. AU - Crespi, B. PY - 2003 DA - 2003// TI - Testing for phylogenetic signal in comparative data: behavioral traits are more labile JO - Evolution VL - 57 UR - https://doi.org/10.1111/j.0014-3820.2003.tb00285.x DO - 10.1111/j.0014-3820.2003.tb00285.x ID - Blomberg2003 ER - TY - JOUR AU - Pagel, M. PY - 1999 DA - 1999// TI - Inferring the historical patterns of biological evolution JO - Nature VL - 401 UR - https://doi.org/10.1038/44766 DO - 10.1038/44766 ID - Pagel1999 ER - TY - JOUR AU - Vetrovsky, T. AU - Baldrian, P. PY - 2013 DA - 2013// TI - The variability of the 16S rRNA gene in bacterial genomes and its consequences for bacterial community analyses JO - PLOS ONE VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0057923 DO - 10.1371/journal.pone.0057923 ID - Vetrovsky2013 ER - TY - JOUR AU - Sankoff, D. PY - 1975 DA - 1975// TI - Minimal mutation trees of sequences JO - SIAM J Appl Math VL - 28 UR - https://doi.org/10.1137/0128004 DO - 10.1137/0128004 ID - Sankoff1975 ER - TY - JOUR AU - Maddison, W. P. PY - 1991 DA - 1991// TI - Squared-change parsimony reconstructions of ancestral states for continuous-valued characters on a phylogenetic tree JO - Syst Biol VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/sysbio/40.3.304 DO - 10.1093/sysbio/40.3.304 ID - Maddison1991 ER - TY - JOUR AU - Felsenstein, J. PY - 1985 DA - 1985// TI - Phylogenies and the comparative method JO - Am Nat VL - 125 UR - https://doi.org/10.1086/284325 DO - 10.1086/284325 ID - Felsenstein1985 ER - TY - JOUR AU - Shao, J. PY - 1993 DA - 1993// TI - Linear model selection by cross-validation JO - J Am Stat Assoc VL - 88 UR - https://doi.org/10.1080/01621459.1993.10476299 DO - 10.1080/01621459.1993.10476299 ID - Shao1993 ER - TY - JOUR AU - Hug, L. A. AU - Baker, B. J. AU - Anantharaman, K. AU - Brown, C. T. AU - Probst, A. J. AU - Castelle, C. J. AU - Butterfield, C. N. AU - Hernsdorf, A. W. AU - Amano, Y. AU - Ise, K. AU - Suzuki, Y. AU - Dudek, N. AU - Relman, D. A. AU - Finstad, K. M. AU - Amundson, R. AU - Thomas, B. C. AU - Banfield, J. F. PY - 2016 DA - 2016// TI - A new view of the tree of life JO - Nat Microbiol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1038/nmicrobiol.2016.48 DO - 10.1038/nmicrobiol.2016.48 ID - Hug2016 ER - TY - STD TI - Parks DH, Rinke C, Chuvochina M, Chaumeil PA, Woodcroft BJ, Evans PN, Hugenholtz P, Tyson GW. Recovery of nearly 8,000 metagenome-assembled genomes substantially expands the tree of life. Nat Microbiol. 2017. https://doi.org/10.1038/s41564-017-0012-7. ID - ref19 ER - TY - JOUR AU - McDonald, D. AU - Price, M. N. AU - Goodrich, J. AU - Nawrocki, E. P. AU - DeSantis, T. Z. AU - Probst, A. AU - Andersen, G. L. AU - Knight, R. AU - Hugenholtz, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - An improved greengenes taxonomy with explicit ranks for ecological and evolutionary analyses of bacteria and archaea JO - ISME J VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2011.139 DO - 10.1038/ismej.2011.139 ID - McDonald2012 ER - TY - JOUR AU - Markowitz, V. M. AU - Chen, I. -. M. A. AU - Chu, K. AU - Szeto, E. AU - Palaniappan, K. AU - Grechkin, Y. AU - Ratner, A. AU - Jacob, B. AU - Pati, A. AU - Huntemann, M. AU - Liolios, K. AU - Pagani, I. AU - Anderson, I. AU - Mavromatis, K. AU - Ivanova, N. N. AU - Kyrpides, N. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - IMG: the integrated metagenome data management and comparative analysis system JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr975 DO - 10.1093/nar/gkr975 ID - Markowitz2012 ER - TY - STD TI - Edgar RC. UNBIAS: An attempt to correct abundance bias in 16S sequencing, with limited success. bioRxiv. 2017. https://doi.org/10.1101/124149. ID - ref22 ER - TY - JOUR AU - Perisin, M. AU - Vetter, M. AU - Gilbert, J. A. AU - Bergelson, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - 16Stimator: statistical estimation of ribosomal gene copy numbers from draft genome assemblies JO - ISME J VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2015.161 DO - 10.1038/ismej.2015.161 ID - Perisin2016 ER - TY - JOUR AU - Vos, M. AU - Quince, C. AU - Pijl, A. S. AU - de Hollander, M. AU - Kowalchuk, G. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - A comparison of rpoB and 16S rRNA as markers in pyrosequencing studies of bacterial diversity JO - PLoS ONE VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0030600 DO - 10.1371/journal.pone.0030600 ID - Vos2012 ER - TY - JOUR AU - McNair, K. AU - Edwards, R. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genomepeek—an online tool for prokaryotic genome and metagenome analysis JO - PeerJ VL - 3 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.1025 DO - 10.7717/peerj.1025 ID - McNair2015 ER - TY - JOUR AU - Goberna, M. AU - Verdu, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Predicting microbial traits with phylogenies JO - ISME J VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2015.171 DO - 10.1038/ismej.2015.171 ID - Goberna2016 ER - TY - JOUR AU - Louca, S. AU - Parfrey, L. W. AU - Doebeli, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Decoupling function and taxonomy in the global ocean microbiome JO - Science VL - 353 UR - https://doi.org/10.1126/science.aaf4507 DO - 10.1126/science.aaf4507 ID - Louca2016 ER - TY - JOUR AU - Martiny, A. C. AU - Treseder, K. AU - Pusch, G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Phylogenetic conservatism of functional traits in microorganisms JO - ISME J VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2012.160 DO - 10.1038/ismej.2012.160 ID - Martiny2013 ER - TY - STD TI - Martiny JBH, Jones SE, Lennon JT, Martiny AC. Microbiomes in light of traits: A phylogenetic perspective. Science. 2015; 350(6261). https://doi.org/10.1126/science.aac9323. ID - ref29 ER - TY - STD TI - Glöckner FO, Yilmaz P, Quast C, Gerken J, Beccati A, Ciuprina A, Bruns G, Yarza P, Peplies J, Westram R, et al. 25 years of serving the community with ribosomal rna gene reference databases and tools. J Biotechnol. 2017; 261(169–176). https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2017.06.1198. ID - ref30 ER - TY - JOUR AU - Price, M. N. AU - Dehal, P. S. AU - Arkin, A. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fasttree: Computing large minimum evolution trees with profiles instead of a distance matrix JO - Mol Biol Evol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msp077 DO - 10.1093/molbev/msp077 ID - Price2009 ER - TY - JOUR AU - Parks, D. H. AU - Imelfort, M. AU - Skennerton, C. T. AU - Hugenholtz, P. AU - Tyson, G. W. PY - 2014 DA - 2014// TI - Assessing the quality of microbial genomes recovered from isolates, single cells, and metagenomes JO - Genome Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1101/gr.186072.114 DO - 10.1101/gr.186072.114 ID - Parks2014 ER - TY - JOUR AU - Griffiths-Jones, S. AU - Bateman, A. AU - Marshall, M. AU - Khanna, A. AU - Eddy, S. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Rfam: an RNA family database JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg006 DO - 10.1093/nar/gkg006 ID - Griffiths-Jones2003 ER - TY - JOUR AU - Stoddard, S. F. AU - Smith, B. J. AU - Hein, R. AU - Roller, B. R. AU - Schmidt, T. M. PY - 2014 DA - 2014// TI - rrnDB: improved tools for interpreting rRNA gene abundance in bacteria and archaea and a new foundation for future development JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku1201 DO - 10.1093/nar/gku1201 ID - Stoddard2014 ER - TY - JOUR AU - Rognes, T. AU - Flouri, T. AU - Nichols, B. AU - Quince, C. AU - Mahé, F. PY - 2016 DA - 2016// TI - VSEARCH: a versatile open source tool for metagenomics JO - PeerJ VL - 4 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.2584 DO - 10.7717/peerj.2584 ID - Rognes2016 ER - TY - STD TI - Louca S, Doebeli M. Efficient comparative phylogenetics on large trees. Bioinformatics. 2017. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx701. ID - ref36 ER - TY - JOUR AU - Magoc, T. AU - Salzberg, S. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Flash: fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr507 DO - 10.1093/bioinformatics/btr507 ID - Magoc2011 ER -