TY - JOUR AU - Zhang, C. AU - Zhang, M. AU - Wang, S. AU - Han, R. AU - Cao, Y. AU - Hua, W. AU - Mao, Y. AU - Zhang, X. AU - Pang, X. AU - Wei, C. AU - Zhao, G. AU - Chen, Y. AU - Zhao, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Interactions between gut microbiota, host genetics and diet relevant to development of metabolic syndromes in mice JO - ISME J VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2009.112 DO - 10.1038/ismej.2009.112 ID - Zhang2010 ER - TY - JOUR AU - Bajzer, M. AU - Seeley, R. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Physiology: obesity and gut flora JO - Nature VL - 444 UR - https://doi.org/10.1038/4441009a DO - 10.1038/4441009a ID - Bajzer2006 ER - TY - JOUR AU - Qin, J. AU - Li, Y. AU - Cai, Z. AU - Li, S. AU - Zhu, J. AU - Zhang, F. AU - Liang, S. AU - Zhang, W. AU - Guan, Y. AU - Shen, D. AU - Peng, Y. AU - Zhang, D. AU - Jie, Z. AU - Wu, W. AU - Qin, Y. AU - Xue, W. AU - Li, J. AU - Han, L. AU - Lu, D. AU - Wu, P. AU - Dai, Y. AU - Sun, X. AU - Li, Z. AU - Tang, A. AU - Zhong, S. AU - Li, X. AU - Chen, W. AU - Xu, R. AU - Wang, M. AU - Feng, Q. AU - Gong, M. AU - Yu, J. AU - Zhang, Y. AU - Zhang, M. AU - Hansen, T. AU - Sanchez, G. AU - Raes, J. AU - Falony, G. AU - Okuda, S. AU - Almeida, M. AU - LeChatelier, E. AU - Renault, P. AU - Pons, N. AU - Batto, J. M. AU - Zhang, Z. AU - Chen, H. AU - Yang, R. AU - Zheng, W. AU - Li, S. AU - Yang, H. AU - Wang, J. AU - Ehrlich, S. D. AU - Nielsen, R. AU - Pedersen, O. AU - Kristiansen, K. AU - Wang, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - A metagenome-wide association study of gut microbiota in type 2 diabetes JO - Nature VL - 490 UR - https://doi.org/10.1038/nature11450 DO - 10.1038/nature11450 ID - Qin2012 ER - TY - JOUR AU - Yano, J. M. AU - Yu, K. AU - Donaldson, G. P. AU - Shastri, G. G. AU - Ann, P. AU - Ma, L. AU - Nagler, C. R. AU - Ismagilov, R. F. AU - Mazmanian, S. K. AU - Hsiao, E. Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - Indigenous bacteria from the gut microbiota regulate host serotonin biosynthesis JO - Cell VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.02.047 DO - 10.1016/j.cell.2015.02.047 ID - Yano2015 ER - TY - JOUR AU - Cox, L. M. AU - Yamanishi, S. AU - Sohn, J. AU - Alekseyenko, A. V. AU - Leung, J. M. AU - Cho, I. AU - Kim, S. G. AU - Li, H. AU - Gao, Z. AU - Mahana, D. AU - Zarate Rodriguez, J. G. AU - Rogers, A. B. AU - Robine, N. AU - Loke, P. AU - Blaser, M. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Altering the intestinal microbiota during a critical developmental window has lasting metabolic consequences JO - Cell VL - 158 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.05.052 DO - 10.1016/j.cell.2014.05.052 ID - Cox2014 ER - TY - JOUR AU - Cox, L. M. AU - Blaser, M. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Antibiotics in early life and obesity JO - Nat Rev Endocrinol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nrendo.2014.210 DO - 10.1038/nrendo.2014.210 ID - Cox2015 ER - TY - STD TI - Manrique P, Bolduc B, Walk ST, van der Oost J, de Vos WM, Young MJ. Healthy human gut phageome. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016; ID - ref7 ER - TY - JOUR AU - Wylie, K. M. AU - Weinstock, G. M. AU - Storch, G. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Emerging view of the human virome JO - Transl Res VL - 160 UR - https://doi.org/10.1016/j.trsl.2012.03.006 DO - 10.1016/j.trsl.2012.03.006 ID - Wylie2012 ER - TY - JOUR AU - Paez-Espino, D. AU - Eloe-Fadrosh, E. A. AU - Pavlopoulos, G. A. AU - Thomas, A. D. AU - Huntemann, M. AU - Mikhailova, N. AU - Rubin, E. AU - Ivanova, N. N. AU - Kyrpides, N. C. PY - 2016 DA - 2016// TI - Uncovering earth’s virome JO - Nature VL - 536 UR - https://doi.org/10.1038/nature19094 DO - 10.1038/nature19094 ID - Paez-Espino2016 ER - TY - JOUR AU - Minot, S. AU - Sinha, R. AU - Chen, J. AU - Li, H. AU - Keilbaugh, S. A. AU - Wu, G. D. AU - Lewis, J. D. AU - Bushman, F. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - The human gut virome: inter-individual variation and dynamic response to diet JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.122705.111 DO - 10.1101/gr.122705.111 ID - Minot2011 ER - TY - JOUR AU - Minot, S. AU - Grunberg, S. AU - Wu, G. D. AU - Lewis, J. D. AU - Bushman, F. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Hypervariable loci in the human gut virome JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1119061109 DO - 10.1073/pnas.1119061109 ID - Minot2012 ER - TY - JOUR AU - Minot, S. AU - Bryson, A. AU - Chehoud, C. AU - Wu, G. D. AU - Lewis, J. D. AU - Bushman, F. D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Rapid evolution of the human gut virome JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1300833110 DO - 10.1073/pnas.1300833110 ID - Minot2013 ER - TY - JOUR AU - Reyes, A. AU - Haynes, M. AU - Hanson, N. AU - Angly, F. E. AU - Heath, A. C. AU - Rohwer, F. AU - Gordon, J. I. PY - 2010 DA - 2010// TI - Viruses in the faecal microbiota of monozygotic twins and their mothers JO - Nature VL - 466 UR - https://doi.org/10.1038/nature09199 DO - 10.1038/nature09199 ID - Reyes2010 ER - TY - JOUR AU - Norman, J. M. AU - Handley, S. A. AU - Baldridge, M. T. AU - Droit, L. AU - Liu, C. Y. AU - Keller, B. C. AU - Kambal, A. AU - Monaco, C. L. AU - Zhao, G. AU - Fleshner, P. AU - Stappenbeck, T. S. AU - McGovern, D. P. AU - Keshavarzian, A. AU - Mutlu, E. A. AU - Sauk, J. AU - Gevers, D. AU - Xavier, R. J. AU - Wang, D. AU - Parkes, M. AU - Virgin, H. W. PY - 2015 DA - 2015// TI - Disease-specific alterations in the enteric virome in inflammatory bowel disease JO - Cell VL - 160 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.01.002 DO - 10.1016/j.cell.2015.01.002 ID - Norman2015 ER - TY - JOUR AU - Qin, J. AU - Li, R. AU - Raes, J. AU - Arumugam, M. AU - Burgdorf, K. S. AU - Manichanh, C. AU - Nielsen, T. AU - Pons, N. AU - Levenez, F. AU - Yamada, T. AU - Mende, D. R. AU - Li, J. AU - Xu, J. AU - Li, S. AU - Li, D. AU - Cao, J. AU - Wang, B. AU - Liang, H. AU - Zheng, H. AU - Xie, Y. AU - Tap, J. AU - Lepage, P. AU - Bertalan, M. AU - Batto, J. M. AU - Hansen, T. AU - Le Paslier, D. AU - Linneberg, A. AU - Nielsen, H. B. AU - Pelletier, E. AU - Renault, P. AU - Sicheritz-Ponten, T. AU - Turner, K. AU - Zhu, H. AU - Yu, C. AU - Li, S. AU - Jian, M. AU - Zhou, Y. AU - Li, Y. AU - Zhang, X. AU - Li, S. AU - Qin, N. AU - Yang, H. AU - Wang, J. AU - Brunak, S. AU - Dore, J. AU - Guarner, F. AU - Kristiansen, K. AU - Pedersen, O. AU - Parkhill, J. AU - Weissenbach, J. AU - Meta, H. I. T. C. AU - Bork, P. AU - Ehrlich, S. D. AU - Wang, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing JO - Nature VL - 464 UR - https://doi.org/10.1038/nature08821 DO - 10.1038/nature08821 ID - Qin2010 ER - TY - JOUR AU - Ogilvie, L. A. AU - Bowler, L. D. AU - Caplin, J. AU - Dedi, C. AU - Diston, D. AU - Cheek, E. AU - Taylor, H. AU - Ebdon, J. E. AU - Jones, B. V. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genome signature-based dissection of human gut metagenomes to extract subliminal viral sequences JO - Nat Commun VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms3420 DO - 10.1038/ncomms3420 ID - Ogilvie2013 ER - TY - JOUR AU - Waller, A. S. AU - Yamada, T. AU - Kristensen, D. M. AU - Kultima, J. R. AU - Sunagawa, S. AU - Koonin, E. V. AU - Bork, P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Classification and quantification of bacteriophage taxa in human gut metagenomes JO - ISME J VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2014.30 DO - 10.1038/ismej.2014.30 ID - Waller2014 ER - TY - JOUR AU - Stern, A. AU - Mick, E. AU - Tirosh, I. AU - Sagy, O. AU - Sorek, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - CRISPR targeting reveals a reservoir of common phages associated with the human gut microbiome JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.138297.112 DO - 10.1101/gr.138297.112 ID - Stern2012 ER - TY - JOUR AU - Virgin, H. W. PY - 2014 DA - 2014// TI - The virome in mammalian physiology and disease JO - Cell VL - 157 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.02.032 DO - 10.1016/j.cell.2014.02.032 ID - Virgin2014 ER - TY - JOUR AU - Miedzybrodzki, R. AU - Switala-Jelen, K. AU - Fortuna, W. AU - Weber-Dabrowska, B. AU - Przerwa, A. AU - Lusiak-Szelachowska, M. AU - Dabrowska, K. AU - Kurzepa, A. AU - Boratynski, J. AU - Syper, D. AU - Pozniak, G. AU - Lugowski, C. AU - Gorski, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Bacteriophage preparation inhibition of reactive oxygen species generation by endotoxin-stimulated polymorphonuclear leukocytes JO - Virus Res VL - 131 UR - https://doi.org/10.1016/j.virusres.2007.09.013 DO - 10.1016/j.virusres.2007.09.013 ID - Miedzybrodzki2008 ER - TY - JOUR AU - Przerwa, A. AU - Zimecki, M. AU - Switala-Jelen, K. AU - Dabrowska, K. AU - Krawczyk, E. AU - Luczak, M. AU - Weber-Dabrowska, B. AU - Syper, D. AU - Miedzybrodzki, R. AU - Gorski, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Effects of bacteriophages on free radical production and phagocytic functions JO - Med Microbiol Immunol VL - 195 UR - https://doi.org/10.1007/s00430-006-0011-4 DO - 10.1007/s00430-006-0011-4 ID - Przerwa2006 ER - TY - JOUR AU - Ksendzovsky, A. AU - Walbridge, S. AU - Saunders, R. C. AU - Asthagiri, A. R. AU - Heiss, J. D. AU - Lonser, R. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Convection-enhanced delivery of m13 bacteriophage to the brain JO - J Neurosurg VL - 117 UR - https://doi.org/10.3171/2012.4.JNS111528 DO - 10.3171/2012.4.JNS111528 ID - Ksendzovsky2012 ER - TY - JOUR AU - Dabrowska, K. AU - Opolski, A. AU - Wietrzyk, J. AU - Switala-Jelen, K. AU - Godlewska, J. AU - Boratynski, J. AU - Syper, D. AU - Weber-Dabrowska, B. AU - Gorski, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Anticancer activity of bacteriophage t4 and its mutant hap1 in mouse experimental tumour models JO - Anticancer Res VL - 24 ID - Dabrowska2004 ER - TY - JOUR AU - Eriksson, F. AU - Culp, W. D. AU - Massey, R. AU - Egevad, L. AU - Garland, D. AU - Persson, M. A. AU - Pisa, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Tumor specific phage particles promote tumor regression in a mouse melanoma model JO - Cancer Immunol Immunother VL - 56 UR - https://doi.org/10.1007/s00262-006-0227-6 DO - 10.1007/s00262-006-0227-6 ID - Eriksson2007 ER - TY - JOUR AU - Pajtasz-Piasecka, E. AU - Rossowska, J. AU - Dus, D. AU - Weber-Dabrowska, B. AU - Zablocka, A. AU - Gorski, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Bacteriophages support anti-tumor response initiated by dc-based vaccine against murine transplantable colon carcinoma JO - Immunol Lett VL - 116 UR - https://doi.org/10.1016/j.imlet.2007.11.004 DO - 10.1016/j.imlet.2007.11.004 ID - Pajtasz-Piasecka2008 ER - TY - JOUR AU - Barr, J. J. AU - Auro, R. AU - Furlan, M. AU - Whiteson, K. L. AU - Erb, M. L. AU - Pogliano, J. AU - Stotland, A. AU - Wolkowicz, R. AU - Cutting, A. S. AU - Doran, K. S. AU - Salamon, P. AU - Youle, M. AU - Rohwer, F. PY - 2013 DA - 2013// TI - Bacteriophage adhering to mucus provide a non-host-derived immunity JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1305923110 DO - 10.1073/pnas.1305923110 ID - Barr2013 ER - TY - JOUR AU - Ly, M. AU - Abeles, S. R. AU - Boehm, T. K. AU - Robles-Sikisaka, R. AU - Naidu, M. AU - Santiago-Rodriguez, T. AU - Pride, D. T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Altered oral viral ecology in association with periodontal disease JO - MBio VL - 5 UR - https://doi.org/10.1128/mBio.01133-14 DO - 10.1128/mBio.01133-14 ID - Ly2014 ER - TY - JOUR AU - Li, R. AU - Yu, C. AU - Li, Y. AU - Lam, T. W. AU - Yiu, S. M. AU - Kristiansen, K. AU - Wang, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - SOAP2: an improved ultrafast tool for short read alignment JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp336 DO - 10.1093/bioinformatics/btp336 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Lonc, E. PY - 1985 DA - 1985// TI - Principles and use of numerical taxonomy in the classification of arthropods JO - Wiad Parazytol VL - 31 ID - Lonc1985 ER - TY - JOUR AU - Kristensen, D. M. AU - Waller, A. S. AU - Yamada, T. AU - Bork, P. AU - Mushegian, A. R. AU - Koonin, E. V. PY - 2013 DA - 2013// TI - Orthologous gene clusters and taxon signature genes for viruses of prokaryotes JO - J Bacteriol VL - 195 UR - https://doi.org/10.1128/JB.01801-12 DO - 10.1128/JB.01801-12 ID - Kristensen2013 ER - TY - JOUR AU - Segata, N. AU - Waldron, L. AU - Ballarini, A. AU - Narasimhan, V. AU - Jousson, O. AU - Huttenhower, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Metagenomic microbial community profiling using unique clade-specific marker genes JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2066 DO - 10.1038/nmeth.2066 ID - Segata2012 ER - TY - JOUR AU - Zhu, W. AU - Lomsadze, A. AU - Borodovsky, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Ab initio gene identification in metagenomic sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq275 DO - 10.1093/nar/gkq275 ID - Zhu2010 ER - TY - JOUR AU - Tatusov, R. L. AU - Fedorova, N. D. AU - Jackson, J. D. AU - Jacobs, A. R. AU - Kiryutin, B. AU - Koonin, E. V. AU - Krylov, D. M. AU - Mazumder, R. AU - Mekhedov, S. L. AU - Nikolskaya, A. N. AU - Rao, B. S. AU - Smirnov, S. AU - Sverdlov, A. V. AU - Vasudevan, S. AU - Wolf, Y. I. AU - Yin, J. J. AU - Natale, D. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - The cog database: an updated version includes eukaryotes JO - BMC Bioinformatics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-4-41 DO - 10.1186/1471-2105-4-41 ID - Tatusov2003 ER - TY - JOUR AU - Davidsen, T. AU - Beck, E. AU - Ganapathy, A. AU - Montgomery, R. AU - Zafar, N. AU - Yang, Q. AU - Madupu, R. AU - Goetz, P. AU - Galinsky, K. AU - White, O. AU - Sutton, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - The comprehensive microbial resource JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp912 DO - 10.1093/nar/gkp912 ID - Davidsen2010 ER - TY - JOUR AU - Sonnhammer, E. L. AU - Eddy, S. R. AU - Birney, E. AU - Bateman, A. AU - Durbin, R. PY - 1998 DA - 1998// TI - Pfam: multiple sequence alignments and hmm-profiles of protein domains JO - Nucleic Acids Res VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/nar/26.1.320 DO - 10.1093/nar/26.1.320 ID - Sonnhammer1998 ER - TY - JOUR AU - Marchler-Bauer, A. AU - Panchenko, A. R. AU - Shoemaker, B. A. AU - Thiessen, P. A. AU - Geer, L. Y. AU - Bryant, S. H. PY - 2002 DA - 2002// TI - CDD: a database of conserved domain alignments with links to domain three-dimensional structure JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.1.281 DO - 10.1093/nar/30.1.281 ID - Marchler-Bauer2002 ER - TY - JOUR AU - Chen, L. AU - Xiong, Z. AU - Sun, L. AU - Yang, J. AU - Jin, Q. PY - 2012 DA - 2012// TI - VFDB 2012 update: toward the genetic diversity and molecular evolution of bacterial virulence factors JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr989 DO - 10.1093/nar/gkr989 ID - Chen2012 ER - TY - JOUR AU - Finn, R. D. AU - Coggill, P. AU - Eberhardt, R. Y. AU - Eddy, S. R. AU - Mistry, J. AU - Mitchell, A. L. AU - Potter, S. C. AU - Punta, M. AU - Qureshi, M. AU - Sangrador-Vegas, A. AU - Salazar, G. A. AU - Tate, J. AU - Bateman, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - The Pfam protein families database: towards a more sustainable future JO - Nucleic Acids Res VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkv1344 DO - 10.1093/nar/gkv1344 ID - Finn2016 ER - TY - JOUR AU - Tamura, K. AU - Stecher, G. AU - Peterson, D. AU - Filipski, A. AU - Kumar, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Mega6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0 JO - Mol Biol Evol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/mst197 DO - 10.1093/molbev/mst197 ID - Tamura2013 ER - TY - JOUR AU - Friedman, J. AU - Alm, E. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Inferring correlation networks from genomic survey data JO - PLoS Comput Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002687 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002687 ID - Friedman2012 ER - TY - JOUR AU - Demchak, B. AU - Hull, T. AU - Reich, M. AU - Liefeld, T. AU - Smoot, M. AU - Ideker, T. AU - Mesirov, J. P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Cytoscape: the network visualization tool for GenomeSpace workflows JO - F1000Res VL - 3 ID - Demchak2014 ER - TY - JOUR AU - Segata, N. AU - Izard, J. AU - Waldron, L. AU - Gevers, D. AU - Miropolsky, L. AU - Garrett, W. S. AU - Huttenhower, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Metagenomic biomarker discovery and explanation JO - Genome Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-6-r60 DO - 10.1186/gb-2011-12-6-r60 ID - Segata2011 ER - TY - JOUR AU - Hu, J. X. AU - Zhao, H. AU - Zhou, H. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - False discovery rate control with groups JO - J Am Stat Assoc VL - 105 UR - https://doi.org/10.1198/jasa.2010.tm09329 DO - 10.1198/jasa.2010.tm09329 ID - Hu2010 ER - TY - JOUR AU - Dutilh, B. E. AU - Cassman, N. AU - McNair, K. AU - Sanchez, S. E. AU - Silva, G. G. AU - Boling, L. AU - Barr, J. J. AU - Speth, D. R. AU - Seguritan, V. AU - Aziz, R. K. AU - Felts, B. AU - Dinsdale, E. A. AU - Mokili, J. L. AU - Edwards, R. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - A highly abundant bacteriophage discovered in the unknown sequences of human faecal metagenomes JO - Nat Commun VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms5498 DO - 10.1038/ncomms5498 ID - Dutilh2014 ER - TY - JOUR AU - Li, J. AU - Jia, H. AU - Cai, X. AU - Zhong, H. AU - Feng, Q. AU - Sunagawa, S. AU - Arumugam, M. AU - Kultima, J. R. AU - Prifti, E. AU - Nielsen, T. AU - Juncker, A. S. AU - Manichanh, C. AU - Chen, B. AU - Zhang, W. AU - Levenez, F. AU - Wang, J. AU - Xu, X. AU - Xiao, L. AU - Liang, S. AU - Zhang, D. AU - Zhang, Z. AU - Chen, W. AU - Zhao, H. AU - Al-Aama, J. Y. AU - Edris, S. AU - Yang, H. AU - Wang, J. AU - Hansen, T. AU - Nielsen, H. B. AU - Brunak, S. AU - Kristiansen, K. AU - Guarner, F. AU - Pedersen, O. AU - Dore, J. AU - Ehrlich, S. D. AU - Meta, H. I. T. C. AU - Bork, P. AU - Wang, J. AU - Meta, H. I. T. C. PY - 2014 DA - 2014// TI - An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome JO - Nat Biotechnol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2942 DO - 10.1038/nbt.2942 ID - Li2014 ER - TY - JOUR AU - Shannon, P. AU - Markiel, A. AU - Ozier, O. AU - Baliga, N. S. AU - Wang, J. T. AU - Ramage, D. AU - Amin, N. AU - Schwikowski, B. AU - Ideker, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1239303 DO - 10.1101/gr.1239303 ID - Shannon2003 ER - TY - JOUR AU - Cadwell, K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Expanding the role of the virome: commensalism in the gut JO - J Virol VL - 89 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02966-14 DO - 10.1128/JVI.02966-14 ID - Cadwell2015 ER - TY - JOUR AU - Winter, C. AU - Bouvier, T. AU - Weinbauer, M. G. AU - Thingstad, T. F. PY - 2010 DA - 2010// TI - Trade-offs between competition and defense specialists among unicellular planktonic organisms: the “killing the winner” hypothesis revisited JO - Microbiol Mol Biol Rev VL - 74 UR - https://doi.org/10.1128/MMBR.00034-09 DO - 10.1128/MMBR.00034-09 ID - Winter2010 ER - TY - JOUR AU - Eriksson, F. AU - Tsagozis, P. AU - Lundberg, K. AU - Parsa, R. AU - Mangsbo, S. M. AU - Persson, M. A. AU - Harris, R. A. AU - Pisa, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Tumor-specific bacteriophages induce tumor destruction through activation of tumor-associated macrophages JO - J Immunol VL - 182 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.0800224 DO - 10.4049/jimmunol.0800224 ID - Eriksson2009 ER -