TY - JOUR AU - Siegel, R. L. AU - Miller, K. D. AU - Jemal, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Cancer statistics, 2016 JO - CA: Cancer J Clin VL - 66 ID - Siegel2016 ER - TY - JOUR AU - Haggar, F. A. AU - Boushey, R. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Colorectal cancer epidemiology: incidence, mortality, survival, and risk factors JO - Clin Colon Rectal Surg VL - 22 UR - https://doi.org/10.1055/s-0029-1242458 DO - 10.1055/s-0029-1242458 ID - Haggar2009 ER - TY - JOUR AU - Hellinger, M. D. AU - Santiago, C. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Reoperation for recurrent colorectal cancer JO - Clin Colon Rectal Surg VL - 19 UR - https://doi.org/10.1055/s-2006-956445 DO - 10.1055/s-2006-956445 ID - Hellinger2006 ER - TY - JOUR AU - Ryuk, J. P. AU - Choi, G. -. S. AU - Park, J. S. AU - Kim, H. J. AU - Park, S. Y. AU - Yoon, G. S. AU - Jun, S. H. AU - Kwon, Y. C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Predictive factors and the prognosis of recurrence of colorectal cancer within 2 years after curative resection JO - Ann Surg Treat Res VL - 86 UR - https://doi.org/10.4174/astr.2014.86.3.143 DO - 10.4174/astr.2014.86.3.143 ID - Ryuk2014 ER - TY - STD TI - Howlader N, Noone AM, Krapcho M, Miller D, Bishop K, Kosary CL, Yu M, Ruhl J, Tatalovich Z, Mariotto A, Lewis DR, Chen HS, Feuer EJ, Cronin KA, (eds).SEER Cancer Statistics Review, 1975-2014, National Cancer Institute. Bethesda, MD. https://seer.cancer.gov/csr/1975_2014/. UR - https://seer.cancer.gov/csr/1975_2014/ ID - ref5 ER - TY - JOUR AU - Goodwin, A. C. AU - Destefano Shields, C. E. AU - Wu, S. AU - Huso, D. L. AU - Wu, X. AU - Murray-Stewart, T. R. AU - Hacker-Prietz, A. AU - Rabizadeh, S. AU - Woster, P. M. AU - Sears, C. L. AU - Casero, R. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Polyamine catabolism contributes to enterotoxigenic Bacteroides fragilis-induced colon tumorigenesis JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1010203108 DO - 10.1073/pnas.1010203108 ID - Goodwin2011 ER - TY - JOUR AU - Abed, J. AU - Emgård, J. E. M. AU - Zamir, G. AU - Faroja, M. AU - Almogy, G. AU - Grenov, A. AU - Sol, A. AU - Naor, R. AU - Pikarsky, E. AU - Atlan, K. A. AU - Mellul, A. AU - Chaushu, S. AU - Manson, A. L. AU - Earl, A. M. AU - Ou, N. AU - Brennan, C. A. AU - Garrett, W. S. AU - Bachrach, G. PY - 2016 DA - 2016// TI - Fap2 mediates Fusobacterium nucleatum colorectal adenocarcinoma enrichment by binding to tumor-expressed Gal-GalNAc JO - Cell Host Microbe VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2016.07.006 DO - 10.1016/j.chom.2016.07.006 ID - Abed2016 ER - TY - JOUR AU - Arthur, J. C. AU - Gharaibeh, R. Z. AU - Mühlbauer, M. AU - Perez-Chanona, E. AU - Uronis, J. M. AU - McCafferty, J. AU - Fodor, A. A. AU - Jobin, C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Microbial genomic analysis reveals the essential role of inflammation in bacteria-induced colorectal cancer JO - Nature Commun VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms5724 DO - 10.1038/ncomms5724 ID - Arthur2014 ER - TY - JOUR AU - Kostic, A. D. AU - Chun, E. AU - Robertson, L. AU - Glickman, J. N. AU - Gallini, C. A. AU - Michaud, M. AU - Clancy, T. E. AU - Chung, D. C. AU - Lochhead, P. AU - Hold, G. L. AU - El-Omar, E. M. AU - Brenner, D. AU - Fuchs, C. S. AU - Meyerson, M. AU - Garrett, W. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Fusobacterium nucleatum potentiates intestinal tumorigenesis and modulates the tumor-immune microenvironment JO - Cell Host Microbe VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2013.07.007 DO - 10.1016/j.chom.2013.07.007 ID - Kostic2013 ER - TY - JOUR AU - Wu, S. AU - Rhee, K. -. J. AU - Albesiano, E. AU - Rabizadeh, S. AU - Wu, X. AU - Yen, H. -. R. AU - Huso, D. L. AU - Brancati, F. L. AU - Wick, E. AU - McAllister, F. AU - Housseau, F. AU - Pardoll, D. M. AU - Sears, C. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - A human colonic commensal promotes colon tumorigenesis via activation of T helper type 17 T cell responses JO - Nature Med VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nm.2015 DO - 10.1038/nm.2015 ID - Wu2009 ER - TY - JOUR AU - Zackular, J. P. AU - Baxter, N. T. AU - Chen, G. Y. AU - Schloss, P. D. PY - 2016 DA - 2016// TI - Manipulation of the gut microbiota reveals role in colon tumorigenesis JO - mSphere VL - 1 UR - https://doi.org/10.1128/mSphere.00001-15 DO - 10.1128/mSphere.00001-15 ID - Zackular2016 ER - TY - JOUR AU - Zackular, J. P. AU - Baxter, N. T. AU - Iverson, K. D. AU - Sadler, W. D. AU - Petrosino, J. F. AU - Chen, G. Y. AU - Schloss, P. D. PY - 2013 DA - 2013// TI - The gut microbiome modulates colon tumorigenesis JO - mBio VL - 4 UR - https://doi.org/10.1128/mBio.00692-13 DO - 10.1128/mBio.00692-13 ID - Zackular2013 ER - TY - JOUR AU - Baxter, N. T. AU - Zackular, J. P. AU - Chen, G. Y. AU - Schloss, P. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - Structure of the gut microbiome following colonization with human feces determines colonic tumor burden JO - Microbiome VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/2049-2618-2-20 DO - 10.1186/2049-2618-2-20 ID - Baxter2014 ER - TY - JOUR AU - Flynn, K. J. AU - Baxter, N. T. AU - Schloss, P. D. PY - 2016 DA - 2016// TI - Metabolic and community synergy of oral bacteria in colorectal cancer JO - mSphere VL - 1 UR - https://doi.org/10.1128/mSphere.00102-16 DO - 10.1128/mSphere.00102-16 ID - Flynn2016 ER - TY - JOUR AU - Wang, T. AU - Cai, G. AU - Qiu, Y. AU - Fei, N. AU - Zhang, M. AU - Pang, X. AU - Jia, W. AU - Cai, S. AU - Zhao, L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Structural segregation of gut microbiota between colorectal cancer patients and healthy volunteers JO - ISME J VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2011.109 DO - 10.1038/ismej.2011.109 ID - Wang2012 ER - TY - JOUR AU - Chen, H. -. M. AU - Yu, Y. -. N. AU - Wang, J. -. L. AU - Lin, Y. -. W. AU - Kong, X. AU - Yang, C. -. Q. AU - Yang, L. AU - Liu, Z. -. J. AU - Yuan, Y. -. Z. AU - Liu, F. AU - Wu, J. -. X. AU - Zhong, L. AU - Fang, D. -. C. AU - Zou, W. AU - Fang, J. -. Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Decreased dietary fiber intake and structural alteration of gut microbiota in patients with advanced colorectal adenoma JO - Am J Clin Nutr VL - 97 UR - https://doi.org/10.3945/ajcn.112.046607 DO - 10.3945/ajcn.112.046607 ID - Chen2013 ER - TY - JOUR AU - Chen, W. AU - Liu, F. AU - Ling, Z. AU - Tong, X. AU - Xiang, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Human intestinal lumen and mucosa-associated microbiota in patients with colorectal cancer JO - PloS One VL - e39743 ID - Chen2012 ER - TY - JOUR AU - Shen, X. J. AU - Rawls, J. F. AU - Randall, T. AU - Burcal, L. AU - Mpande, C. N. AU - Jenkins, N. AU - Jovov, B. AU - Abdo, Z. AU - Sandler, R. S. AU - Keku, T. O. PY - 2010 DA - 2010// TI - Molecular characterization of mucosal adherent bacteria and associations with colorectal adenomas JO - Gut Microbes VL - 1 UR - https://doi.org/10.4161/gmic.1.3.12360 DO - 10.4161/gmic.1.3.12360 ID - Shen2010 ER - TY - JOUR AU - Kostic, A. D. AU - Gevers, D. AU - Pedamallu, C. S. AU - Michaud, M. AU - Duke, F. AU - Earl, A. M. AU - Ojesina, A. I. AU - Jung, J. AU - Bass, A. J. AU - Tabernero, J. AU - Baselga, J. AU - Liu, C. AU - Shivdasani, R. A. AU - Ogino, S. AU - Birren, B. W. AU - Huttenhower, C. AU - Garrett, W. S. AU - Meyerson, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genomic analysis identifies association of Fusobacterium with colorectal carcinoma JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.126573.111 DO - 10.1101/gr.126573.111 ID - Kostic2012 ER - TY - JOUR AU - Feng, Q. AU - Liang, S. AU - Jia, H. AU - Stadlmayr, A. AU - Tang, L. AU - Lan, Z. AU - Zhang, D. AU - Xia, H. AU - Xu, X. AU - Jie, Z. AU - Su, L. AU - Li, X. AU - Li, X. AU - Li, J. AU - Xiao, L. AU - Huber-Schönauer, U. AU - Niederseer, D. AU - Xu, X. AU - Al-Aama, J. Y. AU - Yang, H. AU - Wang, J. AU - Kristiansen, K. AU - Arumugam, M. AU - Tilg, H. AU - Datz, C. AU - Wang, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Gut microbiome development along the colorectal adenoma-carcinoma sequence JO - Nat Commun VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms7528 DO - 10.1038/ncomms7528 ID - Feng2015 ER - TY - JOUR AU - Dejea, C. M. AU - Wick, E. C. AU - Hechenbleikner, E. M. AU - White, J. R. AU - Mark Welch, J. L. AU - Rossetti, B. J. AU - Peterson, S. N. AU - Snesrud, E. C. AU - Borisy, G. G. AU - Lazarev, M. AU - Stein, E. AU - Vadivelu, J. AU - Roslani, A. C. AU - Malik, A. A. AU - Wanyiri, J. W. AU - Goh, K. L. AU - Thevambiga, I. AU - Fu, K. AU - Wan, F. AU - Llosa, N. AU - Housseau, F. AU - Romans, K. AU - Wu, X. AU - McAllister, F. M. AU - Wu, S. AU - Vogelstein, B. AU - Kinzler, K. W. AU - Pardoll, D. M. AU - Sears, C. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Microbiota organization is a distinct feature of proximal colorectal cancers JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 111 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1406199111 DO - 10.1073/pnas.1406199111 ID - Dejea2014 ER - TY - JOUR AU - Mima, K. AU - Sukawa, Y. AU - Nishihara, R. AU - Qian, Z. R. AU - Yamauchi, M. AU - Inamura, K. AU - Kim, S. A. AU - Masuda, A. AU - Nowak, J. A. AU - Nosho, K. AU - Kostic, A. D. AU - Giannakis, M. AU - Watanabe, H. AU - Bullman, S. AU - Milner, D. A. AU - Harris, C. C. AU - Giovannucci, E. AU - Garraway, L. A. AU - Freeman, G. J. AU - Dranoff, G. AU - Chan, A. T. AU - Garrett, W. S. AU - Huttenhower, C. AU - Fuchs, C. S. AU - Ogino, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Fusobacterium nucleatum and T cells in colorectal carcinoma JO - JAMA Oncol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1001/jamaoncol.2015.1377 DO - 10.1001/jamaoncol.2015.1377 ID - Mima2015 ER - TY - JOUR AU - Arthur, J. C. AU - Perez-Chanona, E. AU - Mühlbauer, M. AU - Tomkovich, S. AU - Uronis, J. M. AU - Fan, T. -. J. AU - Campbell, B. J. AU - Abujamel, T. AU - Dogan, B. AU - Rogers, A. B. AU - Rhodes, J. M. AU - Stintzi, A. AU - Simpson, K. W. AU - Hansen, J. J. AU - Keku, T. O. AU - Fodor, A. A. AU - Jobin, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Intestinal inflammation targets cancer-inducing activity of the microbiota JO - Science (New York) VL - 338 UR - https://doi.org/10.1126/science.1224820 DO - 10.1126/science.1224820 ID - Arthur2012 ER - TY - JOUR AU - Baxter, N. T. AU - Ruffin, M. T. AU - Rogers, M. A. M. AU - Schloss, P. D. PY - 2016 DA - 2016// TI - Microbiota-based model improves the sensitivity of fecal immunochemical test for detecting colonic lesions JO - Genome Med VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/s13073-016-0290-3 DO - 10.1186/s13073-016-0290-3 ID - Baxter2016 ER - TY - JOUR AU - Zeller, G. AU - Tap, J. AU - Voigt, A. Y. AU - Sunagawa, S. AU - Kultima, J. R. AU - Costea, P. I. AU - Amiot, A. AU - Böhm, J. AU - Brunetti, F. AU - Habermann, N. AU - Hercog, R. AU - Koch, M. AU - Luciani, A. AU - Mende, D. R. AU - Schneider, M. A. AU - Schrotz-King, P. AU - Tournigand, C. AU - Tran Van Nhieu, J. AU - Yamada, T. AU - Zimmermann, J. AU - Benes, V. AU - Kloor, M. AU - Ulrich, C. M. AU - Knebel Doeberitz, M. v. o. n. AU - Sobhani, I. AU - Bork, P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Potential of fecal microbiota for early-stage detection of colorectal cancer JO - Mol Syst Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.15252/msb.20145645 DO - 10.15252/msb.20145645 ID - Zeller2014 ER - TY - JOUR AU - Zackular, J. P. AU - Rogers, M. A. M. AU - Ruffin, M. T. AU - Schloss, P. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - The human gut microbiome as a screening tool for colorectal cancer JO - Cancer Prev Res (Philadelphia) VL - 7 UR - https://doi.org/10.1158/1940-6207.CAPR-14-0129 DO - 10.1158/1940-6207.CAPR-14-0129 ID - Zackular2014 ER - TY - JOUR AU - O’Brien, C. L. AU - Allison, G. E. AU - Grimpen, F. AU - Pavli, P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Impact of colonoscopy bowel preparation on intestinal microbiota JO - PloS ONE VL - e62815 ID - O’Brien2013 ER - TY - JOUR AU - Kozich, J. J. AU - Westcott, S. L. AU - Baxter, N. T. AU - Highlander, S. K. AU - Schloss, P. D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Development of a dual-index sequencing strategy and curation pipeline for analyzing amplicon sequence data on the MiSeq Illumina sequencing platform JO - Appl Environ Microbiol VL - 79 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.01043-13 DO - 10.1128/AEM.01043-13 ID - Kozich2013 ER - TY - JOUR AU - Pruesse, E. AU - Quast, C. AU - Knittel, K. AU - Fuchs, B. M. AU - Ludwig, W. AU - Peplies, J. AU - Glöckner, F. O. AU - SILV, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - A comprehensive online resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data compatible with ARB JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm864 DO - 10.1093/nar/gkm864 ID - Pruesse2007 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. AU - Haas, B. J. AU - Clemente, J. C. AU - Quince, C. AU - Knight, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection JO - Bioinformatics. (Oxford England) VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr381 DO - 10.1093/bioinformatics/btr381 ID - Edgar2011 ER - TY - JOUR AU - Wang, Q. AU - Garrity, G. M. AU - Tiedje, J. M. AU - Cole, J. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Naive Bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy JO - Appl Environ Microbiol VL - 73 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00062-07 DO - 10.1128/AEM.00062-07 ID - Wang2007 ER - TY - JOUR AU - Schloss, P. D. AU - Westcott, S. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Assessing and improving methods used in operational taxonomic unit-based approaches for 16S rRNA gene sequence analysis JO - Appl Environ Microbiol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.02810-10 DO - 10.1128/AEM.02810-10 ID - Schloss2011 ER - TY - JOUR AU - Breiman, L. PY - 2001 DA - 2001// TI - Random Forests JO - Mach Learn VL - 45 UR - https://doi.org/10.1023/A:1010933404324 DO - 10.1023/A:1010933404324 ID - Breiman2001 ER - TY - JOUR AU - Anderson, M. J. AU - Walsh, D. C. I. PY - 2013 DA - 2013// TI - PERMANOVA, ANOSIM, and the Mantel test in the face of heterogeneous dispersions: What null hypothesis are you testing? JO - Ecol Monogr VL - 83 UR - https://doi.org/10.1890/12-2010.1 DO - 10.1890/12-2010.1 ID - Anderson2013 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing JO - J Royal Stat Soc Ser B Methodol VL - 57 ID - Benjamini1995 ER -