TY - BOOK AU - Dolea, C. AU - Stein, C. PY - 2003 DA - 2003// TI - Global burden of maternal sepsis in the year 2000 PB - World Health Organization CY - Geneva ID - Dolea2003 ER - TY - JOUR AU - Benzaquen, M. E. AU - Risco, C. A. AU - Archbald, L. F. AU - Melendez, P. AU - Thatcher, M. J. AU - Thatcher, W. W. PY - 2007 DA - 2007// TI - Rectal temperature, calving-related factors, and the incidence of puerperal metritis in postpartum dairy cows JO - J Dairy Sci VL - 90 UR - https://doi.org/10.3168/jds.2006-482 DO - 10.3168/jds.2006-482 ID - Benzaquen2007 ER - TY - JOUR AU - Goshen, T. AU - Shpigel, N. Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - Evaluation of intrauterine antibiotic treatment of clinical metritis and retained fetal membranes in dairy cows JO - Theriogenology VL - 66 UR - https://doi.org/10.1016/j.theriogenology.2006.07.017 DO - 10.1016/j.theriogenology.2006.07.017 ID - Goshen2006 ER - TY - JOUR AU - Lima, F. S. AU - Vieira-Neto, A. AU - Vasconcellos, G. S. AU - Mingoti, R. D. AU - Karakaya, E. AU - Sole, E. AU - Bisinotto, R. S. AU - Martinez, N. AU - Risco, C. A. AU - Galvao, K. N. AU - Santos, J. E. PY - 2014 DA - 2014// TI - Efficacy of ampicillin trihydrate or ceftiofur hydrochloride for treatment of metritis and subsequent fertility in dairy cows JO - J Dairy Sci VL - 97 UR - https://doi.org/10.3168/jds.2013-7569 DO - 10.3168/jds.2013-7569 ID - Lima2014 ER - TY - JOUR AU - Jeon, S. J. AU - Vieira-Neto, A. AU - Gobikrushanth, M. AU - Daetz, R. AU - Mingoti, R. D. AU - Parize, A. C. AU - Freitas, S. L. AU - Costa, A. N. AU - Bicalho, R. C. AU - Lima, S. AU - Jeong, K. C. AU - Galvao, K. N. PY - 2015 DA - 2015// TI - Uterine microbiota progression from calving until establishment of metritis in dairy cows JO - Appl Environ Microbiol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.01753-15 DO - 10.1128/AEM.01753-15 ID - Jeon2015 ER - TY - JOUR AU - Machado, V. S. AU - Bicalho, M. L. AU - Meira Junior, E. B. AU - Rossi, R. AU - Ribeiro, B. L. AU - Lima, S. AU - Santos, T. AU - Kussler, A. AU - Foditsch, C. AU - Ganda, E. K. AU - Oikonomou, G. AU - Cheong, S. H. AU - Gilbert, R. O. AU - Bicalho, R. C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Subcutaneous immunization with inactivated bacterial components and purified protein of Escherichia coli, Fusobacterium necrophorum and Trueperella pyogenes prevents puerperal metritis in Holstein dairy cows JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0091734 DO - 10.1371/journal.pone.0091734 ID - Machado2014 ER - TY - JOUR AU - Deng, Q. AU - Odhiambo, J. F. AU - Farooq, U. AU - Lam, T. AU - Dunn, S. M. AU - Ametaj, B. N. PY - 2015 DA - 2015// TI - Intravaginal lactic acid bacteria modulated local and systemic immune responses and lowered the incidence of uterine infections in periparturient dairy cows JO - PLoS One VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0124167 DO - 10.1371/journal.pone.0124167 ID - Deng2015 ER - TY - JOUR AU - Sheldon, I. M. AU - Dobson, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Postpartum uterine health in cattle JO - Anim Reprod Sci VL - 82–83 UR - https://doi.org/10.1016/j.anireprosci.2004.04.006 DO - 10.1016/j.anireprosci.2004.04.006 ID - Sheldon2004 ER - TY - JOUR AU - Tharpe, N. PY - 2008 DA - 2008// TI - Postpregnancy genital tract and wound infections JO - J Midwifery Womens Health VL - 53 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmwh.2008.01.007 DO - 10.1016/j.jmwh.2008.01.007 ID - Tharpe2008 ER - TY - JOUR AU - Jeon, S. J. AU - Cunha, F. AU - Ma, X. AU - Martinez, N. AU - Vieira-Neto, A. AU - Daetz, R. AU - Bicalho, R. C. AU - Lima, S. AU - Santos, J. E. AU - Jeong, K. C. AU - Galvao, K. N. PY - 2016 DA - 2016// TI - Uterine microbiota and immune parameters associated with fever in dairy cows with metritis JO - PLoS One VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0165740 DO - 10.1371/journal.pone.0165740 ID - Jeon2016 ER - TY - JOUR AU - Machado, V. S. AU - Oikonomou, G. AU - Bicalho, M. L. AU - Knauer, W. A. AU - Gilbert, R. AU - Bicalho, R. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Investigation of postpartum dairy cows’ uterine microbial diversity using metagenomic pyrosequencing of the 16S rRNA gene JO - Vet Microbiol VL - 159 UR - https://doi.org/10.1016/j.vetmic.2012.04.033 DO - 10.1016/j.vetmic.2012.04.033 ID - Machado2012 ER - TY - JOUR AU - Lima, F. S. AU - Oikonomou, G. AU - Lima, S. F. AU - Bicalho, M. L. AU - Ganda, E. K. AU - Filho, J. C. AU - Lorenzo, G. AU - Trojacanec, P. AU - Bicalhoa, R. C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Prepartum and postpartum rumen fluid microbiomes: characterization and correlation with production traits in dairy cows JO - Appl Environ Microbiol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.03138-14 DO - 10.1128/AEM.03138-14 ID - Lima2015 ER - TY - JOUR AU - Swartz, J. D. AU - Lachman, M. AU - Westveer, K. AU - O’Neill, T. AU - Geary, T. AU - Kott, R. W. AU - Berardinelli, J. G. AU - Hatfield, P. G. AU - Thomson, J. M. AU - Roberts, A. AU - Yeoman, C. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Characterization of the vaginal microbiota of ewes and cows reveals a unique microbiota with low levels of Lactobacilli and near-neutral pH JO - Front Vet Sci VL - 1 UR - https://doi.org/10.3389/fvets.2014.00019 DO - 10.3389/fvets.2014.00019 ID - Swartz2014 ER - TY - JOUR AU - Bicalho, M. L. AU - Santin, T. AU - Rodrigues, M. X. AU - Marques, C. E. AU - Lima, S. F. AU - Bicalho, R. C. PY - 2017 DA - 2017// TI - Dynamics of the microbiota found in the vaginas of dairy cows during the transition period: associations with uterine diseases and reproductive outcome JO - J Dairy Sci VL - 100 UR - https://doi.org/10.3168/jds.2016-11623 DO - 10.3168/jds.2016-11623 ID - Bicalho2017 ER - TY - JOUR AU - Tadepalli, S. AU - Narayanan, S. K. AU - Stewart, G. C. AU - Chengappa, M. M. AU - Nagaraja, T. G. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fusobacterium necrophorum: a ruminal bacterium that invades liver to cause abscesses in cattle JO - Anaerobe VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2008.05.005 DO - 10.1016/j.anaerobe.2008.05.005 ID - Tadepalli2009 ER - TY - JOUR AU - Kutzer, P. AU - Schulze, C. AU - Engelhardt, A. AU - Wieler, L. H. AU - Nordhoff, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Helcococcus ovis, an emerging pathogen in bovine valvular endocarditis JO - J Clin Microbiol VL - 46 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.00867-08 DO - 10.1128/JCM.00867-08 ID - Kutzer2008 ER - TY - JOUR AU - Archbald, L. F. AU - Schultz, R. H. AU - Fahning, M. L. AU - Kurtz, H. J. AU - Zemjanis, R. PY - 1972 DA - 1972// TI - A sequential histological study of the post-partum bovine uterus JO - J Reprod Fertil VL - 29 UR - https://doi.org/10.1530/jrf.0.0290133 DO - 10.1530/jrf.0.0290133 ID - Archbald1972 ER - TY - JOUR AU - Gier, H. T. AU - Marion, G. B. PY - 1968 DA - 1968// TI - Uterus of the cow after parturition: involutional changes JO - Am J Vet Res VL - 29 ID - Gier1968 ER - TY - JOUR AU - Perez, P. F. AU - Dore, J. AU - Leclerc, M. AU - Levenez, F. AU - Benyacoub, J. AU - Serrant, P. AU - Segura-Roggero, I. AU - Schiffrin, E. J. AU - Donnet-Hughes, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Bacterial imprinting of the neonatal immune system: lessons from maternal cells? JO - Pediatrics VL - 119 UR - https://doi.org/10.1542/peds.2006-1649 DO - 10.1542/peds.2006-1649 ID - Perez2007 ER - TY - JOUR AU - Young, W. AU - Hine, B. C. AU - Wallace, O. A. AU - Callaghan, M. AU - Bibiloni, R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Transfer of intestinal bacterial components to mammary secretions in the cow JO - PeerJ VL - 3 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.888 DO - 10.7717/peerj.888 ID - Young2015 ER - TY - JOUR AU - Thomson, A. J. AU - Telfer, J. F. AU - Young, A. AU - Campbell, S. AU - Stewart, C. J. AU - Cameron, I. T. AU - Greer, I. A. AU - Norman, J. E. PY - 1999 DA - 1999// TI - Leukocytes infiltrate the myometrium during human parturition: further evidence that labour is an inflammatory process JO - Hum Reprod VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/humrep/14.1.229 DO - 10.1093/humrep/14.1.229 ID - Thomson1999 ER - TY - JOUR AU - Hansen, P. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Physiology and Endocrinology Symposium: maternal immunological adjustments to pregnancy and parturition in ruminants and possible implications for postpartum uterine health: is there a prepartum-postpartum nexus? JO - J Anim Sci VL - 91 UR - https://doi.org/10.2527/jas.2012-5934 DO - 10.2527/jas.2012-5934 ID - Hansen2013 ER - TY - JOUR AU - Oliveira, M. N. AU - Jewell, K. A. AU - Freitas, F. S. AU - Benjamin, L. A. AU - Totola, M. R. AU - Borges, A. C. AU - Moraes, C. A. AU - Suen, G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Characterizing the microbiota across the gastrointestinal tract of a Brazilian Nelore steer JO - Vet Microbiol VL - 164 UR - https://doi.org/10.1016/j.vetmic.2013.02.013 DO - 10.1016/j.vetmic.2013.02.013 ID - Oliveira2013 ER - TY - JOUR AU - Aagaard, K. AU - Ma, J. AU - Antony, K. M. AU - Ganu, R. AU - Petrosino, J. AU - Versalovic, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - The placenta harbors a unique microbiome JO - Sci Transl Med VL - 6 UR - https://doi.org/10.1126/scitranslmed.3008599 DO - 10.1126/scitranslmed.3008599 ID - Aagaard2014 ER - TY - JOUR AU - Blondel, V. D. AU - Guillaume, J. AU - Lambiotte, R. AU - Lefebvre, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Fast unfolding of communities in large networks JO - J Stat Mech VL - 10 UR - https://doi.org/10.1088/1742-5468/2008/10/P10008 DO - 10.1088/1742-5468/2008/10/P10008 ID - Blondel2008 ER - TY - JOUR AU - Peng, Y. AU - Wang, Y. AU - Hang, S. AU - Zhu, W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Microbial diversity in uterus of healthy and metritic postpartum Holstein dairy cows JO - Folia Microbiol (Praha) VL - 58 UR - https://doi.org/10.1007/s12223-013-0238-6 DO - 10.1007/s12223-013-0238-6 ID - Peng2013 ER - TY - JOUR AU - Nagaraja, T. G. AU - Chengappa, M. M. PY - 1998 DA - 1998// TI - Liver abscesses in feedlot cattle: a review JO - J Anim Sci VL - 76 UR - https://doi.org/10.2527/1998.761287x DO - 10.2527/1998.761287x ID - Nagaraja1998 ER - TY - JOUR AU - Laguardia-Nascimento, M. AU - Branco, K. M. AU - Gasparini, M. R. AU - Giannattasio-Ferraz, S. AU - Leite, L. R. AU - Araujo, F. M. AU - Salim, A. C. AU - Nicoli, J. R. AU - Oliveira, G. C. AU - Barbosa-Stancioli, E. F. PY - 2015 DA - 2015// TI - Vaginal microbiome characterization of Nellore cattle using metagenomic analysis JO - PLoS One VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0143294 DO - 10.1371/journal.pone.0143294 ID - Laguardia-Nascimento2015 ER - TY - JOUR AU - Barberan, A. AU - Bates, S. T. AU - Casamayor, E. O. AU - Fierer, N. PY - 2012 DA - 2012// TI - Using network analysis to explore co-occurrence patterns in soil microbial communities JO - ISME J VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2011.119 DO - 10.1038/ismej.2011.119 ID - Barberan2012 ER - TY - JOUR AU - Li, B. AU - Yang, Y. AU - Ma, L. AU - Ju, F. AU - Guo, F. AU - Tiedje, J. M. AU - Zhang, T. PY - 2015 DA - 2015// TI - Metagenomic and network analysis reveal wide distribution and co-occurrence of environmental antibiotic resistance genes JO - ISME J VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2015.59 DO - 10.1038/ismej.2015.59 ID - Li2015 ER - TY - JOUR AU - Bernard, H. AU - Brockmann, S. O. AU - Kleinkauf, N. AU - Klinc, C. AU - Wagner-Wiening, C. AU - Stark, K. AU - Jansen, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - High seroprevalence of Coxiella burnetii antibodies in veterinarians associated with cattle obstetrics, Bavaria, 2009 JO - Vector Borne Zoonotic Dis VL - 12 UR - https://doi.org/10.1089/vbz.2011.0879 DO - 10.1089/vbz.2011.0879 ID - Bernard2012 ER - TY - JOUR AU - Kim, T. G. AU - Jeong, S. Y. AU - Cho, K. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Comparison of droplet digital PCR and quantitative real-time PCR for examining population dynamics of bacteria in soil JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 98 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-014-5794-4 DO - 10.1007/s00253-014-5794-4 ID - Kim2014 ER - TY - JOUR AU - Dreo, T. AU - Pirc, M. AU - Ramsak, Z. AU - Pavsic, J. AU - Milavec, M. AU - Zel, J. AU - Gruden, K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Optimising droplet digital PCR analysis approaches for detection and quantification of bacteria: a case study of fire blight and potato brown rot JO - Anal Bioanal Chem VL - 406 UR - https://doi.org/10.1007/s00216-014-8084-1 DO - 10.1007/s00216-014-8084-1 ID - Dreo2014 ER - TY - STD TI - Plaizier JC, Li S, Danscher AM, Derakshani H, Andersen PH, Khafipour E. Changes in microbiota in rumen digesta and feces due to a grain-based subacute ruminal acidosis (SARA) challenge. Microb Ecol. 2017;74(2):485–95. ID - ref34 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Lauber, C. L. AU - Walters, W. A. AU - Berg-Lyons, D. AU - Huntley, J. AU - Fierer, N. AU - Owens, S. M. AU - Betley, J. AU - Fraser, L. AU - Bauer, M. AU - Gormley, N. AU - Gilbert, J. A. AU - Smith, G. AU - Knight, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Ultra-high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platforms JO - ISME J VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2012.8 DO - 10.1038/ismej.2012.8 ID - Caporaso2012 ER - TY - JOUR AU - Newman, M. E. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - The structure and function of complex networks JO - SIAM Rev VL - 45 UR - https://doi.org/10.1137/S003614450342480 DO - 10.1137/S003614450342480 ID - Newman2003 ER - TY - JOUR AU - Bastian, M. AU - Heymann, S. AU - Jacomy, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Gephi: an open source software for exploring and manipulating networks JO - ICWSM VL - 8 ID - Bastian2009 ER - TY - JOUR AU - Jacomy, M. AU - Venturini, T. AU - Heymann, S. AU - Bastian, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - ForceAtlas2, a continuous graph layout algorithm for handy network visualization designed for the Gephi software JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0098679 DO - 10.1371/journal.pone.0098679 ID - Jacomy2014 ER - TY - JOUR AU - Clifford, R. J. AU - Milillo, M. AU - Prestwood, J. AU - Quintero, R. AU - Zurawski, D. V. AU - Kwak, Y. I. AU - Waterman, P. E. AU - Lesho, E. P. AU - Mc, G. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Detection of bacterial 16S rRNA and identification of four clinically important bacteria by real-time PCR JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0048558 DO - 10.1371/journal.pone.0048558 ID - Clifford2012 ER -