TY - BOOK AU - Dighton, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Fungi in ecosystem processes PB - Marcel Dekker CY - New York UR - https://doi.org/10.1201/9780203911440 DO - 10.1201/9780203911440 ID - Dighton2003 ER - TY - JOUR AU - Knack, J. J. AU - Wilcox, L. W. AU - Delaux, P. -. M. AU - Piotrowski, M. J. AU - Cook, M. E. AU - Graham, J. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Microbiomes of streptophyte algae and bryophytes suggest that a functional suite of microbiota fostered plant colonization of land JO - Int J Plant Sci VL - 176 UR - https://doi.org/10.1086/681161 DO - 10.1086/681161 ID - Knack2015 ER - TY - JOUR AU - Blackwell, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - The Fungi: 1, 2, 3 … 5.1 million species? JO - Am J Bot VL - 98 UR - https://doi.org/10.3732/ajb.1000298 DO - 10.3732/ajb.1000298 ID - Blackwell2011 ER - TY - JOUR AU - Wardle, D. A. AU - Lindahl, B. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - Disentangling global soil fungal diversity JO - Science VL - 346 UR - https://doi.org/10.1126/science.aaa1185 DO - 10.1126/science.aaa1185 ID - Wardle2014 ER - TY - STD TI - Spatafora JF, McLauglin DJ. The Mycota 7: systematics and evolution. Berlin: Springer; 2014/2015. ID - ref5 ER - TY - JOUR AU - Hawksworth, D. L. PY - 1991 DA - 1991// TI - The fungal dimension of biodiversity: magnitude, significance, and conservation JO - Mycol Res VL - 95 UR - https://doi.org/10.1016/S0953-7562(09)80810-1 DO - 10.1016/S0953-7562(09)80810-1 ID - Hawksworth1991 ER - TY - JOUR AU - Vartoukian, S. AU - Palmer, R. M. AU - Wade, W. G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Strategies for culture of ‘unculturable’ bacteria JO - FEMS Microbiol Ecol VL - 309 ID - Vartoukian2010 ER - TY - JOUR AU - Tedersoo, L. AU - Bahram, M. AU - Põlme, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Global diversity and geography of soil fungi JO - Science VL - 346 UR - https://doi.org/10.1126/science.1256688 DO - 10.1126/science.1256688 ID - Tedersoo2014 ER - TY - JOUR AU - Schoch, C. L. AU - Seifert, K. A. AU - Huhndorf, S. AU - Robert, V. AU - Spouge, J. L. AU - Levesque, C. A. AU - Chen, W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1117018109 DO - 10.1073/pnas.1117018109 ID - Schoch2012 ER - TY - JOUR AU - Nilsson, R. H. AU - Wurzbacher, C. AU - Bahram, M. AU - Coimbra, V. R. M. AU - Larsson, E. AU - Tedersoo, L. AU - Eriksson, J. AU - Duarte Ritter, C. AU - Svantesson, S. AU - Sánchez-García, M. AU - Ryberg, M. AU - Kristiansson, E. AU - Abarenkov, K. PY - 2016 DA - 2016// TI - Top 50 most wanted fungi JO - MycoKeys VL - 12 UR - https://doi.org/10.3897/mycokeys.12.7553 DO - 10.3897/mycokeys.12.7553 ID - Nilsson2016 ER - TY - JOUR AU - Hugenholtz, P. AU - Goebel, M. AU - Pace, N. R. PY - 1998 DA - 1998// TI - Impact of culture-independent studies on the emerging phylogenetic view of bacterial diversity JO - Appl Environ Microbiol VL - 180 ID - Hugenholtz1998 ER - TY - JOUR AU - Moon-van der Staay, S. Y. AU - Vachter, R. AU - Vaulot, D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Oceanic 18S rDNA sequences from picoplankton reveal unsuspected eukaryotic diversity JO - Nature VL - 409 UR - https://doi.org/10.1038/35054541 DO - 10.1038/35054541 ID - Moon-van der Staay2001 ER - TY - JOUR AU - Schadt, C. W. AU - Martin, A. P. AU - Lipson, D. A. AU - Schmidt, S. K. PY - 2003 DA - 2003// TI - Seasonal dynamics of previously unknown fungal lineages in tundra soils JO - Science VL - 301 UR - https://doi.org/10.1126/science.1086940 DO - 10.1126/science.1086940 ID - Schadt2003 ER - TY - JOUR AU - Jones, M. D. M. AU - Forn, I. AU - Gadelha, C. AU - Egan, M. J. AU - Bass, D. AU - Massana, R. AU - Richards, T. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Discovery of novel intermediate forms redefines the fungal tree of life JO - Nature VL - 474 UR - https://doi.org/10.1038/nature09984 DO - 10.1038/nature09984 ID - Jones2011 ER - TY - JOUR AU - James, T. Y. AU - Kauff, F. AU - Schoch, C. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Reconstructing the early evolution of fungi using a six-gene phylogeny JO - Nature VL - 443 UR - https://doi.org/10.1038/nature05110 DO - 10.1038/nature05110 ID - James2006 ER - TY - JOUR AU - Rosling, A. AU - Cox, F. AU - Cruz-Martinez, K. AU - Ihrmark, K. AU - Grelet, G. -. A. AU - Lindahl, B. D. AU - Menkis, A. AU - James, T. Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - Archaeorhizomycetes: unearthing an ancient class of ubiquitous soil fungi JO - Science VL - 333 UR - https://doi.org/10.1126/science.1206958 DO - 10.1126/science.1206958 ID - Rosling2011 ER - TY - JOUR AU - Green Tringe, S. AU - Mering, C. AU - Kobayashi, A. AU - Salamov, A. A. AU - Chen, K. AU - Chang, H. W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparative metagenomics of microbial communities JO - Science VL - 308 UR - https://doi.org/10.1126/science.1107851 DO - 10.1126/science.1107851 ID - Green Tringe2005 ER - TY - JOUR AU - Hibbett, D. PY - 2016 DA - 2016// TI - The invisible dimension of fungal diversity JO - Science VL - 351 UR - https://doi.org/10.1126/science.aae0380 DO - 10.1126/science.aae0380 ID - Hibbett2016 ER - TY - JOUR AU - Jablonski, D. AU - Roy, K. AU - Valentine, A. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Out of the tropics: evolutionary dynamics of the latitudinal diversity gradient JO - Science VL - 314 UR - https://doi.org/10.1126/science.1130880 DO - 10.1126/science.1130880 ID - Jablonski2006 ER - TY - JOUR AU - Grossart, H. -. P. AU - Wurzbacher, C. AU - James, T. Y. AU - Kagami, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Discovery of dark matter fungi in aquatic ecosystems demands a reappraisal of the phylogeny and ecology of zoosporic fungi JO - Fung Ecol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.funeco.2015.06.004 DO - 10.1016/j.funeco.2015.06.004 ID - Grossart2016 ER - TY - JOUR AU - Karpov, S. A. AU - Mamkaeva, M. A. AU - Aleoshin, V. V. AU - Nassonova, E. AU - Lilje, O. AU - Gleason, F. H. PY - 2014 DA - 2014// TI - Morphology, phylogeny, and ecology of the aphelids (Aphelidea, Opisthokonta) and proposal for the new superphylum Opisthosporidia JO - Front Microbiol VL - 5 UR - https://doi.org/10.3389/fmicb.2014.00112 DO - 10.3389/fmicb.2014.00112 ID - Karpov2014 ER - TY - JOUR AU - Sekimoto, S. AU - Rochon, D. AU - Long, J. E. AU - Dee, J. M. AU - Berbee, M. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - A multigene phylogeny of Olpidium and its implications for early fungal evolution JO - BMC Evol Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-11-331 DO - 10.1186/1471-2148-11-331 ID - Sekimoto2011 ER - TY - JOUR AU - Lefevre, E. AU - Fletcher, P. M. AU - Powell, M. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Temporal variation of the small eukaryotic community in two freshwater lakes: emphasis on zoosporic fungi JO - Aquat Microb Ecol VL - 67 UR - https://doi.org/10.3354/ame01592 DO - 10.3354/ame01592 ID - Lefevre2012 ER - TY - JOUR AU - Richards, T. A. AU - Guy, L. AU - Mahe, F. AU - Campo, J. AU - Romac, S. AU - Jones, M. D. M. AU - Maguie, F. AU - Dunthorn, M. AU - Vargas, C. AU - Massana, R. AU - Chambouvet, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Molecular diversity and distribution of marine fungi across 130 European environmental samples JO - Proc R Soc B VL - 282 UR - https://doi.org/10.1098/rspb.2015.2243 DO - 10.1098/rspb.2015.2243 ID - Richards2015 ER - TY - CHAP AU - Benny, G. L. AU - Smith, M. E. AU - Kirk, P. M. AU - Tretter, E. D. AU - White, M. M. ED - Li, D. -. W. PY - 2016 DA - 2016// TI - Challenges and future perspectives in the systematics of Kickxellomycotina, Mortierellomycotina, Mucoromycotina, and Zoopagomycotina BT - Biology of microfungi PB - Springer CY - Cham UR - https://doi.org/10.1007/978-3-319-29137-6_5 DO - 10.1007/978-3-319-29137-6_5 ID - Benny2016 ER - TY - JOUR AU - Treseder, K. K. AU - Maltz, M. AU - Hawkins, B. A. AU - Fierer, N. AU - Stajich, J. E. AU - McGuire, K. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Evolutionary histories of soil fungi are reflected in their large scale biogeography JO - Ecol Lett VL - 9 UR - https://doi.org/10.1111/ele.12311 DO - 10.1111/ele.12311 ID - Treseder2014 ER - TY - JOUR AU - Stajich, J. E. AU - Berbee, M. L. AU - Blackwell, M. AU - Hibbett, D. S. AU - James, T. Y. AU - Spatafora, J. W. AU - Taylor, J. W. PY - 2009 DA - 2009// TI - The Fungi JO - Curr Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2009.07.004 DO - 10.1016/j.cub.2009.07.004 ID - Stajich2009 ER - TY - JOUR AU - Lindahl, B. D. AU - Nilsson, R. H. AU - Tedersoo, L. AU - Abarenkov, K. AU - Carlsen, T. AU - Kjøller, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Fungal community analysis by high-throughput sequencing of amplified markers—a user’s guide JO - New Phytol VL - 199 UR - https://doi.org/10.1111/nph.12243 DO - 10.1111/nph.12243 ID - Lindahl2013 ER - TY - JOUR AU - Kõljalg, U. AU - Tedersoo, L. AU - Nilsson, R. H. AU - Abarenkov, K. PY - 2016 DA - 2016// TI - Digital identifiers for fungal species JO - Science VL - 352 UR - https://doi.org/10.1126/science.aaf7115 DO - 10.1126/science.aaf7115 ID - Kõljalg2016 ER - TY - JOUR AU - Mueller, R. C. AU - Balasch, M. M. AU - Kuske, C. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Contrasting soil fungal community responses to experimental nitrogen addition using the large subunit rRNA taxonomic marker and cellobiohydrolase I functional marker JO - Mol Ecol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1111/mec.12858 DO - 10.1111/mec.12858 ID - Mueller2014 ER - TY - JOUR AU - James, T. Y. AU - Pelin, A. AU - Bonen, L. AU - Ahrendt, S. AU - Sain, D. AU - Corradi, N. AU - Stajich, J. E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Shared signatures of parasitism and phylogenomics unite Cryptomycota and Microsporidia JO - Curr Biol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2013.06.057 DO - 10.1016/j.cub.2013.06.057 ID - James2013 ER - TY - JOUR AU - Dentinger, B. T. M. AU - Gaya, E. AU - O’Brien, H. AU - Suz, L. M. AU - Lachlan, R. AU - Diaz-Valderrama, J. R. AU - Koch, R. A. AU - Aime, M. C. PY - 2016 DA - 2016// TI - Tales from the crypt: genome mining from fungarium specimens improves resolution of the mushroom tree of life JO - Biol J Linn Soc VL - 117 UR - https://doi.org/10.1111/bij.12553 DO - 10.1111/bij.12553 ID - Dentinger2016 ER - TY - JOUR AU - Tedersoo, L. AU - Liiv, I. AU - Kivistik, P. A. AU - Anslan, S. AU - Kõljalg, U. AU - Bahram, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Genomics and metagenomics technologies to recover ribosomal DNA and single-copy genes from old fruitbody and ectomycorrhiza specimens JO - MycoKeys VL - 13 UR - https://doi.org/10.3897/mycokeys.13.8140 DO - 10.3897/mycokeys.13.8140 ID - Tedersoo2016 ER - TY - JOUR AU - Yoon, H. S. AU - Price, D. C. AU - Stepanauskas, R. AU - Rajah, V. D. AU - Sieracki, M. E. AU - Wilson, W. H. AU - Yand, E. C. AU - Duffy, S. AU - Bhattacharya, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Single-cell genomics reveals organismal interactions in uncultivated marine protists JO - Science VL - 332 UR - https://doi.org/10.1126/science.1203163 DO - 10.1126/science.1203163 ID - Yoon2011 ER - TY - JOUR AU - Campo, J. AU - Sieracki, M. E. AU - Molestina, R. E. AU - Keeling, P. AU - Massana, R. AU - Ruiz-Trillo, I. PY - 2014 DA - 2014// TI - The others: our biased perspective of eukaryotic genomes JO - Trends Ecol Evol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1016/j.tree.2014.03.006 DO - 10.1016/j.tree.2014.03.006 ID - Campo2014 ER - TY - JOUR AU - Solomon, K. V. AU - Haitjema, C. H. AU - Henske, J. K. AU - Gilmore, S. P. AU - Borges-Rivera, D. AU - Lipzen, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Early-branching gut fungi possess a large, comprehensive array of biomass-degrading enzymes JO - Science VL - 351 UR - https://doi.org/10.1126/science.aad1431 DO - 10.1126/science.aad1431 ID - Solomon2016 ER - TY - JOUR AU - Sridhar, K. R. AU - Beaton, M. AU - Bärlöcher, F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Fungal propagules and DNA in feces of two detritus-feeding amphipods JO - Microb Ecol VL - 61 UR - https://doi.org/10.1007/s00248-010-9732-4 DO - 10.1007/s00248-010-9732-4 ID - Sridhar2011 ER - TY - JOUR AU - Panzer, K. AU - Yilmaz, P. AU - Weiß, M. AU - Reich, L. AU - Richter, M. AU - Wiese, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Identification of habitat-specific biomes of aquatic fungal communities using a comprehensive nearly full-length 18S rRNA dataset enriched with contextual data JO - PLoS ONE VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0134377 DO - 10.1371/journal.pone.0134377 ID - Panzer2015 ER - TY - JOUR AU - Kõljalg, U. AU - Nilsson, R. H. AU - Abarenkov, K. AU - Tedersoo, L. AU - Taylor, A. F. S. AU - Bahram, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Towards a unified paradigm for sequence-based identification of Fungi JO - Mol Ecol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1111/mec.12481 DO - 10.1111/mec.12481 ID - Kõljalg2013 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. AU - Haas, B. J. AU - Clemente, J. C. AU - Quince, C. AU - Knight, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr381 DO - 10.1093/bioinformatics/btr381 ID - Edgar2011 ER - TY - JOUR AU - Katoh, K. AU - Standley, D. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability JO - Mol Biol Evol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/mst010 DO - 10.1093/molbev/mst010 ID - Katoh2013 ER - TY - JOUR AU - Castresana, J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Selection of conserved blocks from multiple alignments for their use in phylogenetic analysis JO - Mol Biol Evol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026334 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026334 ID - Castresana2000 ER - TY - BOOK AU - Cantino, P. AU - Queiroz, K. PY - 2011 DA - 2011// TI - International code of phylogenetic nomenclature 4c ID - Cantino2011 ER - TY - JOUR AU - Stamatakis, A. AU - Aberer, A. J. AU - Goll, C. AU - Smith, S. A. AU - Berger, S. A. AU - Izquierdo-Carrasco, F. PY - 2012 DA - 2012// TI - RAxML-Light: a tool for computing terabyte phylogenies JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts309 DO - 10.1093/bioinformatics/bts309 ID - Stamatakis2012 ER - TY - JOUR AU - Breiman, L. PY - 2001 DA - 2001// TI - Random forests JO - Mach Learn VL - 45 UR - https://doi.org/10.1023/A:1010933404324 DO - 10.1023/A:1010933404324 ID - Breiman2001 ER - TY - JOUR AU - Liaw, A. AU - Wiener, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Classification and regression by randomForest JO - R News VL - 2 ID - Liaw2002 ER - TY - JOUR AU - Genuer, R. AU - Poggi, J. -. M. AU - Tuleau-Malot, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - VSURF: an R package for variable selection using random forests JO - R J VL - 7 ID - Genuer2015 ER - TY - STD TI - http://CRAN.R-project.org/package=rfPermute. Accessed 5 May 2016. UR - http://cran.r-project.org/package=rfPermute ID - ref48 ER - TY - BOOK AU - Oksanen, J. AU - Blanchet, F. G. AU - Kindt, R. AU - Legendre, P. AU - Minchin, P. R. AU - O’Hara, R. B. AU - Simpson, G. L. AU - Solymos, P. AU - Stevens, M. H. AU - Wagner, H. PY - 2013 DA - 2013// TI - Vegan: community ecology package. R package version 2.0-10 ID - Oksanen2013 ER - TY - STD TI - https://unite.ut.ee/. Accessed 12 May 2016. UR - https://unite.ut.ee/ ID - ref50 ER -