TY - JOUR AU - Gasc, C. AU - Peyretaillade, E. AU - Peyret, P. PY - 2016 DA - 2016// TI - Sequence capture by hybridization to explore modern and ancient genomic diversity in model and nonmodel organisms JO - Nucleic Acids Res ID - Gasc2016 ER - TY - JOUR AU - Chaisson, M. J. AU - Wilson, R. K. AU - Eichler, E. E. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genetic variation and the de novo assembly of human genomes JO - Nat Rev Genet VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3933 DO - 10.1038/nrg3933 ID - Chaisson2015 ER - TY - JOUR AU - El-Metwally, S. AU - Hamza, T. AU - Zakaria, M. AU - Helmy, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Next-generation sequence assembly: four stages of data processing and computational challenges JO - PLoS Comput Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003345 DO - 10.1371/journal.pcbi.1003345 ID - El-Metwally2013 ER - TY - JOUR AU - Simpson, J. T. AU - Pop, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - The theory and practice of genome sequence assembly JO - Annu Rev Genomics Hum Genet VL - 16 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-genom-090314-050032 DO - 10.1146/annurev-genom-090314-050032 ID - Simpson2015 ER - TY - JOUR AU - Landenmark, H. K. AU - Forgan, D. H. AU - Cockell, C. S. PY - 2015 DA - 2015// TI - An estimate of the total DNA in the biosphere JO - PLoS Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1002168 DO - 10.1371/journal.pbio.1002168 ID - Landenmark2015 ER - TY - JOUR AU - Whitman, W. B. AU - Coleman, D. C. AU - Wiebe, W. J. PY - 1998 DA - 1998// TI - Prokaryotes: the unseen majority JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 95 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.95.12.6578 DO - 10.1073/pnas.95.12.6578 ID - Whitman1998 ER - TY - JOUR AU - Curtis, T. P. AU - Sloan, W. T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Microbiology. Exploring microbial diversity—a vast below JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1118176 DO - 10.1126/science.1118176 ID - Curtis2005 ER - TY - JOUR AU - Gans, J. AU - Wolinsky, M. AU - Dunbar, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Computational improvements reveal great bacterial diversity and high metal toxicity in soil JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1112665 DO - 10.1126/science.1112665 ID - Gans2005 ER - TY - JOUR AU - Gasc, C. AU - Ribiere, C. AU - Parisot, N. AU - Beugnot, R. AU - Defois, C. AU - Petit-Biderre, C. AU - Boucher, D. AU - Peyretaillade, E. AU - Peyret, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Capturing prokaryotic dark matter genomes JO - Res Microbiol VL - 166 UR - https://doi.org/10.1016/j.resmic.2015.06.001 DO - 10.1016/j.resmic.2015.06.001 ID - Gasc2015 ER - TY - JOUR AU - Land, M. AU - Hauser, L. AU - Jun, S. R. AU - Nookaew, I. AU - Leuze, M. R. AU - Ahn, T. H. AU - Karpinets, T. AU - Lund, O. AU - Kora, G. AU - Wassenaar, T. PY - 2015 DA - 2015// TI - Insights from 20 years of bacterial genome sequencing JO - Funct Integr Genomics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1007/s10142-015-0433-4 DO - 10.1007/s10142-015-0433-4 ID - Land2015 ER - TY - JOUR AU - Turner, E. H. AU - Ng, S. B. AU - Nickerson, D. A. AU - Shendure, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Methods for genomic partitioning JO - Annu Rev Genomics Hum Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-genom-082908-150112 DO - 10.1146/annurev-genom-082908-150112 ID - Turner2009 ER - TY - JOUR AU - Denonfoux, J. AU - Parisot, N. AU - Dugat-Bony, E. AU - Biderre-Petit, C. AU - Boucher, D. AU - Morgavi, D. P. AU - Paslier, D. AU - Peyretaillade, E. AU - Peyret, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Gene capture coupled to high-throughput sequencing as a strategy for targeted metagenome exploration JO - DNA Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/dst001 DO - 10.1093/dnares/dst001 ID - Denonfoux2012 ER - TY - JOUR AU - Ma, Z. AU - Axtell, M. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Long-range genomic enrichment, sequencing, and assembly to determine unknown sequences flanking a known microRNA JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0083721 DO - 10.1371/journal.pone.0083721 ID - Ma2013 ER - TY - JOUR AU - Wang, M. AU - Beck, C. R. AU - English, A. C. AU - Meng, Q. AU - Buhay, C. AU - Han, Y. AU - Doddapaneni, H. V. AU - Yu, F. AU - Boerwinkle, E. AU - Lupski, J. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - PacBio-LITS: a large-insert targeted sequencing method for characterization of human disease-associated chromosomal structural variations JO - BMC Genomics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-015-1370-2 DO - 10.1186/s12864-015-1370-2 ID - Wang2015 ER - TY - JOUR AU - Dapprich, J. AU - Ferriola, D. AU - Mackiewicz, K. AU - Clark, P. M. AU - Rappaport, E. AU - D'Arcy, M. AU - Sasson, A. AU - Gai, X. AU - Schug, J. AU - Kaestner, K. H. AU - Monos, D. PY - 2016 DA - 2016// TI - The next generation of target capture technologies—large DNA fragment enrichment and sequencing determines regional genomic variation of high complexity JO - BMC Genomics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-016-2836-6 DO - 10.1186/s12864-016-2836-6 ID - Dapprich2016 ER - TY - JOUR AU - Shrivastava, N. AU - Prokop, Z. AU - Kumar, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Novel LinA type 3 delta-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase JO - Appl Environ Microbiol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.01683-15 DO - 10.1128/AEM.01683-15 ID - Shrivastava2015 ER - TY - JOUR AU - Parisot, N. AU - Denonfoux, J. AU - Dugat-Bony, E. AU - Peyret, P. AU - Peyretaillade, E. PY - 2012 DA - 2012// TI - KASpOD—a web service for highly specific and explorative oligonucleotide design JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts597 DO - 10.1093/bioinformatics/bts597 ID - Parisot2012 ER - TY - JOUR AU - Ribiere, C. AU - Beugnot, R. AU - Parisot, N. AU - Gasc, C. AU - Defois, C. AU - Denonfoux, J. AU - Boucher, D. AU - Peyretaillade, E. AU - Peyret, P. PY - 2016 DA - 2016// TI - Targeted gene capture by hybridization to illuminate ecosystem functioning JO - Methods Mol Biol VL - 1399 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4939-3369-3_10 DO - 10.1007/978-1-4939-3369-3_10 ID - Ribiere2016 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Waters, J. AU - Leung, M. L. AU - Unruh, A. AU - Roh, W. AU - Shi, X. AU - Chen, K. AU - Scheet, P. AU - Vattathil, S. AU - Liang, H. PY - 2014 DA - 2014// TI - Clonal evolution in breast cancer revealed by single nucleus genome sequencing JO - Nature VL - 512 UR - https://doi.org/10.1038/nature13600 DO - 10.1038/nature13600 ID - Wang2014 ER - TY - JOUR AU - Schmieder, R. AU - Edwards, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Quality control and preprocessing of metagenomic datasets JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr026 DO - 10.1093/bioinformatics/btr026 ID - Schmieder2011 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1923 DO - 10.1038/nmeth.1923 ID - Langmead2012 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The sequence alignment/map format and SAMtools JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Krzywinski, M. AU - Schein, J. AU - Birol, I. AU - Connors, J. AU - Gascoyne, R. AU - Horsman, D. AU - Jones, S. J. AU - Marra, M. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Circos: an information aesthetic for comparative genomics JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.092759.109 DO - 10.1101/gr.092759.109 ID - Krzywinski2009 ER - TY - JOUR AU - Peng, Y. AU - Leung, H. C. AU - Yiu, S. M. AU - Chin, F. Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - IDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts174 DO - 10.1093/bioinformatics/bts174 ID - Peng2012 ER - TY - JOUR AU - Huang, X. AU - Madan, A. PY - 1999 DA - 1999// TI - CAP3: a DNA sequence assembly program JO - Genome Res VL - 9 UR - https://doi.org/10.1101/gr.9.9.868 DO - 10.1101/gr.9.9.868 ID - Huang1999 ER - TY - JOUR AU - Nolan, K. AU - Kamrath, J. AU - Levitt, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Lindane toxicity: a comprehensive review of the medical literature JO - Pediatr Dermatol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1111/j.1525-1470.2011.01519.x DO - 10.1111/j.1525-1470.2011.01519.x ID - Nolan2012 ER - TY - JOUR AU - Vijgen, J. AU - Abhilash, P. C. AU - Li, Y. F. AU - Lal, R. AU - Forter, M. AU - Torres, J. AU - Singh, N. AU - Yunus, M. AU - Tian, C. AU - Schaffer, A. AU - Weber, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Hexachlorocyclohexane (HCH) as new Stockholm Convention POPs—a global perspective on the management of Lindane and its waste isomers JO - Environ Sci Pollut Res Int VL - 18 UR - https://doi.org/10.1007/s11356-010-0417-9 DO - 10.1007/s11356-010-0417-9 ID - Vijgen2011 ER - TY - JOUR AU - Guo, Y. AU - Long, J. AU - He, J. AU - Li, C. I. AU - Cai, Q. AU - Shu, X. O. AU - Zheng, W. AU - Li, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Exome sequencing generates high quality data in non-target regions JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-194 DO - 10.1186/1471-2164-13-194 ID - Guo2012 ER - TY - JOUR AU - Platt, R. N. AU - Zhang, Y. AU - Witherspoon, D. J. AU - Xing, J. AU - Suh, A. AU - Keith, M. S. AU - Jorde, L. B. AU - Stevens, R. D. AU - Ray, D. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Targeted capture of phylogenetically informative Ves SINE insertions in genus Myotis JO - Genome Biol Evol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1093/gbe/evv099 DO - 10.1093/gbe/evv099 ID - Platt2015 ER - TY - JOUR AU - Yi, X. AU - Liang, Y. AU - Huerta-Sanchez, E. AU - Jin, X. AU - Cuo, Z. X. AU - Pool, J. E. AU - Xu, X. AU - Jiang, H. AU - Vinckenbosch, N. AU - Korneliussen, T. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Sequencing of 50 human exomes reveals adaptation to high altitude JO - Science VL - 329 UR - https://doi.org/10.1126/science.1190371 DO - 10.1126/science.1190371 ID - Yi2010 ER - TY - JOUR AU - Sangwan, N. AU - Lata, P. AU - Dwivedi, V. AU - Singh, A. AU - Niharika, N. AU - Kaur, J. AU - Anand, S. AU - Malhotra, J. AU - Jindal, S. AU - Nigam, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Comparative metagenomic analysis of soil microbial communities across three hexachlorocyclohexane contamination levels JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0046219 DO - 10.1371/journal.pone.0046219 ID - Sangwan2012 ER - TY - JOUR AU - Nagata, Y. AU - Natsui, S. AU - Endo, R. AU - Ohtsubo, Y. AU - Ichikawa, N. AU - Ankai, A. AU - Oguchi, A. AU - Fukui, S. AU - Fujita, N. AU - Tsuda, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genomic organization and genomic structural rearrangements of Sphingobium japonicum UT26, an archetypal gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium JO - Enzyme Microb Technol VL - 49 UR - https://doi.org/10.1016/j.enzmictec.2011.10.005 DO - 10.1016/j.enzmictec.2011.10.005 ID - Nagata2011 ER - TY - JOUR AU - Pearce, S. L. AU - Oakeshott, J. G. AU - Pandey, G. PY - 2015 DA - 2015// TI - Insights into ongoing evolution of the hexachlorocyclohexane catabolic pathway from comparative genomics of ten Sphingomonadaceae strains JO - G3 (Bethesda) VL - 5 UR - https://doi.org/10.1534/g3.114.015933 DO - 10.1534/g3.114.015933 ID - Pearce2015 ER - TY - JOUR AU - Verma, H. AU - Kumar, R. AU - Oldach, P. AU - Sangwan, N. AU - Khurana, J. P. AU - Gilbert, J. A. AU - Lal, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Comparative genomic analysis of nine Sphingobium strains: insights into their evolution and hexachlorocyclohexane (HCH) degradation pathways JO - BMC Genomics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-1014 DO - 10.1186/1471-2164-15-1014 ID - Verma2014 ER - TY - JOUR AU - Lal, R. AU - Pandey, G. AU - Sharma, P. AU - Kumari, K. AU - Malhotra, S. AU - Pandey, R. AU - Raina, V. AU - Kohler, H. P. AU - Holliger, C. AU - Jackson, C. AU - Oakeshott, J. G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Biochemistry of microbial degradation of hexachlorocyclohexane and prospects for bioremediation JO - Microbiol Mol Biol Rev VL - 74 UR - https://doi.org/10.1128/MMBR.00029-09 DO - 10.1128/MMBR.00029-09 ID - Lal2010 ER - TY - JOUR AU - Tabata, M. AU - Ohhata, S. AU - Nikawadori, Y. AU - Kishida, K. AU - Sato, T. AU - Kawasumi, T. AU - Kato, H. AU - Ohtsubo, Y. AU - Tsuda, M. AU - Nagata, Y. PY - 2016 DA - 2016// TI - Comparison of the complete genome sequences of four gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterial strains: insights into the evolution of bacteria able to degrade a recalcitrant man-made pesticide JO - DNA Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/dsw041 DO - 10.1093/dnares/dsw041 ID - Tabata2016 ER - TY - JOUR AU - Nagata, Y. AU - Ohtsubo, Y. AU - Endo, R. AU - Ichikawa, N. AU - Ankai, A. AU - Oguchi, A. AU - Fukui, S. AU - Fujita, N. AU - Tsuda, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Complete genome sequence of the representative gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingobium japonicum UT26 JO - J Bacteriol VL - 192 UR - https://doi.org/10.1128/JB.00961-10 DO - 10.1128/JB.00961-10 ID - Nagata2010 ER - TY - JOUR AU - Tabata, M. AU - Ohhata, S. AU - Kawasumi, T. AU - Nikawadori, Y. AU - Kishida, K. AU - Sato, T. AU - Ohtsubo, Y. AU - Tsuda, M. AU - Nagata, Y. PY - 2016 DA - 2016// TI - Complete genome sequence of a gamma-hexachlorocyclohexane degrader, Sphingobium sp. strain TKS, isolated from a gamma-hexachlorocyclohexane degrading microbial community JO - Genome Announc VL - 4 ID - Tabata2016 ER -