TY - JOUR PY - 2012 DA - 2012// TI - Structure, function and diversity of the healthy human microbiome JO - Nature VL - 486 UR - https://doi.org/10.1038/nature11234 DO - 10.1038/nature11234 ID - ref1 ER - TY - JOUR AU - Nicholson, J. K. AU - Holmes, E. AU - Kinross, J. AU - Burcelin, R. AU - Gibson, G. AU - Jia, W. AU - Pettersson, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Host-gut microbiota metabolic interactions JO - Science VL - 336 UR - https://doi.org/10.1126/science.1223813 DO - 10.1126/science.1223813 ID - Nicholson2012 ER - TY - JOUR AU - Chow, J. AU - Lee, S. M. AU - Shen, Y. AU - Khosravi, A. AU - Mazmanian, S. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Host-bacterial symbiosis in health and disease JO - Adv Immunol VL - 107 UR - https://doi.org/10.1016/B978-0-12-381300-8.00008-3 DO - 10.1016/B978-0-12-381300-8.00008-3 ID - Chow2010 ER - TY - JOUR AU - Boase, S. AU - Foreman, A. AU - Cleland, E. AU - Tan, L. AU - Melton-Kreft, R. AU - Pant, H. AU - Hu, F. Z. AU - Ehrlich, G. D. AU - Wormald, P. -. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - The microbiome of chronic rhinosinusitis: culture, molecular diagnostics and biofilm detection JO - BMC Infect Dis VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2334-13-210 DO - 10.1186/1471-2334-13-210 ID - Boase2013 ER - TY - JOUR AU - Pragman, A. A. AU - Kim, H. B. AU - Reilly, C. S. AU - Wendt, C. AU - Isaacson, R. E. PY - 2012 DA - 2012// TI - The lung microbiome in moderate and severe chronic obstructive pulmonary disease JO - Plos One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0047305 DO - 10.1371/journal.pone.0047305 ID - Pragman2012 ER - TY - JOUR AU - Hilty, M. AU - Burke, C. AU - Pedro, H. AU - Cardenas, P. AU - Bush, A. AU - Bossley, C. AU - Davies, J. AU - Ervine, A. AU - Poulter, L. AU - Pachter, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Disordered microbial communities in asthmatic airways JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0008578 DO - 10.1371/journal.pone.0008578 ID - Hilty2010 ER - TY - JOUR AU - Huang, Y. J. AU - Nelson, C. E. AU - Brodie, E. L. AU - Desantis, T. Z. AU - Baek, M. S. AU - Liu, J. AU - Woyke, T. AU - Allgaier, M. AU - Bristow, J. AU - Wiener-Kronish, J. P. AU - Sutherland, E. R. AU - King, T. S. AU - Icitovic, N. AU - Martin, R. J. AU - Calhoun, W. J. AU - Castro, M. AU - Denlinger, L. C. AU - Dimango, E. AU - Kraft, M. AU - Peters, S. P. AU - Wasserman, S. I. AU - Wechsler, M. E. AU - Boushey, H. A. AU - Lynch, S. V. PY - 2011 DA - 2011// TI - Airway microbiota and bronchial hyperresponsiveness in patients with suboptimally controlled asthma JO - J Allergy Clin Immunol VL - 127 UR - https://doi.org/10.1016/j.jaci.2010.10.048 DO - 10.1016/j.jaci.2010.10.048 ID - Huang2011 ER - TY - STD TI - Denner DR, Sangwan N, Becker JB, Hogarth DK, Oldham J, Castillo J, et al. Corticosteroid therapy and airflow obstruction influence the bronchial microbiome, which is distinct from that of bronchoalveolar lavage in asthmatic airways. J Allergy Clin Immunol. 2016;137(5):1398–1405.e3. ID - ref8 ER - TY - JOUR AU - Marsland, B. J. AU - Gollwitzer, E. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Host-microorganism interactions in lung diseases JO - Nat Rev Immunol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nri3769 DO - 10.1038/nri3769 ID - Marsland2014 ER - TY - JOUR AU - Arrieta, M. -. C. AU - Stiemsma, L. T. AU - Amenyogbe, N. AU - Brown, E. M. AU - Finlay, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - The intestinal microbiome in early life: health and disease JO - Front Immunol VL - 5 UR - https://doi.org/10.3389/fimmu.2014.00427 DO - 10.3389/fimmu.2014.00427 ID - Arrieta2014 ER - TY - JOUR AU - Gensollen, T. AU - Iyer, S. S. AU - Kasper, D. L. AU - Blumberg, R. S. PY - 2016 DA - 2016// TI - How colonization by microbiota in early life shapes the immune system JO - Science VL - 352 UR - https://doi.org/10.1126/science.aad9378 DO - 10.1126/science.aad9378 ID - Gensollen2016 ER - TY - JOUR AU - Thaiss, C. A. AU - Zmora, N. AU - Levy, M. AU - Elinav, E. PY - 2016 DA - 2016// TI - The microbiome and innate immunity JO - Nature VL - 535 UR - https://doi.org/10.1038/nature18847 DO - 10.1038/nature18847 ID - Thaiss2016 ER - TY - JOUR AU - Dominguez-Bello, M. G. AU - Costello, E. K. AU - Contreras, M. AU - Magris, M. AU - Hidalgo, G. AU - Fierer, N. AU - Knight, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Delivery mode shapes the acquisition and structure of the initial microbiota across multiple body habitats in newborns JO - Proc Natl Acad Sci VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1002601107 DO - 10.1073/pnas.1002601107 ID - Dominguez-Bello2010 ER - TY - JOUR AU - Biesbroek, G. AU - Bosch, A. A. T. M. AU - Wang, X. AU - Keijser, B. J. F. AU - Veenhoven, R. H. AU - Sanders, E. A. M. AU - Bogaert, D. PY - 2014 DA - 2014// TI - The impact of breastfeeding on nasopharyngeal microbial communities in infants JO - Am J Respir Crit Care Med VL - 190 UR - https://doi.org/10.1164/rccm.201407-1240OC DO - 10.1164/rccm.201407-1240OC ID - Biesbroek2014 ER - TY - JOUR AU - Noverr, M. C. AU - Noggle, R. M. AU - Toews, G. B. AU - Huffnagle, G. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Role of antibiotics and fungal microbiota in driving pulmonary allergic responses JO - Infect Immun VL - 72 UR - https://doi.org/10.1128/IAI.72.9.4996-5003.2004 DO - 10.1128/IAI.72.9.4996-5003.2004 ID - Noverr2004 ER - TY - JOUR AU - Suárez-Arrabal, M. C. AU - Mella, C. AU - Lopez, S. M. AU - Brown, N. V. AU - Hall, M. W. AU - Hammond, S. AU - Shiels, W. AU - Groner, J. AU - Marcon, M. AU - Ramilo, O. AU - Mejias, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Nasopharyngeal bacterial burden and antibiotics: influence on inflammatory markers and disease severity in infants with respiratory syncytial virus bronchiolitis JO - J Infect VL - 71 UR - https://doi.org/10.1016/j.jinf.2015.06.010 DO - 10.1016/j.jinf.2015.06.010 ID - Suárez-Arrabal2015 ER - TY - JOUR AU - Morris, A. AU - Beck, J. M. AU - Schloss, P. D. AU - Campbell, T. B. AU - Crothers, K. AU - Curtis, J. L. AU - Flores, S. C. AU - Fontenot, A. P. AU - Ghedin, E. AU - Huang, L. AU - Jablonski, K. AU - Kleerup, E. AU - Lynch, S. V. AU - Sodergren, E. AU - Twigg, H. AU - Young, V. B. AU - Bassis, C. M. AU - Venkataraman, A. AU - Schmidt, T. M. AU - Weinstock, G. M. AU - Lung, H. I. V. PY - 2013 DA - 2013// TI - Comparison of the respiratory microbiome in healthy nonsmokers and smokers JO - Am J Respir Crit Care Med VL - 187 UR - https://doi.org/10.1164/rccm.201210-1913OC DO - 10.1164/rccm.201210-1913OC ID - Morris2013 ER - TY - JOUR AU - Bosch, A. A. T. M. AU - Biesbroek, G. AU - Trzcinski, K. AU - Sanders, E. A. M. AU - Bogaert, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Viral and bacterial interactions in the upper respiratory tract JO - PLoS Pathog VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1003057 DO - 10.1371/journal.ppat.1003057 ID - Bosch2013 ER - TY - JOUR AU - Goodrich, J. K. AU - Davenport, E. R. AU - Beaumont, M. AU - Jackson, M. A. AU - Knight, R. AU - Ober, C. AU - Spector, T. D. AU - Bell, J. T. AU - Clark, A. G. AU - Ley, R. E. PY - 2016 DA - 2016// TI - Genetic determinants of the gut microbiome in UK twins JO - Cell Host Microbe VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2016.04.017 DO - 10.1016/j.chom.2016.04.017 ID - Goodrich2016 ER - TY - JOUR AU - Yatsunenko, T. AU - Rey, F. E. AU - Manary, M. J. AU - Trehan, I. AU - Dominguez-Bello, M. G. AU - Contreras, M. AU - Magris, M. AU - Hidalgo, G. AU - Baldassano, R. N. AU - Anokhin, A. P. AU - Heath, A. C. AU - Warner, B. AU - Reeder, J. AU - Kuczynski, J. AU - Caporaso, J. G. AU - Lozupone, C. A. AU - Lauber, C. AU - Clemente, J. C. AU - Knights, D. AU - Knight, R. AU - Gordon, J. I. PY - 2012 DA - 2012// TI - Human gut microbiome viewed across age and geography JO - Nature VL - 486 ID - Yatsunenko2012 ER - TY - JOUR AU - Tims, S. AU - Derom, C. AU - Jonkers, D. M. AU - Vlietinck, R. AU - Saris, W. H. AU - Kleerebezem, M. AU - Vos, W. M. AU - Zoetendal, E. G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Microbiota conservation and BMI signatures in adult monozygotic twins JO - ISME J VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2012.146 DO - 10.1038/ismej.2012.146 ID - Tims2013 ER - TY - JOUR AU - Goodrich, J. K. AU - Davenport, E. R. AU - Waters, J. L. AU - Clark, A. G. AU - Ley, R. E. PY - 2016 DA - 2016// TI - Cross-species comparisons of host genetic associations with the microbiome JO - Science VL - 352 UR - https://doi.org/10.1126/science.aad9379 DO - 10.1126/science.aad9379 ID - Goodrich2016 ER - TY - JOUR AU - Yatsunenko, T. AU - Rey, F. E. AU - Manary, M. J. AU - Trehan, I. PY - 2012 DA - 2012// TI - Human gut microbiome viewed across age and geography JO - Nature VL - 486 ID - Yatsunenko2012 ER - TY - JOUR AU - Turnbaugh, P. J. AU - Hamady, M. AU - Yatsunenko, T. AU - Cantarel, B. L. AU - Duncan, A. AU - Ley, R. E. AU - Sogin, M. L. AU - Jones, W. J. AU - Roe, B. A. AU - Affourtit, J. P. AU - Egholm, M. AU - Henrissat, B. AU - Heath, A. C. AU - Knight, R. AU - Gordon, J. I. PY - 2009 DA - 2009// TI - A core gut microbiome in obese and lean twins JO - Nature VL - 457 UR - https://doi.org/10.1038/nature07540 DO - 10.1038/nature07540 ID - Turnbaugh2009 ER - TY - JOUR AU - Ober, C. AU - Abney, M. AU - McPeek, M. S. PY - 2001 DA - 2001// TI - The genetic dissection of complex traits in a founder population JO - Am J Hum Genet VL - 69 UR - https://doi.org/10.1086/324025 DO - 10.1086/324025 ID - Ober2001 ER - TY - JOUR AU - Livne, O. E. AU - Han, L. AU - Alkorta-Aranburu, G. AU - Wentworth-Sheilds, W. AU - Abney, M. AU - Ober, C. AU - Nicolae, D. L. PY - 2015 DA - 2015// TI - PRIMAL: fast and accurate pedigree-based imputation from sequence data in a founder population JO - PLoS Comput Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004139 DO - 10.1371/journal.pcbi.1004139 ID - Livne2015 ER - TY - JOUR AU - Davenport, E. R. AU - Cusanovich, D. A. AU - Michelini, K. AU - Barreiro, L. B. AU - Ober, C. AU - Gilad, Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genome-wide association studies of the human gut microbiota JO - PLoS One VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0140301 DO - 10.1371/journal.pone.0140301 ID - Davenport2015 ER - TY - JOUR AU - Davenport, E. R. AU - Mizrahi-Man, O. AU - Michelini, K. AU - Barreiro, L. B. AU - Ober, C. AU - Gilad, Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - Seasonal variation in human gut microbiome composition JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0090731 DO - 10.1371/journal.pone.0090731 ID - Davenport2014 ER - TY - JOUR AU - Yan, M. AU - Pamp, S. J. AU - Fukuyama, J. AU - Hwang, P. H. AU - Cho, D. -. Y. AU - Holmes, S. AU - Relman, D. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Nasal microenvironments and interspecific interactions influence nasal microbiota complexity and S. aureus carriage JO - Cell Host Microbe VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2013.11.005 DO - 10.1016/j.chom.2013.11.005 ID - Yan2013 ER - TY - JOUR AU - Stover, C. S. AU - Litwin, C. M. PY - 2014 DA - 2014// TI - The epidemiology of upper respiratory infections at a tertiary care center: prevalence, seasonality, and clinical symptoms JO - J Respir Med VL - 2014 UR - https://doi.org/10.1155/2014/469393 DO - 10.1155/2014/469393 ID - Stover2014 ER - TY - JOUR AU - Leung, R. K. K. AU - Zhou, J. W. AU - Guan, W. AU - Li, S. K. AU - Yang, Z. F. AU - Tsui, S. K. W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Modulation of potential respiratory pathogens by pH1N1 viral infection JO - Clin Microbiol Infect VL - 19 UR - https://doi.org/10.1111/1469-0691.12054 DO - 10.1111/1469-0691.12054 ID - Leung2013 ER - TY - JOUR AU - Allen, E. K. AU - Koeppel, A. F. AU - Hendley, J. O. AU - Turner, S. D. AU - Winther, B. AU - Sale, M. M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Characterization of the nasopharyngeal microbiota in health and during rhinovirus challenge JO - Microbiome VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/2049-2618-2-22 DO - 10.1186/2049-2618-2-22 ID - Allen2014 ER - TY - JOUR AU - Lax, S. AU - Smith, D. P. AU - Hampton-Marcell, J. AU - Owens, S. M. AU - Handley, K. M. AU - Scott, N. M. AU - Gibbons, S. M. AU - Larsen, P. AU - Shogan, B. D. AU - Weiss, S. AU - Metcalf, J. L. AU - Ursell, L. K. AU - Vázquez-Baeza, Y. AU - Treuren, W. AU - Hasan, N. A. AU - Gibson, M. K. AU - Colwell, R. AU - Dantas, G. AU - Knight, R. AU - Gilbert, J. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Longitudinal analysis of microbial interaction between humans and the indoor environment JO - Science VL - 345 UR - https://doi.org/10.1126/science.1254529 DO - 10.1126/science.1254529 ID - Lax2014 ER - TY - JOUR AU - Zhou, X. AU - Stephens, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome-wide efficient mixed-model analysis for association studies JO - Nat Genet VL - 44 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2310 DO - 10.1038/ng.2310 ID - Zhou2012 ER - TY - JOUR AU - Chng, K. R. AU - Tay, A. S. L. AU - Li, C. AU - Ng, A. H. Q. AU - Wang, J. AU - Suri, B. K. AU - Matta, S. A. AU - McGovern, N. AU - Janela, B. AU - Wong, X. F. C. C. AU - Sio, Y. Y. AU - Au, B. V. AU - Wilm, A. AU - Sessions, P. F. AU - Lim, T. C. AU - Tang, M. B. Y. AU - Ginhoux, F. AU - Connolly, J. E. AU - Lane, E. B. AU - Chew, F. T. AU - Common, J. E. A. AU - Nagarajan, N. PY - 2016 DA - 2016// TI - Whole metagenome profiling reveals skin microbiome-dependent susceptibility to atopic dermatitis flare JO - Nat Microbiol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1038/nmicrobiol.2016.106 DO - 10.1038/nmicrobiol.2016.106 ID - Chng2016 ER - TY - JOUR AU - Shivlata TS, L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Thermophilic and alkaliphilic Actinobacteria: biology and potential applications JO - Front Microbiol VL - 6 UR - https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.01014 DO - 10.3389/fmicb.2015.01014 ID - Shivlata TS2015 ER - TY - JOUR AU - Kretz, M. AU - Siprashvili, Z. AU - Chu, C. AU - Webster, D. E. AU - Zehnder, A. AU - Qu, K. AU - Lee, C. S. AU - Flockhart, R. J. AU - Groff, A. F. AU - Chow, J. AU - Johnston, D. AU - Kim, G. E. AU - Spitale, R. C. AU - Flynn, R. A. AU - Zheng, G. X. Y. AU - Aiyer, S. AU - Raj, A. AU - Rinn, J. L. AU - Chang, H. Y. AU - Khavari, P. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Control of somatic tissue differentiation by the long non-coding RNA TINCR JO - Nature VL - 493 UR - https://doi.org/10.1038/nature11661 DO - 10.1038/nature11661 ID - Kretz2013 ER - TY - JOUR AU - AlMatar, M. AU - Eldeeb, M. AU - Makky, E. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Köksal F, Var I, Kayar B. Are there any other compounds isolated from dermacoccus spp at all? JO - Curr Microbiol VL - 74 UR - https://doi.org/10.1007/s00284-016-1152-3 DO - 10.1007/s00284-016-1152-3 ID - AlMatar2017 ER - TY - JOUR AU - Taylor-Cousar, J. L. AU - Zariwala, M. A. AU - Burch, L. H. AU - Pace, R. G. AU - Drumm, M. L. AU - Calloway, H. AU - Fan, H. AU - Weston, B. W. AU - Wright, F. A. AU - Knowles, M. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Histo-blood group gene polymorphisms as potential genetic modifiers of infection and cystic fibrosis lung disease severity JO - PLoS One VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0004270 DO - 10.1371/journal.pone.0004270 ID - Taylor-Cousar2009 ER - TY - JOUR AU - Yamamoto, F. AU - Cid, E. AU - Yamamoto, M. AU - Saitou, N. AU - Bertranpetit, J. AU - Blancher, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - An integrative evolution theory of histo-blood group ABO and related genes JO - Sci Rep VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/srep06601 DO - 10.1038/srep06601 ID - Yamamoto2014 ER - TY - JOUR AU - Kashyap, D. R. AU - Wang, M. AU - Liu, L. -. H. AU - Boons, G. -. J. AU - Gupta, D. AU - Dziarski, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Peptidoglycan recognition proteins kill bacteria by activating protein-sensing two-component systems JO - Nat Med VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/nm.2357 DO - 10.1038/nm.2357 ID - Kashyap2011 ER - TY - JOUR AU - Lawson, P. A. AU - Falsen, E. AU - Ohlén, M. AU - Collins, M. D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Aerococcus urinaehominis sp. nov., isolated from human urine JO - Int J Syst Evol Microbiol VL - 51 UR - https://doi.org/10.1099/00207713-51-2-683 DO - 10.1099/00207713-51-2-683 ID - Lawson2001 ER - TY - JOUR AU - Kadioglu, A. AU - Weiser, J. N. AU - Paton, J. C. AU - Andrew, P. W. PY - 2008 DA - 2008// TI - The role of Streptococcus pneumoniae virulence factors in host respiratory colonization and disease JO - Nat Rev Microbiol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro1871 DO - 10.1038/nrmicro1871 ID - Kadioglu2008 ER - TY - JOUR AU - Yang, C. AU - Pring, M. AU - Wear, M. A. AU - Huang, M. AU - Cooper, J. A. AU - Svitkina, T. M. AU - Zigmond, S. H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Mammalian CARMIL inhibits actin filament capping by capping protein JO - Dev Cell VL - 9 UR - https://doi.org/10.1016/j.devcel.2005.06.008 DO - 10.1016/j.devcel.2005.06.008 ID - Yang2005 ER - TY - JOUR AU - Schmoldt, S. AU - Latzin, P. AU - Heesemann, J. AU - Griese, M. AU - Imhof, A. AU - Hogardt, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Clonal analysis of Inquilinus limosus isolates from six cystic fibrosis patients and specific serum antibody response JO - J Med Microbiol VL - 55 UR - https://doi.org/10.1099/jmm.0.46466-0 DO - 10.1099/jmm.0.46466-0 ID - Schmoldt2006 ER - TY - JOUR AU - Sze, M. A. AU - Hogg, J. C. AU - Sin, D. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - Bacterial microbiome of lungs in COPD JO - Int J COPD VL - 9 ID - Sze2014 ER - TY - JOUR AU - Sze, M. A. AU - Dimitriu, P. A. AU - Hayashi, S. AU - Elliott, W. M. AU - McDonough, J. E. AU - Gosselink, J. V. AU - Cooper, J. AU - Sin, D. D. AU - Mohn, W. W. AU - Hogg, J. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - The lung tissue microbiome in chronic obstructive pulmonary disease JO - Am J Respir Crit Care Med VL - 185 UR - https://doi.org/10.1164/rccm.201111-2075OC DO - 10.1164/rccm.201111-2075OC ID - Sze2012 ER - TY - JOUR AU - Payne, S. C. AU - Benninger, M. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Staphylococcus aureus is a major pathogen in acute bacterial rhinosinusitis: a meta-analysis JO - Clin Infect Dis VL - 45 UR - https://doi.org/10.1086/522763 DO - 10.1086/522763 ID - Payne2007 ER - TY - JOUR AU - Friedman, J. AU - Alm, E. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Inferring correlation networks from genomic survey data JO - PLoS Comput Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002687 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002687 ID - Friedman2012 ER - TY - JOUR AU - Malhotra, N. AU - Kang, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - SMAD regulatory networks construct a balanced immune system JO - Immunology VL - 139 UR - https://doi.org/10.1111/imm.12076 DO - 10.1111/imm.12076 ID - Malhotra2013 ER - TY - JOUR AU - Macpherson, A. J. AU - McCoy, K. D. AU - Johansen, F. -. E. AU - Brandtzaeg, P. PY - 2008 DA - 2008// TI - The immune geography of IgA induction and function JO - Mucosal Immunol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1038/mi.2007.6 DO - 10.1038/mi.2007.6 ID - Macpherson2008 ER - TY - JOUR AU - Holt, P. G. AU - Strickland, D. H. AU - Wikström, M. E. AU - Jahnsen, F. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Regulation of immunological homeostasis in the respiratory tract JO - Nat Rev Immunol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nri2236 DO - 10.1038/nri2236 ID - Holt2008 ER - TY - JOUR AU - Mantis, N. J. AU - Forbes, S. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Secretory IgA: arresting microbial pathogens at epithelial borders JO - Immunol Invest VL - 39 UR - https://doi.org/10.3109/08820131003622635 DO - 10.3109/08820131003622635 ID - Mantis2010 ER - TY - JOUR AU - Blekhman, R. AU - Goodrich, J. K. AU - Huang, K. AU - Sun, Q. AU - Bukowski, R. AU - Bell, J. T. AU - Spector, T. D. AU - Keinan, A. AU - Ley, R. E. AU - Gevers, D. AU - Clark, A. G. PY - 2015 DA - 2015// TI - Host genetic variation impacts microbiome composition across human body sites JO - Genome Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-015-0759-1 DO - 10.1186/s13059-015-0759-1 ID - Blekhman2015 ER - TY - JOUR AU - Bonder, M. J. AU - Kurilshikov, A. AU - Tigchelaar, E. F. AU - Mujagic, Z. AU - Imhann, F. AU - Vila, A. V. AU - Deelen, P. AU - Vatanen, T. AU - Schirmer, M. AU - Smeekens, S. P. AU - Zhernakova, D. V. AU - Jankipersadsing, S. A. AU - Jaeger, M. AU - Oosting, M. AU - Cenit, M. C. AU - Masclee, A. A. M. AU - Swertz, M. A. AU - Li, Y. AU - Kumar, V. AU - Joosten, L. AU - Harmsen, H. AU - Weersma, R. K. AU - Franke, L. AU - Hofker, M. H. AU - Xavier, R. J. AU - Jonkers, D. AU - Netea, M. G. AU - Wijmenga, C. AU - Fu, J. AU - Zhernakova, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - The effect of host genetics on the gut microbiome JO - Nat Genet VL - 48 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3663 DO - 10.1038/ng.3663 ID - Bonder2016 ER - TY - JOUR AU - Dickinson, R. E. AU - Dallol, A. AU - Bieche, I. AU - Krex, D. AU - Morton, D. AU - Maher, E. R. AU - Latif, F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Epigenetic inactivation of SLIT3 and SLIT1 genes in human cancers JO - Br J Cancer VL - 91 UR - https://doi.org/10.1038/sj.bjc.6602222 DO - 10.1038/sj.bjc.6602222 ID - Dickinson2004 ER - TY - JOUR AU - Tanno, T. AU - Fujiwara, A. AU - Sakaguchi, K. AU - Tanaka, K. AU - Takenaka, S. AU - Tsuyama, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Slit3 regulates cell motility through Rac/Cdc42 activation in lipopolysaccharide-stimulated macrophages JO - FEBS Lett VL - 581 UR - https://doi.org/10.1016/j.febslet.2007.02.001 DO - 10.1016/j.febslet.2007.02.001 ID - Tanno2007 ER - TY - JOUR AU - Boggild, S. AU - Molgaard, S. AU - Glerup, S. AU - Nyengaard, J. R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Spatiotemporal patterns of sortilin and SorCS2 localization during organ development JO - BMC Cell Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s12860-016-0085-9 DO - 10.1186/s12860-016-0085-9 ID - Boggild2016 ER - TY - JOUR AU - Adzhubei, I. A. AU - Schmidt, S. AU - Peshkin, L. AU - Ramensky, V. E. AU - Gerasimova, A. AU - Bork, P. AU - Kondrashov, A. S. AU - Sunyaev, S. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - A method and server for predicting damaging missense mutations JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth0410-248 DO - 10.1038/nmeth0410-248 ID - Adzhubei2010 ER - TY - JOUR AU - Kircher, M. AU - Witten, D. M. AU - Jain, P. AU - O'Roak, B. J. AU - Cooper, G. M. AU - Shendure, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - A general framework for estimating the relative pathogenicity of human genetic variants JO - Nat Genet VL - 46 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2892 DO - 10.1038/ng.2892 ID - Kircher2014 ER - TY - JOUR AU - Wacklin, P. AU - Mäkivuokko, H. AU - Alakulppi, N. AU - Nikkilä, J. AU - Tenkanen, H. AU - Räbinä, J. AU - Partanen, J. AU - Aranko, K. AU - Mättö, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Secretor genotype (FUT2 gene) is strongly associated with the composition of bifidobacteria in the human intestine JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0020113 DO - 10.1371/journal.pone.0020113 ID - Wacklin2011 ER - TY - JOUR AU - Rausch, P. AU - Rehman, A. AU - Kunzel, S. AU - Hasler, R. AU - Ott, S. J. AU - Schreiber, S. AU - Rosenstiel, P. AU - Franke, A. AU - Baines, J. F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Colonic mucosa-associated microbiota is influenced by an interaction of Crohn disease and FUT2 (Secretor) genotype JO - Proc Natl Acad Sci VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1106408108 DO - 10.1073/pnas.1106408108 ID - Rausch2011 ER - TY - JOUR AU - Hu, D. -. Y. AU - Shao, X. -. X. AU - Xu, C. -. L. AU - Xia, S. -. L. AU - Yu, L. -. Q. AU - Jiang, L. -. J. AU - Jin, J. AU - Lin, X. -. Q. AU - Jiang, Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - Associations of FUT2 and FUT3 gene polymorphisms with Crohn’s disease in Chinese patients JO - J Gastroenterol Hepatol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1111/jgh.12599 DO - 10.1111/jgh.12599 ID - Hu2014 ER - TY - JOUR AU - Hu, D. AU - Zhang, D. AU - Zheng, S. AU - Guo, M. AU - Lin, X. AU - Jiang, Y. PY - 2016 DA - 2016// TI - Association of ulcerative colitis with FUT2 and FUT3 polymorphisms in patients from Southeast China JO - PLoS One VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0146557 DO - 10.1371/journal.pone.0146557 ID - Hu2016 ER - TY - JOUR AU - Toulza, E. AU - Mattiuzzo, N. R. AU - Galliano, M. -. F. AU - Jonca, N. AU - Dossat, C. AU - Jacob, D. AU - Daruvar, A. AU - Wincker, P. AU - Serre, G. AU - Guerrin, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Large-scale identification of human genes implicated in epidermal barrier function JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-6-r107 DO - 10.1186/gb-2007-8-6-r107 ID - Toulza2007 ER - TY - JOUR PY - 2015 DA - 2015// TI - Human genomics. The Genotype-Tissue Expression (GTEx) pilot analysis: multitissue gene regulation in humans JO - Science VL - 348 UR - https://doi.org/10.1126/science.1262110 DO - 10.1126/science.1262110 ID - ref66 ER - TY - JOUR AU - Hao, K. AU - Bossé, Y. AU - Nickle, D. C. AU - Paré, P. D. AU - Postma, D. S. AU - Laviolette, M. AU - Sandford, A. AU - Hackett, T. L. AU - Daley, D. AU - Hogg, J. C. AU - Elliott, W. M. AU - Couture, C. AU - Lamontagne, M. AU - Brandsma, C. -. A. AU - Berge, M. AU - Koppelman, G. AU - Reicin, A. S. AU - Nicholson, D. W. AU - Malkov, V. AU - Derry, J. M. AU - Suver, C. AU - Tsou, J. A. AU - Kulkarni, A. AU - Zhang, C. AU - Vessey, R. AU - Opiteck, G. J. AU - Curtis, S. P. AU - Timens, W. AU - Sin, D. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Lung eQTLs to help reveal the molecular underpinnings of asthma JO - PLoS Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1003029 DO - 10.1371/journal.pgen.1003029 ID - Hao2012 ER - TY - JOUR AU - Gallo, R. L. AU - Hooper, L. V. PY - 2012 DA - 2012// TI - Epithelial antimicrobial defence of the skin and intestine JO - Nat Rev Immunol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nri3228 DO - 10.1038/nri3228 ID - Gallo2012 ER - TY - JOUR AU - Royet, J. AU - Gupta, D. AU - Dziarski, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Peptidoglycan recognition proteins: modulators of the microbiome and inflammation JO - Nat Rev Immunol VL - 11 ID - Royet2011 ER - TY - JOUR AU - Ng, A. C. Y. AU - Eisenberg, J. M. AU - Heath, R. J. W. AU - Huett, A. AU - Robinson, C. M. AU - Nau, G. J. AU - Xavier, R. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Human leucine-rich repeat proteins: a genome-wide bioinformatic categorization and functional analysis in innate immunity JO - Proc Natl Acad Sci VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1000093107 DO - 10.1073/pnas.1000093107 ID - Ng2011 ER - TY - JOUR AU - Dickson, R. P. AU - Erb-Downward, J. R. AU - Huffnagle, G. B. PY - 2014 DA - 2014// TI - The role of the bacterial microbiome in lung disease JO - Expert Rev Respir Med VL - 7 UR - https://doi.org/10.1586/ers.13.24 DO - 10.1586/ers.13.24 ID - Dickson2014 ER - TY - JOUR AU - Salzman, N. H. AU - Hung, K. AU - Haribhai, D. AU - Chu, H. AU - Karlsson-Sjöberg, J. AU - Amir, E. AU - Teggatz, P. AU - Barman, M. AU - Hayward, M. AU - Eastwood, D. AU - Stoel, M. AU - Zhou, Y. AU - Sodergren, E. AU - Weinstock, G. M. AU - Bevins, C. L. AU - Williams, C. B. AU - Bos, N. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Enteric defensins are essential regulators of intestinal microbial ecology JO - Nat Immunol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/ni.1825 DO - 10.1038/ni.1825 ID - Salzman2010 ER - TY - JOUR AU - Hooper, L. V. AU - Macpherson, A. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Immune adaptations that maintain homeostasis with the intestinal microbiota JO - Nat Rev Immunol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nri2710 DO - 10.1038/nri2710 ID - Hooper2010 ER - TY - JOUR AU - Aagaard, K. AU - Petrosino, J. AU - Keitel, W. AU - Watson, M. AU - Katancik, J. AU - Garcia, N. AU - Patel, S. AU - Cutting, M. AU - Madden, T. AU - Hamilton, H. AU - Harris, E. AU - Gevers, D. AU - Simone, G. AU - McInnes, P. AU - Versalovic, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - The Human Microbiome Project strategy for comprehensive sampling of the human microbiome and why it matters JO - FASEB J VL - 27 UR - https://doi.org/10.1096/fj.12-220806 DO - 10.1096/fj.12-220806 ID - Aagaard2013 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Lauber, C. L. AU - Walters, W. A. AU - Berg-Lyons, D. AU - Huntley, J. AU - Fierer, N. AU - Owens, S. M. AU - Betley, J. AU - Fraser, L. AU - Bauer, M. AU - Gormley, N. AU - Gilbert, J. A. AU - Smith, G. AU - Knight, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Ultra-high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platforms JO - ISME J VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2012.8 DO - 10.1038/ismej.2012.8 ID - Caporaso2012 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Kuczynski, J. AU - Stombaugh, J. AU - Bittinger, K. AU - Bushman, F. D. AU - Costello, E. K. AU - Fierer, N. AU - Pena, A. G. AU - Goodrich, J. K. AU - Gordon, J. I. AU - Huttley, G. A. AU - Kelley, S. T. AU - Knights, D. AU - Koenig, J. E. AU - Ley, R. E. AU - Lozupone, C. A. AU - McDonald, D. AU - Muegge, B. D. AU - Pirrung, M. AU - Reeder, J. AU - Sevinsky, J. R. AU - Turnbaugh, P. J. AU - Walters, W. A. AU - Widmann, J. AU - Yatsunenko, T. AU - Zaneveld, J. AU - Knight, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.f.303 DO - 10.1038/nmeth.f.303 ID - Caporaso2010 ER - TY - JOUR AU - DeSantis, T. Z. AU - Hugenholtz, P. AU - Larsen, N. AU - Rojas, M. AU - Brodie, E. L. AU - Keller, K. AU - Huber, T. AU - Dalevi, D. AU - Hu, P. AU - Andersen, G. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Greengenes, a chimera-checked 16S rRNA gene database and workbench compatible with ARB JO - Appl Environ Microbiol VL - 72 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.03006-05 DO - 10.1128/AEM.03006-05 ID - DeSantis2006 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Bittinger, K. AU - Bushman, F. D. AU - Desantis, T. Z. AU - Andersen, G. L. AU - Knight, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - PyNAST: a flexible tool for aligning sequences to a template alignment JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp636 DO - 10.1093/bioinformatics/btp636 ID - Caporaso2010 ER - TY - JOUR AU - Bokulich, N. A. AU - Subramanian, S. AU - Faith, J. J. AU - Gevers, D. AU - Gordon, J. I. AU - Knight, R. AU - Mills, D. A. AU - Caporaso, J. G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Quality-filtering vastly improves diversity estimates from Illumina amplicon sequencing JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2276 DO - 10.1038/nmeth.2276 ID - Bokulich2013 ER - TY - JOUR AU - Ober, C. AU - Tan, Z. AU - Sun, Y. AU - Possick, J. D. AU - Pan, L. AU - Nicolae, R. AU - Radford, S. AU - Parry, R. R. AU - Heinzmann, A. AU - Deichmann, K. A. AU - Lester, L. A. AU - Gern, J. E. AU - Lemanske, R. F. AU - Nicolae, D. L. AU - Elias, J. A. AU - Chupp, G. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Effect of variation in CHI3L1 on serum YKL-40 level, risk of asthma, and lung function JO - N Engl J Med VL - 358 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa0708801 DO - 10.1056/NEJMoa0708801 ID - Ober2008 ER - TY - JOUR AU - Yao, T. -. C. AU - Du, G. AU - Han, L. AU - Sun, Y. AU - Hu, D. AU - Yang, J. J. AU - Mathias, R. AU - Roth, L. A. AU - Rafaels, N. AU - Thompson, E. E. AU - Loisel, D. A. AU - Anderson, R. AU - Eng, C. AU - Arruabarrena Orbegozo, M. AU - Young, M. AU - Klocksieben, J. M. AU - Anderson, E. AU - Shanovich, K. AU - Lester, L. A. AU - Williams, L. K. AU - Barnes, K. C. AU - Burchard, E. G. AU - Nicolae, D. L. AU - Abney, M. AU - Ober, C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome-wide association study of lung function phenotypes in a founder population JO - J Allergy Clin Immunol VL - 133 UR - https://doi.org/10.1016/j.jaci.2013.06.018 DO - 10.1016/j.jaci.2013.06.018 ID - Yao2014 ER - TY - JOUR AU - Cusanovich, D. A. AU - Billstrand, C. AU - Zhou, X. AU - Chavarria, C. AU - Leon, S. AU - Michelini, K. AU - Pai, A. A. AU - Ober, C. AU - Gilad, Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - The combination of a genome-wide association study of lymphocyte count and analysis of gene expression data reveals novel asthma candidate genes JO - Hum Mol Genet VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/dds021 DO - 10.1093/hmg/dds021 ID - Cusanovich2012 ER - TY - JOUR AU - Purcell, S. AU - Neale, B. AU - Todd-Brown, K. AU - Thomas, L. AU - Ferreira, M. A. R. AU - Bender, D. AU - Maller, J. AU - Sklar, P. AU - Bakker, P. I. W. AU - Daly, M. J. AU - Sham, P. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - PLINK: a tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses JO - Am J Hum Genet VL - 81 UR - https://doi.org/10.1086/519795 DO - 10.1086/519795 ID - Purcell2007 ER - TY - JOUR AU - McMurdie, P. J. AU - Holmes, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - phyloseq: an R package for reproducible interactive analysis and graphics of microbiome census data JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0061217 DO - 10.1371/journal.pone.0061217 ID - McMurdie2013 ER - TY - JOUR AU - Teo, S. M. AU - Mok, D. AU - Pham, K. AU - Kusel, M. AU - Serralha, M. AU - Troy, N. AU - Holt, B. J. AU - Hales, B. J. AU - Walker, M. L. AU - Hollams, E. AU - Bochkov, Y. A. AU - Grindle, K. AU - Johnston, S. L. AU - Gern, J. E. AU - Sly, P. D. AU - Holt, P. G. AU - Holt, K. E. AU - Inouye, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - The infant nasopharyngeal microbiome impacts severity of lower respiratory infection and risk of asthma development JO - Cell Host Microbe VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2015.03.008 DO - 10.1016/j.chom.2015.03.008 ID - Teo2015 ER -