TY - JOUR AU - Romero, R. AU - Dey, S. K. AU - Fisher, S. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Preterm labor: one syndrome, many causes JO - Science VL - 345 UR - https://doi.org/10.1126/science.1251816 DO - 10.1126/science.1251816 ID - Romero2014 ER - TY - JOUR AU - Kidima, W. B. PY - 2015 DA - 2015// TI - Syncytiotrophoblast functions and fetal growth restriction during placental malaria: updates and implication for future interventions JO - Biomed Res Int VL - 2015 UR - https://doi.org/10.1155/2015/451735 DO - 10.1155/2015/451735 ID - Kidima2015 ER - TY - JOUR AU - Aagaard, K. AU - Ma, J. AU - Antony, K. M. AU - Ganu, R. AU - Petrosino, J. AU - Versalovic, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - The placenta harbors a unique microbiome JO - Sci Transl Med VL - 6 UR - https://doi.org/10.1126/scitranslmed.3008599 DO - 10.1126/scitranslmed.3008599 ID - Aagaard2014 ER - TY - JOUR AU - Antony, K. M. AU - Ma, J. AU - Mitchell, K. B. AU - Racusin, D. A. AU - Versalovic, J. AU - Aagaard, K. PY - 2015 DA - 2015// TI - The preterm placental microbiome varies in association with excess maternal gestational weight gain JO - Am J Obstet Gynecol VL - 212 UR - https://doi.org/10.1016/j.ajog.2014.12.041 DO - 10.1016/j.ajog.2014.12.041 ID - Antony2015 ER - TY - JOUR AU - Zheng, J. AU - Xiao, X. AU - Zhang, Q. AU - Mao, L. AU - Yu, M. AU - Xu, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - The placental microbiome varies in association with low birth weight in full-term neonates JO - Nutrients VL - 7 UR - https://doi.org/10.3390/nu7085315 DO - 10.3390/nu7085315 ID - Zheng2015 ER - TY - JOUR AU - Amarasekara, R. AU - Jayasekara, R. W. AU - Senanayake, H. AU - Dissanayake, V. H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Microbiome of the placenta in pre-eclampsia supports the role of bacteria in the multifactorial cause of pre-eclampsia JO - J Obstet Gynaecol Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1111/jog.12619 DO - 10.1111/jog.12619 ID - Amarasekara2015 ER - TY - JOUR AU - Stout, M. J. AU - Conlon, B. AU - Landeau, M. AU - Lee, I. AU - Bower, C. AU - Zhao, Q. AU - Roehl, K. A. AU - Nelson, D. M. AU - Macones, G. A. AU - Mysorekar, I. U. PY - 2013 DA - 2013// TI - Identification of intracellular bacteria in the basal plate of the human placenta in term and preterm gestations JO - Am J Obstet Gynecol VL - 208 UR - https://doi.org/10.1016/j.ajog.2013.01.018 DO - 10.1016/j.ajog.2013.01.018 ID - Stout2013 ER - TY - JOUR AU - Cao, B. AU - Mysorekar, I. U. PY - 2014 DA - 2014// TI - Intracellular bacteria in placental basal plate localize to extravillous trophoblasts JO - Placenta VL - 35 UR - https://doi.org/10.1016/j.placenta.2013.12.007 DO - 10.1016/j.placenta.2013.12.007 ID - Cao2014 ER - TY - JOUR AU - Salter, S. J. AU - Cox, M. J. AU - Turek, E. M. AU - Calus, S. T. AU - Cookson, W. O. AU - Moffatt, M. F. AU - Turner, P. AU - Parkhill, J. AU - Loman, N. J. AU - Walker, A. W. PY - 2014 DA - 2014// TI - Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses JO - BMC Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/s12915-014-0087-z DO - 10.1186/s12915-014-0087-z ID - Salter2014 ER - TY - JOUR AU - Weiss, S. AU - Amir, A. AU - Hyde, E. R. AU - Metcalf, J. L. AU - Song, S. J. AU - Knight, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Tracking down the sources of experimental contamination in microbiome studies JO - Genome Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-014-0564-2 DO - 10.1186/s13059-014-0564-2 ID - Weiss2014 ER - TY - JOUR AU - Charlson, E. S. AU - Bittinger, K. AU - Haas, A. R. AU - Fitzgerald, A. S. AU - Frank, I. AU - Yadav, A. AU - Bushman, F. D. AU - Collman, R. G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Topographical continuity of bacterial populations in the healthy human respiratory tract JO - Am J Respir Crit Care Med VL - 184 UR - https://doi.org/10.1164/rccm.201104-0655OC DO - 10.1164/rccm.201104-0655OC ID - Charlson2011 ER - TY - JOUR AU - Bittinger, K. AU - Charlson, E. S. AU - Loy, E. AU - Shirley, D. J. AU - Haas, A. R. AU - Laughlin, A. AU - Yi, Y. AU - Wu, G. D. AU - Lewis, J. D. AU - Frank, I. PY - 2014 DA - 2014// TI - Improved characterization of medically relevant fungi in the human respiratory tract using next-generation sequencing JO - Genome Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-014-0487-y DO - 10.1186/s13059-014-0487-y ID - Bittinger2014 ER - TY - JOUR AU - Charlson, E. S. AU - Bittinger, K. AU - Chen, J. AU - Diamond, J. M. AU - Li, H. AU - Collman, R. G. AU - Bushman, F. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Assessing bacterial populations in the lung by replicate analysis of samples from the upper and lower respiratory tracts JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0042786 DO - 10.1371/journal.pone.0042786 ID - Charlson2012 ER - TY - JOUR AU - Charlson, E. S. AU - Chen, J. AU - Custers-Allen, R. AU - Bittinger, K. AU - Li, H. AU - Sinha, R. AU - Hwang, J. AU - Bushman, F. D. AU - Collman, R. G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Disordered microbial communities in the upper respiratory tract of cigarette smokers JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0015216 DO - 10.1371/journal.pone.0015216 ID - Charlson2010 ER - TY - JOUR AU - Charlson, E. S. AU - Diamond, J. M. AU - Bittinger, K. AU - Fitzgerald, A. S. AU - Yadav, A. AU - Haas, A. R. AU - Bushman, F. D. AU - Collman, R. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Lung-enriched organisms and aberrant bacterial and fungal respiratory microbiota after lung transplant JO - Am J Respir Crit Care Med VL - 186 UR - https://doi.org/10.1164/rccm.201204-0693OC DO - 10.1164/rccm.201204-0693OC ID - Charlson2012 ER - TY - JOUR AU - Hamady, M. AU - Walker, J. J. AU - Harris, J. K. AU - Gold, N. J. AU - Knight, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Error-correcting barcoded primers for pyrosequencing hundreds of samples in multiplex JO - Nat Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1184 DO - 10.1038/nmeth.1184 ID - Hamady2008 ER - TY - JOUR AU - Fierer, N. AU - Hamady, M. AU - Lauber, C. L. AU - Knight, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - The influence of sex, handedness, and washing on the diversity of hand surface bacteria JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0807920105 DO - 10.1073/pnas.0807920105 ID - Fierer2008 ER - TY - JOUR AU - Wu, G. D. AU - Chen, J. AU - Hoffmann, C. AU - Bittinger, K. AU - Chen, Y. Y. AU - Keilbaugh, S. A. AU - Bewtra, M. AU - Knights, D. AU - Walters, W. A. AU - Knight, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Linking long-term dietary patterns with gut microbial enterotypes JO - Science VL - 334 UR - https://doi.org/10.1126/science.1208344 DO - 10.1126/science.1208344 ID - Wu2011 ER - TY - JOUR PY - 2012 DA - 2012// TI - Structure, function and diversity of the healthy human microbiome JO - Nature VL - 486 UR - https://doi.org/10.1038/nature11234 DO - 10.1038/nature11234 ID - ref19 ER - TY - JOUR AU - Wu, G. D. AU - Lewis, J. D. AU - Hoffmann, C. AU - Chen, Y. Y. AU - Knight, R. AU - Bittinger, K. AU - Hwang, J. AU - Chen, J. AU - Berkowsky, R. AU - Nessel, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Sampling and pyrosequencing methods for characterizing bacterial communities in the human gut using 16S sequence tags JO - BMC Microbiol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2180-10-206 DO - 10.1186/1471-2180-10-206 ID - Wu2010 ER - TY - JOUR AU - Ravel, J. AU - Gajer, P. AU - Abdo, Z. AU - Schneider, G. M. AU - Koenig, S. S. AU - McCulle, S. L. AU - Karlebach, S. AU - Gorle, R. AU - Russell, J. AU - Tacket, C. O. PY - 2011 DA - 2011// TI - Vaginal microbiome of reproductive-age women JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1002611107 DO - 10.1073/pnas.1002611107 ID - Ravel2011 ER - TY - JOUR AU - Costello, E. K. AU - Carlisle, E. M. AU - Bik, E. M. AU - Morowitz, M. J. AU - Relman, D. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Microbiome assembly across multiple body sites in low-birthweight infants JO - MBio VL - 4 UR - https://doi.org/10.1128/mBio.00782-13 DO - 10.1128/mBio.00782-13 ID - Costello2013 ER - TY - JOUR AU - Koren, O. AU - Knights, D. AU - Gonzalez, A. AU - Waldron, L. AU - Segata, N. AU - Knight, R. AU - Huttenhower, C. AU - Ley, R. E. PY - 2013 DA - 2013// TI - A guide to enterotypes across the human body: meta-analysis of microbial community structures in human microbiome datasets JO - PLoS Comput Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002863 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002863 ID - Koren2013 ER - TY - JOUR AU - Walker, A. W. AU - Martin, J. C. AU - Scott, P. AU - Parkhill, J. AU - Flint, H. J. AU - Scott, K. P. PY - 2015 DA - 2015// TI - 16S rRNA gene-based profiling of the human infant gut microbiota is strongly influenced by sample processing and PCR primer choice JO - Microbiome VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-015-0087-4 DO - 10.1186/s40168-015-0087-4 ID - Walker2015 ER - TY - STD TI - Prince AL, Ma J, Kannan PS, Alvarez M, Gisslen T, Harris RA, et al. The placental microbiome is altered among subjects with spontaneous preterm birth with and without chorioamnionitis. Am J Obstet Gynecol. 2016;214(5):627. ID - ref25 ER - TY - JOUR AU - Kelsen, J. AU - Bittinger, K. AU - Pauly-Hubbard, H. AU - Posivak, L. AU - Grunberg, S. AU - Baldassano, R. AU - Lewis, J. D. AU - Wu, G. D. AU - Bushman, F. D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Alterations of the subgingival microbiota in pediatric Crohn’s disease studied longitudinally in discovery and validation cohorts JO - Inflamm Bowel Dis VL - 21 UR - https://doi.org/10.1097/MIB.0000000000000557 DO - 10.1097/MIB.0000000000000557 ID - Kelsen2015 ER - TY - JOUR AU - Haas, D. M. AU - Parker, C. B. AU - Wing, D. A. AU - Parry, S. AU - Grobman, W. A. AU - Mercer, B. M. AU - Simhan, H. N. AU - Hoffman, M. K. AU - Silver, R. M. AU - Wadhwa, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - A description of the methods of the Nulliparous Pregnancy Outcomes Study: monitoring mothers-to-be (nuMoM2b) JO - Am J Obstet Gynecol VL - 212 UR - https://doi.org/10.1016/j.ajog.2015.01.019 DO - 10.1016/j.ajog.2015.01.019 ID - Haas2015 ER - TY - JOUR AU - Burton, G. J. AU - Sebire, N. J. AU - Myatt, L. AU - Tannetta, D. AU - Wang, Y. L. AU - Sadovsky, Y. AU - Staff, A. C. AU - Redman, C. W. PY - 2014 DA - 2014// TI - Optimising sample collection for placental research JO - Placenta VL - 35 UR - https://doi.org/10.1016/j.placenta.2013.11.005 DO - 10.1016/j.placenta.2013.11.005 ID - Burton2014 ER - TY - JOUR AU - Hill, D. A. AU - Hoffmann, C. AU - Abt, M. C. AU - Du, Y. AU - Kobuley, D. AU - Kirn, T. J. AU - Bushman, F. D. AU - Artis, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Metagenomic analyses reveal antibiotic-induced temporal and spatial changes in intestinal microbiota with associated alterations in immune cell homeostasis JO - Mucosal Immunol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/mi.2009.132 DO - 10.1038/mi.2009.132 ID - Hill2010 ER - TY - JOUR AU - Wilmotte, A. AU - Auwera, G. AU - Wachter, R. PY - 1993 DA - 1993// TI - Structure of the 16 S ribosomal RNA of the thermophilic cyanobacterium Chlorogloeopsis HTF (‘Mastigocladus laminosus HTF’) strain PCC7518, and phylogenetic analysis JO - FEBS Lett VL - 317 UR - https://doi.org/10.1016/0014-5793(93)81499-P DO - 10.1016/0014-5793(93)81499-P ID - Wilmotte1993 ER - TY - JOUR AU - Song, S. J. AU - Lauber, C. AU - Costello, E. K. AU - Lozupone, C. A. AU - Humphrey, G. AU - Berg-Lyons, D. AU - Caporaso, J. G. AU - Knights, D. AU - Clemente, J. C. AU - Nakielny, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Cohabiting family members share microbiota with one another and with their dogs JO - Elife VL - 2 ID - Song2013 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Lauber, C. L. AU - Walters, W. A. AU - Berg-Lyons, D. AU - Lozupone, C. A. AU - Turnbaugh, P. J. AU - Fierer, N. AU - Knight, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Global patterns of 16S rRNA diversity at a depth of millions of sequences per sample JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1000080107 DO - 10.1073/pnas.1000080107 ID - Caporaso2011 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Lauber, C. L. AU - Walters, W. A. AU - Berg-Lyons, D. AU - Huntley, J. AU - Fierer, N. AU - Owens, S. M. AU - Betley, J. AU - Fraser, L. AU - Bauer, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Ultra-high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platforms JO - ISME J VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2012.8 DO - 10.1038/ismej.2012.8 ID - Caporaso2012 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Kuczynski, J. AU - Stombaugh, J. AU - Bittinger, K. AU - Bushman, F. D. AU - Costello, E. K. AU - Fierer, N. AU - Pena, A. G. AU - Goodrich, J. K. AU - Gordon, J. I. PY - 2010 DA - 2010// TI - QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.f.303 DO - 10.1038/nmeth.f.303 ID - Caporaso2010 ER - TY - BOOK PY - 2014 DA - 2014// TI - R: a language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria, 2012 ID - ref35 ER - TY - BOOK PY - 2015 DA - 2015// TI - R: a language and environment for statistical computing PB - R Foundation for Statistical Computing CY - Vienna, Austria ID - ref36 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq461 DO - 10.1093/bioinformatics/btq461 ID - Edgar2010 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Bittinger, K. AU - Bushman, F. D. AU - DeSantis, T. Z. AU - Andersen, G. L. AU - Knight, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - PyNAST: a flexible tool for aligning sequences to a template alignment JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp636 DO - 10.1093/bioinformatics/btp636 ID - Caporaso2010 ER - TY - JOUR AU - Price, M. N. AU - Dehal, P. S. AU - Arkin, A. P. PY - 2010 DA - 2010// TI - FastTree 2—approximately maximum-likelihood trees for large alignments JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009490 DO - 10.1371/journal.pone.0009490 ID - Price2010 ER - TY - CHAP AU - Lane, D. J. ED - Stackebrandt, E. ED - Goodfellow, M. PY - 1991 DA - 1991// TI - 16S/23S rRNA sequencing BT - Nucleic Acid Techniques in Bacterial Systematics PB - John Wiley and Sons CY - New York ID - Lane1991 ER - TY - JOUR AU - Lozupone, C. AU - Knight, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - UniFrac: a new phylogenetic method for comparing microbial communities JO - Appl Environ Microbiol VL - 71 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.71.12.8228-8235.2005 DO - 10.1128/AEM.71.12.8228-8235.2005 ID - Lozupone2005 ER - TY - BOOK AU - Oksanen, J. AU - Blanchet, F. G. AU - Kindt, R. AU - Legendre, P. AU - Minchin, P. R. AU - O’Hara, R. B. AU - Simpson, G. L. AU - Solymos, P. AU - Stevens, M. H. H. AU - Wagner, H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Vegan: Community Ecology Package ID - Oksanen2015 ER - TY - JOUR AU - Paradis, E. AU - Claude, J. AU - Strimmer, K. PY - 2004 DA - 2004// TI - APE: Analyses of Phylogenetics and Evolution in R language JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg412 DO - 10.1093/bioinformatics/btg412 ID - Paradis2004 ER - TY - STD TI - Bokulich NA, Rideout JR, Kopylova E, Bolyen E, Patnode J, Ellett Z, McDonald D, Wolfe B, Maurice CF, Dutton RJ. A standardized, extensible framework for optimizing classification improves marker-gene taxonomic assignments. PeerJ PrePrints; 2015. ID - ref44 ER - TY - JOUR AU - McDonald, D. AU - Price, M. N. AU - Goodrich, J. AU - Nawrocki, E. P. AU - DeSantis, T. Z. AU - Probst, A. AU - Andersen, G. L. AU - Knight, R. AU - Hugenholtz, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - An improved Greengenes taxonomy with explicit ranks for ecological and evolutionary analyses of bacteria and archaea JO - ISME J VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2011.139 DO - 10.1038/ismej.2011.139 ID - McDonald2012 ER - TY - JOUR AU - Kruschke, J. K. PY - 2013 DA - 2013// TI - Bayesian estimation supersedes the t test JO - J Exp Psychol Gen VL - 142 UR - https://doi.org/10.1037/a0029146 DO - 10.1037/a0029146 ID - Kruschke2013 ER -