TY - JOUR AU - Peterson, J. AU - Garges, S. AU - Giovanni, M. AU - McInnes, P. AU - Wang, L. AU - Schloss, J. A. AU - Bonazzi, V. AU - McEwen, J. E. AU - Wetterstrand, K. A. AU - Deal, C. AU - Baker, C. C. AU - Di Francesco, V. AU - Howcroft, T. K. AU - Karp, R. W. AU - Lunsford, R. D. AU - Wellington, C. R. AU - Belachew, T. AU - Wright, M. AU - Giblin, C. AU - David, H. AU - Mills, M. AU - Salomon, R. AU - Mullins, C. AU - Akolkar, B. AU - Begg, L. AU - Davis, C. AU - Grandison, L. AU - Humble, M. AU - Khalsa, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - The NIH human microbiome project JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.096651.109 DO - 10.1101/gr.096651.109 ID - Peterson2009 ER - TY - JOUR AU - Chen, E. C. AU - Yagi, S. AU - Kelly, K. R. AU - Mendoza, S. P. AU - Tarara, R. P. AU - Canfield, D. R. AU - Maninger, N. AU - Rosenthal, A. AU - Spinner, A. AU - Bales, K. L. AU - Schnurr, D. P. AU - Lerche, N. W. AU - Chiu, C. Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cross-species transmission of a novel adenovirus associated with a fulminant pneumonia outbreak in a new world monkey colony JO - PLoS Pathog VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1002155 DO - 10.1371/journal.ppat.1002155 ID - Chen2011 ER - TY - JOUR AU - Rohde, H. AU - Qin, J. AU - Cui, Y. AU - Li, D. AU - Loman, N. J. AU - Hentschke, M. AU - Chen, W. AU - Pu, F. AU - Peng, Y. AU - Li, J. AU - Xi, F. AU - Li, S. AU - Li, Y. AU - Zhang, Z. AU - Yang, X. AU - Zhao, M. AU - Wang, P. AU - Guan, Y. AU - Cen, Z. AU - Zhao, X. AU - Christner, M. AU - Kobbe, R. AU - Loos, S. AU - Oh, J. AU - Yang, L. AU - Danchin, A. AU - Gao, G. F. AU - Song, Y. AU - Li, Y. AU - Yang, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Open-source genomic analysis of Shiga-toxin-producing E. coli O104:H4 JO - N Engl J Med VL - 365 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa1107643 DO - 10.1056/NEJMoa1107643 ID - Rohde2011 ER - TY - JOUR AU - Snitkin, E. S. AU - Zelazny, A. M. AU - Thomas, P. J. AU - Stock, F. AU - Henderson, D. K. AU - Palmore, T. N. AU - Segre, J. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Tracking a hospital outbreak of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae with whole-genome sequencing JO - Sci Transl Med VL - 4 UR - https://doi.org/10.1126/scitranslmed.3004129 DO - 10.1126/scitranslmed.3004129 ID - Snitkin2012 ER - TY - JOUR AU - Brady, A. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Phymm and PhymmBL: metagenomic phylogenetic classification with interpolated Markov models JO - Nat Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1358 DO - 10.1038/nmeth.1358 ID - Brady2009 ER - TY - JOUR AU - McHardy, A. C. AU - Martin, H. G. AU - Tsirigos, A. AU - Hugenholtz, P. AU - Rigoutsos, I. PY - 2007 DA - 2007// TI - Accurate phylogenetic classification of variable-length DNA fragments JO - Nat Methods VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth976 DO - 10.1038/nmeth976 ID - McHardy2007 ER - TY - JOUR AU - Ames, S. K. AU - Hysom, D. A. AU - Gardner, S. N. AU - Lloyd, G. S. AU - Gokhale, M. B. AU - Allen, J. E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Scalable metagenomic taxonomy classification using a reference genome database JO - Bioinformatics VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt389 DO - 10.1093/bioinformatics/btt389 ID - Ames2013 ER - TY - JOUR AU - Huson, D. H. AU - Auch, A. F. AU - Qi, J. AU - Schuster, S. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - MEGAN analysis of metagenomic data JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5969107 DO - 10.1101/gr.5969107 ID - Huson2007 ER - TY - JOUR AU - Krause, L. AU - Diaz, N. N. AU - Goesmann, A. AU - Kelley, S. AU - Nattkemper, T. W. AU - Rohwer, F. AU - Edwards, R. A. AU - Stoye, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn038 DO - 10.1093/nar/gkn038 ID - Krause2008 ER - TY - JOUR AU - Haft, D. H. AU - Tovchigrechko, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - High-speed microbial community profiling JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2080 DO - 10.1038/nmeth.2080 ID - Haft2012 ER - TY - JOUR AU - Segata, N. AU - Waldron, L. AU - Ballarini, A. AU - Narasimhan, V. AU - Jousson, O. AU - Huttenhower, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Metagenomic microbial community profiling using unique clade-specific marker genes JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2066 DO - 10.1038/nmeth.2066 ID - Segata2012 ER - TY - JOUR AU - Bhaduri, A. AU - Qu, K. AU - Lee, C. S. AU - Ungewickell, A. AU - Khavari, P. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Rapid identification of non-human sequences in high-throughput sequencing datasets JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts100 DO - 10.1093/bioinformatics/bts100 ID - Bhaduri2012 ER - TY - JOUR AU - Bhatt, A. S. AU - Freeman, S. S. AU - Herrera, A. F. AU - Pedamallu, C. S. AU - Gevers, D. AU - Duke, F. AU - Jung, J. AU - Michaud, M. AU - Walker, B. J. AU - Young, S. AU - Earl, A. M. AU - Kostic, A. D. AU - Ojesina, A. I. AU - Hasserjian, R. AU - Ballen, K. K. AU - Chen, Y. B. AU - Hobbs, G. AU - Antin, J. H. AU - Soiffer, R. J. AU - Baden, L. R. AU - Garrett, W. S. AU - Hornick, J. L. AU - Marty, F. M. AU - Meyerson, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Sequence-based discovery of Bradyrhizobium enterica in cord colitis syndrome JO - N Engl J Med VL - 369 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa1211115 DO - 10.1056/NEJMoa1211115 ID - Bhatt2013 ER - TY - JOUR AU - Isakov, O. AU - Modai, S. AU - Shomron, N. PY - 2011 DA - 2011// TI - Pathogen detection using short-RNA deep sequencing subtraction and assembly JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr349 DO - 10.1093/bioinformatics/btr349 ID - Isakov2011 ER - TY - JOUR AU - Naeem, R. AU - Rashid, M. AU - Pain, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - READSCAN: a fast and scalable pathogen discovery program with accurate genome relative abundance estimation JO - Bioinformatics VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts684 DO - 10.1093/bioinformatics/bts684 ID - Naeem2013 ER - TY - JOUR AU - Francis, O. E. AU - Bendall, M. AU - Manimaran, S. AU - Hong, C. AU - Clement, N. L. AU - Castro-Nallar, E. AU - Snell, Q. AU - Schaalje, G. B. AU - Clement, M. J. AU - Crandall, K. A. AU - Johnson, W. E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Pathoscope: Species identification and strain attribution with unassembled sequencing data JO - Genome Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1101/gr.150151.112 DO - 10.1101/gr.150151.112 ID - Francis2013 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1923 DO - 10.1038/nmeth.1923 ID - Langmead2012 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The sequence alignment/map format and SAMtools JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Agostinelli, C. AU - Greco, L. PY - 2013 DA - 2013// TI - A weighted strategy to handle likelihood uncertainty in Bayesian inference JO - Comput Stat VL - 28 UR - https://doi.org/10.1007/s00180-011-0301-1 DO - 10.1007/s00180-011-0301-1 ID - Agostinelli2013 ER - TY - JOUR AU - Karlin, S. AU - Altschul, S. F. PY - 1990 DA - 1990// TI - Methods for assessing the statistical significance of molecular sequence features by using general scoring schemes JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 87 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.87.6.2264 DO - 10.1073/pnas.87.6.2264 ID - Karlin1990 ER - TY - CHAP AU - Holtgrewe, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Mason: A Read Simulator for Second Generation Sequencing Data BT - Fachbereich Mathematik und Infromatik PB - Freie Universitat Berlin CY - Berlin ID - Holtgrewe2010 ER - TY - JOUR AU - Loman, N. J. AU - Constantinidou, C. AU - Christner, M. AU - Rohde, H. AU - Chan, J. Z. AU - Quick, J. AU - Weir, J. C. AU - Quince, C. AU - Smith, G. P. AU - Betley, J. R. AU - Aepfelbacher, M. AU - Pallen, M. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - A culture-independent sequence-based metagenomics approach to the investigation of an outbreak of Shiga-toxigenic Escherichia coli O104:H4 JO - JAMA VL - 309 UR - https://doi.org/10.1001/jama.2013.3231 DO - 10.1001/jama.2013.3231 ID - Loman2013 ER -