TY - JOUR AU - Chmiel, J. F. AU - Davis, P. B. PY - 2003 DA - 2003// TI - State of the art: Why do the lungs of patients with cystic fibrosis become infected and why can’t they clear the infection? JO - Respir Res VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1465-9921-4-8 DO - 10.1186/1465-9921-4-8 ID - Chmiel2003 ER - TY - JOUR AU - Salvatore, D. AU - Buzzetti, R. AU - Baldo, E. AU - Furnari, M. L. AU - Lucidi, V. AU - Manunza, D. AU - Marinelli, I. AU - Messore, B. AU - Neri, A. S. AU - Raia, V. AU - Mastella, G. PY - 2012 DA - 2012// TI - An overview of international literature from cystic fibrosis registries. Part 4: Update 2011 JO - J Cyst Fibros VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/j.jcf.2012.07.005 DO - 10.1016/j.jcf.2012.07.005 ID - Salvatore2012 ER - TY - JOUR AU - Hurley, M. N. AU - Ariff, A. H. AU - Bertenshaw, C. AU - Bhatt, J. AU - Smyth, A. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Results of antibiotic susceptibility testing do not influence clinical outcome in children with cystic fibrosis JO - J Cyst Fibros VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/j.jcf.2012.02.006 DO - 10.1016/j.jcf.2012.02.006 ID - Hurley2012 ER - TY - JOUR AU - Lynch, S. V. AU - Bruce, K. D. PY - 2013 DA - 2013// TI - The cystic fibrosis airway microbiome JO - Cold Spring Harb Perspect Med VL - 3 UR - https://doi.org/10.1101/cshperspect.a009738 DO - 10.1101/cshperspect.a009738 ID - Lynch2013 ER - TY - JOUR AU - Cox, M. J. AU - Allgaier, M. AU - Taylor, B. AU - Baek, M. S. AU - Huang, Y. J. AU - Daly, R. A. AU - Karaoz, U. AU - Andersen, G. L. AU - Brown, R. AU - Fujimura, K. E. AU - Wu, B. AU - Tran, D. AU - Koff, J. AU - Kleinhenz, M. E. AU - Nielson, D. AU - Brodie, E. L. AU - Lynch, S. V. PY - 2010 DA - 2010// TI - Airway microbiota and pathogen abundance in age-stratified cystic fibrosis patients JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011044 DO - 10.1371/journal.pone.0011044 ID - Cox2010 ER - TY - JOUR AU - Madan, J. C. AU - Koestler, D. C. AU - Stanton, B. A. AU - Davidson, L. AU - Moulton, L. A. AU - Housman, M. L. AU - Moore, J. H. AU - Guill, M. F. AU - Morrison, H. G. AU - Sogin, M. L. AU - Hampton, T. H. AU - Karagas, M. R. AU - Palumbo, P. E. AU - Foster, J. A. AU - Hibberd, P. L. AU - O’Toole, G. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Serial analysis of the gut and respiratory microbiome in cystic fibrosis in infancy: interaction between intestinal and respiratory tracts and impact of nutritional exposures JO - MBio VL - 3 UR - https://doi.org/10.1128/mBio.00251-12 DO - 10.1128/mBio.00251-12 ID - Madan2012 ER - TY - JOUR AU - Goddard, A. F. AU - Staudinger, B. J. AU - Dowd, S. E. AU - Joshi-Datar, A. AU - Wolcott, R. D. AU - Aitken, M. L. AU - Fligner, C. L. AU - Singh, P. K. PY - 2012 DA - 2012// TI - Direct sampling of cystic fibrosis lungs indicates that DNA-based analyses of upper-airway specimens can misrepresent lung microbiota JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1107435109 DO - 10.1073/pnas.1107435109 ID - Goddard2012 ER - TY - JOUR AU - Collaco, J. M. AU - Blackman, S. M. AU - McGready, J. AU - Naughton, K. M. AU - Cutting, G. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Quantification of the relative contribution of environmental and genetic factors to variation in cystic fibrosis lung function JO - J Pediatr VL - 157 UR - https://doi.org/10.1016/j.jpeds.2010.05.018 DO - 10.1016/j.jpeds.2010.05.018 ID - Collaco2010 ER - TY - JOUR AU - Emerson, J. AU - Rosenfeld, M. AU - McNamara, S. AU - Ramsey, B. AU - Gibson, R. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Pseudomonas aeruginosa and other predictors of mortality and morbidity in young children with cystic fibrosis JO - Pediatr Pulmonol VL - 34 UR - https://doi.org/10.1002/ppul.10127 DO - 10.1002/ppul.10127 ID - Emerson2002 ER - TY - JOUR AU - Nixon, G. M. AU - Armstrong, D. S. AU - Carzino, R. AU - Carlin, J. B. AU - Olinsky, A. AU - Robertson, C. F. AU - Grimwood, K. PY - 2001 DA - 2001// TI - Clinical outcome after early Pseudomonas aeruginosa infection in cystic fibrosis JO - J Pediatr VL - 138 UR - https://doi.org/10.1067/mpd.2001.112897 DO - 10.1067/mpd.2001.112897 ID - Nixon2001 ER - TY - JOUR AU - Kosorok, M. R. AU - Zeng, L. AU - West, S. E. AU - Rock, M. J. AU - Splaingard, M. L. AU - Laxova, A. AU - Green, C. G. AU - Collins, J. AU - Farrell, P. M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Acceleration of lung disease in children with cystic fibrosis after Pseudomonas aeruginosa acquisition JO - Pediatr Pulmonol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1002/ppul.2009.abs DO - 10.1002/ppul.2009.abs ID - Kosorok2001 ER - TY - JOUR AU - Green, D. M. AU - Collaco, J. M. AU - McDougal, K. E. AU - Naughton, K. M. AU - Blackman, S. M. AU - Cutting, G. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Heritability of respiratory infection with Pseudomonas aeruginosa in cystic fibrosis JO - J Pediatr VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.jpeds.2012.01.042 DO - 10.1016/j.jpeds.2012.01.042 ID - Green2012 ER - TY - JOUR AU - Gifford, A. H. AU - Alexandru, D. M. AU - Li, Z. AU - Dorman, D. B. AU - Moulton, L. A. AU - Price, K. E. AU - Hampton, T. H. AU - Sogin, M. L. AU - Zuckerman, J. B. AU - Parker, H. W. AU - Stanton, B. A. AU - O’Toole, G. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Iron supplementation does not worsen respiratory health or alter the sputum microbiome in cystic fibrosis JO - J Cyst Fibros VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.jcf.2013.11.004 DO - 10.1016/j.jcf.2013.11.004 ID - Gifford2014 ER - TY - JOUR AU - Henig, N. R. AU - Tonelli, M. R. AU - Pier, M. V. AU - Burns, J. L. AU - Aitken, M. L. PY - 2001 DA - 2001// TI - Sputum induction as a research tool for sampling the airways of subjects with cystic fibrosis JO - Thorax VL - 56 UR - https://doi.org/10.1136/thorax.56.4.306 DO - 10.1136/thorax.56.4.306 ID - Henig2001 ER - TY - JOUR AU - Price, K. E. AU - Hampton, T. H. AU - Gifford, A. H. AU - Dolben, E. L. AU - Hogan, D. A. AU - Morrison, H. G. AU - Sogin, M. L. AU - O’Toole, G. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Unique microbial communities persist in individual cystic fibrosis patients throughout a clinical exacerbation JO - Microbiome VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/2049-2618-1-27 DO - 10.1186/2049-2618-1-27 ID - Price2013 ER - TY - JOUR AU - Goslee, S. C. AU - Urban, D. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - The ecodist package for dissimilarity-based analysis of ecological data JO - J Stat Softw VL - 22 UR - https://doi.org/10.18637/jss.v022.i07 DO - 10.18637/jss.v022.i07 ID - Goslee2007 ER - TY - JOUR AU - Dixon, P. PY - 2003 DA - 2003// TI - VEGAN, a package of R functions for community ecology JO - J Veg Sci VL - 14 UR - https://doi.org/10.1111/j.1654-1103.2003.tb02228.x DO - 10.1111/j.1654-1103.2003.tb02228.x ID - Dixon2003 ER - TY - JOUR AU - Huse, S. M. AU - Welch, D. B. M. AU - Voorhis, A. AU - Shipunova, A. AU - Morrison, H. G. AU - Eren, A. M. AU - Sogin, M. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - VAMPS: a website for visualization and analysis of microbial population structures JO - BMC Bioinformatics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-15-41 DO - 10.1186/1471-2105-15-41 ID - Huse2014 ER - TY - JOUR AU - Tunney, M. M. AU - Einarsson, G. G. AU - Wei, L. AU - Drain, M. AU - Klem, E. R. AU - Cardwell, C. AU - Ennis, M. AU - Boucher, R. C. AU - Wolfgang, M. C. AU - Elborn, J. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Lung microbiota and bacterial abundance in patients with bronchiectasis when clinically stable and during exacerbation JO - Am J Respir Crit Care Med VL - 187 UR - https://doi.org/10.1164/rccm.201210-1937OC DO - 10.1164/rccm.201210-1937OC ID - Tunney2013 ER - TY - JOUR AU - Zhao, J. AU - Schloss, P. D. AU - Kalikin, L. M. AU - Carmody, L. A. AU - Foster, B. K. AU - Petrosino, J. F. AU - Cavalcoli, J. D. AU - VanDevanter, D. R. AU - Murray, S. AU - Li, J. Z. AU - Young, V. B. AU - LiPuma, J. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Decade-long bacterial community dynamics in cystic fibrosis airways JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1120577109 DO - 10.1073/pnas.1120577109 ID - Zhao2012 ER - TY - JOUR AU - Klepac-Ceraj, V. AU - Lemon, K. P. AU - Martin, T. R. AU - Allgaier, M. AU - Kembel, S. W. AU - Knapp, A. A. AU - Lory, S. AU - Brodie, E. L. AU - Lynch, S. V. AU - Bohannan, B. J. AU - Green, J. L. AU - Maurer, B. A. AU - Kolter, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Relationship between cystic fibrosis respiratory tract bacterial communities and age, genotype, antibiotics and Pseudomonas aeruginosa JO - Environ Microbiol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1111/j.1462-2920.2010.02173.x DO - 10.1111/j.1462-2920.2010.02173.x ID - Klepac-Ceraj2010 ER - TY - JOUR AU - Psoter, K. J. AU - De Roos, A. J. AU - Wakefield, J. AU - Mayer, J. AU - Rosenfeld, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Season is associated with Pseudomonas aeruginosa acquisition in young children with cystic fibrosis JO - Clin Microbiol Infect VL - 19 UR - https://doi.org/10.1111/1469-0691.12272 DO - 10.1111/1469-0691.12272 ID - Psoter2013 ER - TY - JOUR AU - Blainey, P. C. AU - Milla, C. E. AU - Cornfield, D. N. AU - Quake, S. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Quantitative analysis of the human airway microbial ecology reveals a pervasive signature for cystic fibrosis JO - Sci Transl Med VL - 4 UR - https://doi.org/10.1126/scitranslmed.3004458 DO - 10.1126/scitranslmed.3004458 ID - Blainey2012 ER - TY - JOUR AU - Stressmann, F. A. AU - Rogers, G. B. AU - van der Gast, C. J. AU - Marsh, P. AU - Vermeer, L. S. AU - Carroll, M. P. AU - Hoffman, L. AU - Daniels, T. W. AU - Patel, N. AU - Forbes, B. AU - Bruce, K. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Long-term cultivation-independent microbial diversity analysis demonstrates that bacterial communities infecting the adult cystic fibrosis lung show stability and resilience JO - Thorax VL - 67 UR - https://doi.org/10.1136/thoraxjnl-2011-200932 DO - 10.1136/thoraxjnl-2011-200932 ID - Stressmann2012 ER -